对于第一个问题，朱由栋是心里明白但是不好在报纸上公开解释。
老朱的建国，是中国历史上仅有的以南统北（民国南京政府形式上的统一不算）。在此之前，中国南方不过是被蒙元征服了八十多年而已，而且这期间，南方在政治上社会地位最底下，经济上受压榨最深，反抗也最为坚决和激烈。所以，当年老朱起兵，南方人在朝廷中占了绝大多数。而与此同时，当时的中国北方从1127年开始，经受了异族的统治两百多年，在心理和文化上已经和南方有了很大的距离。因此，想尽办法的团结北方人，是当时老朱必须要去做的事情。进士录取分南北榜是一方面，继续保留北宗对衍圣公府的继承则是另一方面。
道理大家都懂，但是话不能敞开了讲。朱由栋也只有让田尔耕的锦衣卫发动起来，通过在各地茶楼酒馆把这样的解释给放出去，然后等待时间来慢慢的发酵。
至于第二个问题，作为穿越者，朱由栋当然知道：改革是摸着石头过河，千万不能太过于激进。华夏在儒家的思想里浸润了近两千年，怎么可能说不要就不要？再说了，儒家的问题再大再多，但是对于国家的稳定和民族的凝聚力还是极为有用的。
所以，对这个问题，朱由栋的处理方式是在报纸上进行引导：圣人是没有问题的，大家看最近出土的原版论语，圣人的很多思想其实还是很合大家胃口的嘛。只是因为历代腐儒别有用心的偷换圣人的思想概念，以至于儒家变了味道。
所以，儒家是要整顿的，但是圣人的地位还是丝毫不能动摇的。
至于说孔府的问题嘛。
天启二年九月一日，朱由栋下旨，责成东厂、锦衣卫、刑部、礼部、都察院五部门组成联合专案组，彻查孔府后裔的血脉问题，以及近五十年来的一切违法问题。专案组将在曲阜、兖州府设立特别衙门，准许所有苦主前来告状！
与此同时，一队锦衣卫来到了衢州城，护送南孔的族长北上曲阜。
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