日本军队和黑社会还建立了慰安妇制度，从亚洲各国，主要是朝鲜和中国征发妇女充当慰安妇。据估计被迫害妇女多达20万人。这些妇女用肉体换来的肮脏的钱也流入了日本军国主义者手中，成为金百合计划的一部分。
中国的国宝，人类学历史上最珍贵的北京猿人头盖骨和牙齿可能被日本侵略军劫掠到了日本皇宫。
1941年11月，离太平洋战争爆发还有几个星期，北京协和医学院的工作人员担心日本会把这个稀世珍宝抢走，打算将化石转移到美国史密斯学会，等抗战胜利后再运回来。他们将化石细心地包装好之后，放在了9个铁制的弹药箱里，这些箱子交给了美国海军中尉福利。
福利当时享有外交豁免权，这些箱子可以当作他的私人财产带走。但福利还未离开中国，珍珠港事件就爆发了。为保护化石，他随身携带箱子，四个半星期之后，一位日本军官抢夺他的箱子。福利作为战俘劳工在三菱公司的矿井中工作了三年半，战后他向朋友们讲述了这件事情。
通过金百合计划，日本在东南亚各国掠夺的财富都经马尼拉运到东京。而股票、证券、持金证书等非物质财富被送到横滨正金银行和日本银行，然后再转移到日本人在中立国银行开设的帐户上。日本将掠夺的金浇铸为符合国际标准的金块，再存入中立国银行。
当时横滨正金银行最大持股人就是裕仁天皇，他拥有22％的股票。战争结束时，裕仁已拥有资产1亿美元，这相当于今天的10亿美元，这笔巨额资产以黄金和外国货币的形式存在瑞士、南美、葡萄牙、西班牙和凡蒂冈的银行里。
在南京成为废墟时，中国珍贵藏书、文件等还被日军严密保护。后来曾有1000多名日本专家来到南京，为日本皇家图书馆优先挑选最珍贵的物品，天皇曾亲自过目最珍贵物品的目录。
选中的物品都被编号和打包，用300多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。这些书的一部分被用来建立位于东京的东亚研究所、东方文化研究所、东亚经济研究所、东亚地方病研究所、大东亚图书馆等。
战后美国经过调查后确认，日本至少有17处地方存放这些战时抢来的书籍，其中有日本皇宫、皇室内宫、靖国神社、东京科学博物馆、东京美术学院、早稻田大学、东京帝国大学和庆应大学。美国占领当局的结论是，日本有300万册从中国各地图书馆抢来的珍贵图书和手稿。日本仅归还了大约16万册，不足6％。
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