朱由校经过考虑，觉得现在的浙党领袖温体仁的威望还不足以震慑朝局，所以将在次辅位置上待了多年的王在晋调回京师，继任为内阁首辅。
相比于完全服务于对抗东林的魏广微而言，这一任的首辅王在晋，可谓朝野皆知的实干派。
其在南京任上大刀阔斧的清丈田亩、整治官制等行动，都令官员们咬牙切齿，极为痛恨。
巧了，朱由校就是想用这样的人。
除此以外，作为南北勋贵之首的英国公张维贤被以年老体衰为由，勒令提早退休，以其子张世泽接任英国公之位。
五军都督府虽然经过整顿以后，充实了一大批武学院和新勋贵势力，但作为其首领的英国公张维贤却选择明哲保身。
这也导致于在之前朱由校装病时，势力庞大的武将势力势力几乎毫无作为，这也让朱由校看清了五军都督府现在的问题。
现有的五名内阁大学士，其中有两人在下朝后主动上疏隐退，朱由校来者不拒，全部换人。
在下朝之后，又是一道关于人事任免的诏书，令满朝文武大为惊颤。
首先，都察院御史张讷、倪文焕，兵科给事中李鲁生，工部主事曹钦程等十六名在朝的阉党官员，都是没有任何理由的被直接撸掉。
就在所有人都以外皇帝要清算阉党时，又一颗重磅炸弹来袭。
朱由校将原本总督漕运的礼部侍郎付三策调回京师，任吏部右侍郎，负责新一轮的京察事宜。
在南京的卢象升调任为两京漕运总督，孙传庭被任命为宣大总督兼领西北大营，从乌斯藏回来的洪承畴，即刻前往南京任江南总督。
另外，又以侵吞军饷之名，将甘肃总兵姜爽革职，调固原总兵郭钦前往甘肃任总兵官。
这一连串的人事变动，使得满朝文武都是风声鹤唳、草木皆兵。
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