提倡自存、自立、自决。蔡元培把自由思想融合到修己本务之中，他认为修己需要勤勉职分、节制情欲、保持勇敢，甚至可以为国家急难而牺牲自己的性命财产。同时他所描述的勇敢是具有独立之心的勇敢，他认为“勇敢之最着者为独立。”“独立之要有三。一曰自存。二曰自信。三曰自决。”他倡导思想自由、信仰自由，强调人要有独立之心，做到不依赖于人，以自己的思想、意志尽守职务，立足世界。
提倡夫妇平等、职业平等、国民平等。蔡元培把平等观念渗透到“家族”、“社会”和“国家”伦理之中，他提倡夫妇平等，批判“三从四德”的封建家庭伦理，他认为男女性质不同，夫妻各有本务，但是“男女平权”。他提倡职业平等，虽然职业有劳心劳力之分，但无高低等差，“凡一职业中。莫不有特享荣誉之人。盖职业无所谓高下。”他提倡国民平等，批判封建等级观念，认为国民并无等差，人人都有权利，人人都有义务，“权利义务二者相因”。
提倡公义、公德、博爱。蔡元培倡导的博爱不仅是救人于疾病、危难和穷困之中;而且能够为社会国家挺身而出;还能积极投身博爱事业，量力捐财，修河渠、缮堤防、筑港埠、开道路、拓荒芜，设医院、建学校、设图书馆，设育婴堂、养老院等。
蔡元培所描述的社会国家不再是自给自足的小农经济社会，也不是闭关锁国的所谓“泱泱大国”，他讲的社会是大社会，超越国界。他讲的博爱是人类之爱，不论是国际红十字会的人道主义救援，还是人类社会的“相互待遇本务”，都是大爱。由此我们可以领略蔡元培的世界观念和国际情怀。
遵循“中学为体、西学为用”的思想，蔡元培力图在修身教科书中把中西文化完美地结合起来，也确实堪称当时最好的范例。
《中学修身教科书》本着“实用主义”原则，贴近中学生生活实际，完全可以成为他们的“生活指南”。此套书虽然写在百年之前，但它表达的许多普遍的伦理道德，在今天一样值得学习借鉴。
《中学修身教科书》至1921年则曾经再版16次，是民国初期国内中学深受欢迎的教科书。
蔡元培的另一部大作，《中国伦理学史》之所以具有标志意义，不仅因其是蔡元培晚清时期的学术代表作，是国人写作伦理学史的开山之作，更因其是现代学术精神、道德意识与文化品格的结晶，是考察彼时“新学”逻辑、脉络与关怀的重要样本。
《中国伦理学史》把中国伦理学的历史分为三期，每期都有总论和结论。其下设章，每章介绍一位伦理学家的伦理思想。首先是该伦理学家的小结，然后介绍他的伦理思想，最后在结论中作者对该章伦理学家的思想稍加评论，阐明自己的观点。蔡元培在撰写《中国伦理学史》时，虽然把伦理学与修身术严格区别开来，但这只是指文体上的区别。从研究目的和书中所体现的伦理思想来看，是为了在整理、归纳中国数千年伦理思想的基础上建立一种适合时代特点的伦理观念和行为标准。
在《中国伦理学史》的主体部分中，第一期是先秦创始时代。作者根据诸家伦理思想的特点，认为儒家代表中国的北方文化，道家代表中国的南方文化，“墨家毗于北，农家为南方思想之一支，法家折衷南北学派”。
第二期为汉唐继承时代。作者认为汉唐时期，由于政治的冲击，学者“偷生其间，无远志，循时势所趋，学风颓靡”。在此期间，伦理学界能成一家之言者寥寥无几。这一时期对中国文化冲击较大的是佛教的输入，它和当时思想界的消极因素相融合，致使儒道两家都染上宗教色彩，出现了三教并存的局面。后因道、释二家的理论不具有社会实践性，它们的出家之法仅为少数人所信从，所以独尊儒术者占了上风，儒家之说成为普通社会之伦理学。
第三期为宋明理学时代。作者认为，自宋及明，名儒辈出。他们着书立说，讲学授徒，对于普及儒教，巩固儒教的社会地位起了重要作用。在此期间虽然各派纷争，有的思想家也有所建树，但是终没有摆脱儒教的束缚。?
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