当年就曾在下面听课的王昆仑回忆说：“教文字学的两位老师，一位是新派钱玄同；一位是老派黄侃。我选的是钱玄同的课。一天，我正在课堂上听钱老师的课，不料对面教室正在讲课的黄侃大声地骂起钱玄同来了。钱听了也满不在乎，照样讲课。后来，我既听钱玄同的课，也听黄侃的课，以便两相对照。”
陈独秀曾在《蔡孑民先生逝世后感言》中称赞蔡元培“容纳异己的雅量，尊重学术自由思想的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有”。
其实，他更应该感谢蔡元培对他本人的爱护和包容。这位为呼吁科学与民主的新文化运动急先锋行事风格圭角毕露、锋芒侵人，个人生活上也是放浪形骸、不检细行，往往给他的敌对者以攻讦的口实。他曾去当时北京的红灯区“八大胡同”消遣，有时闹到被妓女控告、被警察局传讯、被小报大肆渲染，成为轰动社会的丑闻。这位运笔如枪的仲甫，若没有蔡元培为他屡次三番解围，恐怕早就被赶出北大了。
难得的是，蔡元培自己是北大进德会的模范会员，“不嫖，不赌，不纳妾”这三条他绝对遵守了，但蔡元培并不以自己的道德标尺去苛求他人。蔡元培对陈独秀之爱护并不是毫无原则，而实在因为在蔡元培看来后者是难得的人才、有益国家，其言论主张值得同情、支持。
能使各类学术人才兼收并蓄，并造成了一种大家和平共存、不相妨害的局面，当然还需要其他的条件。
比如，校长蔡元培处事公平、不偏不倚，使各路才俊心服口服，把彼此的不满和争辩限定在一个合理的范围内。
比如，需要这些人有较高的道德水平，能够宽容相待。宽容和包容，本身就是较高道德水平的表现。
在公共汽车上，一个人不小心踩了另一个人的脚。
被踩的人马上大叫起来：“长眼睛没有，往哪儿踩呢？”
另一个人也不是省油的灯：“怕踩把脚放家里呀！”
于是。两个人吵了起来。
还是在公共汽车上，一个人不小心踩了另一个人的脚。
却发生了另一幕：踩人的人正要向被踩的道歉，但还没等他开口，被踩的人先和他道歉了。
还能吵起来吗？
这便是俩个地方的差异，这便是人的道德水平的差异。
蔡元培提出“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”的办学方针。其意义可不止是使不同的人，不同的思想和观念的人，能够相处在一起，不是的。其更大的意义在于学术方面。
正是在这个“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”十六字的办学方针指导下，北大的思想和学术呈现出缤纷万象、百家齐鸣的景象。
北大设立研究所，组织学术团体，出版学术刊物，促进中西学术交流，为师生提供从事高深研究的机会。
各类学术团体如雨后春笋般涌现：例如，陈独秀、李大钊发起组织的“社.会.主义研究会”，1921年改名为“马.克.思学说研究会”；胡适、马叙伦等组织的“哲学研究会”；梁漱溟组织的“行知社”；徐志摩组织的“阅书报社”；其他还有“教育研究会”“成美学会”“进德学会”“雄辩讲演会”……
在北大校园里的刊物，有校方编办的，如《北京大学日刊》《北京大学月刊》《国学季刊》《社会科学季刊》；有教授私人筹办的，如《新青年》《每周评论》《努力周刊》《读书杂志》《语丝周刊》《现代评论》《猛进》；也有学生自办的，如《新潮》月刊。其中以陈独秀创办的《新青年》、胡适主编的《每周评论》最为有名。
“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”十六字的办学方针，鼓励师生学术争鸣，培养学生的思辨力，开创学术自由的风气，促进新思潮的传播。
这时的北大创办才仅仅20多年，得益于蔡元培的“十六字办学方针”，北大已迅速跻身于当时世界一流的大学。
到20世纪20年代中期，北京大学在学术研究上取得了令人骄羡的成绩。例如物理专业，由于一批从海外学成归来的教授们的殚精竭虑，北大预科的物理水平已与美国哈佛大学一年级水平相当，北大物理专业的本科毕业生水平也处在美国学士与硕士之间。?
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