胡适在上文说“我们从新文化运动者的立场，不能不宣告叶部长在思想上是一个反动分子，他所代表的思想是反动的思想”。这里的“我们”，很清楚是指五四时期的“新文化运动者”，包括已被军阀杀害的李大钊，刚被中共开除的陈独秀，正在与新月派论争的鲁迅，仍在教书作文的钱玄同、周作人、高一涵等等。他们已与胡适分合不一，但胡适仍从尊重历史的角度，出面为他们曾经共同从事的新文化运动的正当性辩护。而他面对的，是拥有政、军、财、文权力资源的国民党，但他竟说这个党这个政府及其代表的思想都是反动的，这不能不让胡适的很多朋友为他捏一把汗，也不能不为胡适的大无畏精神折服。
胡适此文在列举三项事实证明“国民党是反动的”，还用了大半篇幅，从历史和理论两方面，指出国民党对于新文化运动和中国旧文化的相反态度，都不是孤立的、偶然的：
这样就从根上揭示了，国民党的运动是一种极端的民族主义的运动，自始便含有保守的性质，便含有拥护传统文化的成分。因为国民党本身含有这保守的性质，“故起来了一些保守的理论，这种理论便是后来当国时种种反动行为和反动思想的根据了”。
胡适说：“这种一时的议论，便很可以助长顽固思想，养成夸大狂的心态，而阻碍新思想的传播。”
毫无疑问，胡适的这些先见之明，已经完全被蒋政府在后来的一系列行动所证实。
胡适此文也毫不客气地指出，国民党登台执政以后，已全然背离孙中山所说“吾党欲收革命之成功，必有赖于思想之变化”的遗教。“所以他们天天摧残思想自由，压迫言论自由，妄想做到思想的统一。殊不知统一的思想只是思想的僵化，不是谋思想的变化”。
“现在国民党所以大失人心，一半固然是因为政治上的设施不能满足人民的期望，一半却是因为思想的僵化不能吸引前进的思想界的同情。前进的思想界的同情完全失掉之日，便是国民党油干灯尽之时。”
对此，蒋政府后来的失败也给予了证实。我们不能不说，胡适对蒋政府的断言，是历史的结论。
胡适任中国公学校长期间，学校向政府申请立案问题尚未解决。虽然学生们报考中国公学并没有因为胡适遭到国民党政府的“警告”而受到影响，但毕竟立案问题关系到将来学生毕业的前途。
正如1929年11月25日，一位名叫陈国俊的学生，在《中国公学三日刊》上发表的名为《学校立案问题》一文所指出的，立案问题对于学校的名誉和学生的前途都关系重大。当时的很多规定对于未立案大学的毕业生有诸多限制：如不能当律师，不能考县长，不能当省立中学的教师等等。
胡适曾为学校立案作过多次积极的努力，1929年8月1日，胡适写信给当时教育部的部长蒋梦麟和次长马叙伦，报告中国公学申请立案却被上海市教育局延误的情况，希望教育部派人调查此事并促成立案。但是，这是个专权的社会，教育部的部长蒋梦麟和次长马叙伦自然有心无力，此事终因胡适当时对时政的批评等种种原因而一直拖延。
到了1930年初，胡适不愿因为自己的思想言论影响学校的立案，影响学生们将来毕业后的前途，于是向校董会提出辞职，并于1月12日获得批准。
2月8日，胡适发表辞去中国公学校长公告，公告说：“我自民国十七年四月底到校任事以来，已近二十个月了。这廿个月之中，多承诸位同事的努力和同学的体谅，我的职务实在是很轻松的。”胡适接着说，中国公学已达到学生上千人的规模，自己的管理能力有限，因此辞去校长之职，推荐马君武担任校长。辞职后自己准备结束一些学术研究工作，然后到美国耶鲁大学讲学。
公告一出，中国公学的教师、学生都很震惊。
2月14日，中国公学全体教员召开大会，议决以黄念远、胡耀楣为代表，竭诚挽留胡适。
校董会担心胡适的辞职会引起风潮，决定让胡适再维持一个时期。
5月初，胡适又向校董会提出辞职，中国公学的学生得知这个消息之后，召开全体学生大会，决定“宁可不立案，不能让胡校长辞职”。大会还派学生代表水泽柯等向校董会请愿。胡适于是召集全体学生讲话，他举了北平协和大学牺牲世界着名学者做校长以求立案的例子，最终说服了学生们。
5月19日，胡适辞去中国公学校长之职，由马君武继任，当天新旧校长举行交接典礼。据一位当年中国公学的学生陈咸森回忆，胡适辞职不久，上海各大报纸登出两条关于中国公学的消息：一是胡适辞去校长之职，马君武接任；二是教育部核准中国公学立案。
胡适任中国公学校长虽然只有短短的两年，但为中国公学的稳定和发展作出了杰出贡献，他的关于大学教育的一些理念也得到了实践，使中国公学成为“宁静得犹如我国古代的书院”的学习知识的场所。在他任期内，中国公学培养了一些着名的学生，包括胡适最为得意的物理学家吴健雄。
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