当时，随刘邦进入咸阳的将领们，也都争先奔向储藏的仓库，去瓜分金帛财物，唯独萧何先去把秦朝丞相和御史大夫保管的法律诏令，以及各种图书文献收藏起来。依据秦朝的典制，丞相辅佐天子，处理国家大事；御史大夫对外监督各郡御史，对内接受公卿奏事。除了军权外，丞相和御史大夫几乎总揽一切朝政。萧何收藏的这些秦朝的律令图书档案，使刘邦对天下的关塞险要、户口多寡、形势强弱、民众疾苦等等情况了如指掌，为制定正确的方针政策和律令制度，找到了可靠的根据，对日后西汉政权的建立和巩固，起到了巨大的作用，功不可没，这也足见萧何的深谋远虑。
刘邦率先攻入咸阳后不久，项羽也率军入关，自封为西楚霸王，占有梁、楚九郡之地，建都彭城。项羽背弃楚怀王的约定，改立刘邦为汉王，统辖荒远偏僻的巴、蜀、汉中之地，建都南郑。又把关中地区分封给三名秦朝降将，分别为：雍王章邯、翟王董翳、塞王司马欣，目的是围堵刘邦。
刘邦很生气，想谋划攻打项羽，周勃、灌婴、樊哙都劝阻刘邦，萧何进谏说：“虽然在汉中为王不好，但不是比死好些吗？”刘邦说：“怎么会死呢？”萧何说：“现在兵士不如人家多，开战百分之百会失败，除了死还能如何？《周书》说‘天给予却不去接受，反会遭受其害。话说‘天汉’，这个名称非常美好。能够在一人之下受委屈，却在万乘诸侯之上伸张其志的，是商汤、周武这样的王者。臣希望大王在汉中称王，休养百姓，招致贤才，收用巴蜀的财力，回军平定三秦，就可以谋取天下了。”刘邦这才应允，前去就国，任命萧何为丞相。
各路诸侯罢兵各自就国，汉王刘邦也前往封国，项羽派了三万人随从前往，楚国和诸侯国中因为敬慕而跟随刘邦的有几万人。项羽麾下郎中韩信在此期间投奔了刘邦，任职连敖，韩信因犯法差点处斩，被夏侯婴救下，推荐给刘邦，刘邦任命韩信为治粟都尉。
此后，韩信多次与萧何交谈，萧何认为韩信非比寻常，刘邦在前往封国时，张良送行到褒中县，建议刘邦说：“大王为何不烧断所经过的栈道，向天下表示不再回来的决心，以此稳住项王的心。”刘邦让张良返回韩国。汉军从杜县往南进入蚀地的山谷中，刘邦依照张良的建议，军队过去以后，栈道就全部烧掉，一来防备诸侯或其他强盗偷袭，二来向项羽表示没有东进之意。到达都城南郑时，将领和士兵有许多人在中途逃跑回去了，士卒们都唱着歌，想东归回乡。
韩信觉得萧何他们已经多次在刘邦面前保荐过他，刘邦依旧没有重用，就也逃跑了，萧何听说韩信逃跑，来不及上报刘邦，就亲自去追赶。有人报告给刘邦说：“丞相萧何逃跑了。”刘邦大发脾气，就像失掉了左右手一样。
过了一两天，萧何回来拜见刘邦，刘邦见到萧何既生气又开心，说道：“你为什么逃跑？”萧何说：“我不敢逃跑，我是去追逃跑的人。”刘邦问他：“你追的是谁？”萧何答道：“韩信。”刘邦听完大骂：“逃走的将领有十多个，也没听说你去追，偏要去追韩信？这是在骗我！”萧何说：“那些将领都容易得到，像是韩信这样当今数一数二的杰出人才，跑了就再也没有第二个了。大王如果只想在汉中郡长久称王，没有韩信也就算了；如果要准备打天下，那除了韩信就没有可以共谋大事的人。就看大王如何打算了。”刘邦说：“我也想东归，怎能长久憋屈在这种地方呢？”萧何说：“大王若打算东出，能重用韩信，他自然会留下；如果不重用他，他终究会离开的。”刘邦说：“我看在你的面子上，让他做个将军。”萧何说：“即使当了将军，还是留不住他。”刘邦说：“那就做大将！”萧何说：“太好了。”
刘邦当下就想叫韩信来拜将，萧何说：“大王一向傲慢无礼，现在任命一位大将，就像是招呼一个小孩一样，这就是造成韩信离去的原因。大王如果诚心拜他做大将，就该选个好日子，自己事先斋戒，搭起一座高坛，按照任命大将的仪式办理，那才行啊！”刘邦答应了。汉军一众将领听说后都暗自高兴，人人都以为自己会被任命为大将，等到举行仪式的时候，才知道是韩信，全军上下都大吃一惊。
刘邦发动还定三秦之战，击退雍王章邯的兵马，一路势如破竹，不到一个月便控制了三秦地区的形势。由于几经战事，秦都咸阳被项羽放火烧了三个月，这时的关中已是满目疮痍，残破不堪，萧何以丞相的身份留守后方，负责收服巴蜀，镇守安抚，发布政令，告谕百姓，为在前方作战的军队供给粮食。
刘邦到达陕县，镇抚关外父老，陆续降服河南国、韩国等地。刘邦由南郑迁都栎阳，修缮河上塞，秦朝原先的皇家动植物园地及水池，也开放给百姓进行耕种。
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