只是随着深入研读《圣经》，以及在美的生活学习逐渐走上正轨后，第二层面的理性反思才逐渐起主导作用。
但自始至终，胡适对于基督教第一层面的社会教化功效都是予以肯定的，正如《胡适口述自传》中所写：“我一直欣赏圣经里所启发的知识。” 他甚至将自己的一个儿子送进了“教友会”的学校。但在宗教或哲学层面，胡适又确定地说：“直至今日我仍然是个未经感化的异端。”
胡适遍读《圣经》，却最终与基督无缘，其原因可以是多方面的。但从根本上来说应归结为两方面，一方面是源自西方的其他文化或理论对他的影响，另一方面可称之为中国传统文化对他的影响，来自这两方面的共同作用下，胡适最终选择与基督教分道扬镳。
关于西方理论对他的影响，就不得不提及实验主义、存疑主义与近代一系列自然科学的发展。胡适无法成为基督徒是因为他是杜威的学生，他无法接受教会的洗礼是因为在他的时代，他已经接受了自然科学的洗礼。这些自然科学中，影响胡适至深的便是与“上帝创造宇宙”完全对立的进化论。胡适的名字就是最好的证明，“适”字便出自当时最为流行的达尔文的《进化论》中“适者生存”的理论，而杜威的实验主义更是影响胡适宗教思想的关键所在，他总结到实验主义的科学方法便是“大胆的假设，小心的求证”，对于没有充分证据的事绝不可信。
基督教最为强大的精神动力便是用上帝这个外在的价值源头来鞭策和引导人间。信仰上帝使恶人悔改，显示出基督教强大的道德教化功能。西方各个领域都有着这种基督教精神的渗透。而在胡适所在那个年代，他对于西方文明的仰慕与崇拜是显而易见的，他一心想要做的便是用西方文明的长处来再造中国文明，而西方文明处处有着基督教精神的渗透，所以他对基督教的现实功能是认同的。
但基督教这种外在超越的宗教，有着一个根本的问题，那便是上帝的存在是一个假设，是无法被彻底证实的。这亦是基督教为何如此强调“信”与“不信”的原因。信便是一切，不信一切顿时毫无意义。特别是对秉持怀疑精神和无神论的胡适来说，实证是如此的重要，以至于他无法相信没有充分证据的东西。
正如胡适对劝他皈依基督教的人所说：“你必须平心静气的明了，世上自有一种人确不能信任一切没有充分证据的东西。他们的不能不怀疑，正如某些人的不能不信仰一样。”
胡适从小就受来自父亲程朱理学的影响，无神论思想在他的心里深深扎根。他曾经在教会受到感动，但他的理性主义渐渐湮没了生命的感动。
胡适虽然没有成为一名基督徒，但基督教义在他的思考中留下了深深的烙印，比如说他的宽容思想。胡适曾经说：“宽容比自由更重要”。
虽然不是基督徒，但在后来中国非基运动中，他还是勇敢地站出来，为教会说话。他始终对基督教各派共同的信仰《圣经》表示最大敬意，始终和教中人士保持友好往来。归国后还担任了基督教学校的校董，经常接受教徒的邀请参加各种活动。
直到晚年，胡适还送圣经给别人，在信里告诉友人他曾经读《圣经》的感动，只是一直坚持“我自认是一个无神主义者”。
他常常说：“我自己是一个不信神的人，但我感谢这个社会能容忍我不信神，所以我一生自律，我也应该容忍世间一切诚心信神的人，应该恭敬一切诚心相信宗教的人。我是报答社会对我容忍的一点点微意。”
也许唯一的例外，是他在《容忍与自由》里引用基督教的“不宽容”作“反面教材”。?
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