一直到民国四年五月三十一日，袁世凯才明确王士珍代理陆军总长，并发表明令给段祺瑞。放其病假两月，支人参四两，医药费五千元。
命令如下：
“前据陆军总长段祺瑞呈称：自去冬患病，饮食顿减，夜不成寐，迄至今春，遂致咯血，多方诊治，时轻时重。医言血亏气郁，脾弱肺热，亟当静养，服药方能有效，迄今四月有余，方值国家多故，未敢言病。
“现大局稍就平定，拟请开去差缺，俾得安心调理，冀获速痊等情。当传谕少给假期调养。兹据续请开去各项差缺，俾得安心调养，庶获就痊。
“查自辛亥改革以来，该总长勋劳卓着，艰险备尝。民国初建，忧患迭乘，数年经营，多资臂助，因而积勤致血衰气弱，形容羸削，迭于会议之时面谕该总长酌于一星期抽两三日赴西山等处清静地方调养休息，以期气体复强，而该总长以国事为重，仍不肯稍就暇逸，尽瘁国事，殊堪嘉敬。
“兹据呈请开缺，情词肫挚，本大总统为国家爱惜人才，未便听其过劳，致增病势，特着给假两个月，并颁给人参四两，医药费五千元，以资摄卫。该总长务以时局多艰为念，善自珍重，并慎延名医，详察病源，多方施治，切望早日就痊，立即销假。其在假期内如有军务重要事件，仍着随时入内会议，以抒嘉谟而裨国计。此令！”
段祺瑞正式解除陆军总长职务是这年的八月二十九日，与这命令同时公布的，是正式由王士珍接任陆军总长的职务。
段祺瑞离职后不久，袁世凯便指使肃政厅弹劾徐树铮.订.购.外军火浮报四十万元，免去他陆军次长职，以田中玉继任。
袁世凯与段段祺瑞之间，由于段的病假，袁的明令给假种种而惹起许多流言。争传二人已正式决裂，而很多迹象也表明此非无穴来风，两个人之间的问题早已摆在了明处。袁世凯越做作，越启人疑窦。北洋将领之间未尝没有矛盾纠葛，但兔死狐悲，尤其是徐树铮的被处罚，段祺瑞派系中人更是人人自危。
此地无银，八月三日段祺瑞发表通电辟谣：
“廿年前大总统在小站练兵时，祺瑞以一武备学生充下级武秩，与大总统素无关系，乃承采及虚声，立委为炮队统带，升任统制，不数年由千总微秩，擢道员、总兵、副都统各职。及大总统东山再起，祺瑞复见任湖广总督、陆军总长各职，以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加。
“是以感恩知己，数十年如一目，分虽部下，情逾骨肉。近数年来，祺瑞因吐血失眠，吁恳息肩，乃包藏祸心之某国报纸，以挑拨离间之诡计，直欲诬祺瑞为忘恩负义之徒，甚至伪造被人行刺之谣，更属毫无影响，不得不略表心迹以息讹言。”
很多时候，官场是谣言越辟越真。段祺瑞所谓行刺及某国报纸，原来是这样的：陆军部曾发生茶役偷置**案，日本报纸有意挑拨，说这是袁世凯欲谋杀段祺瑞的政治阴谋。
北洋军人都认为，袁世凯和段祺瑞分家的导火线，是袁克定编练“模范团”触发的。
袁世凯自小站练兵起，历来把军权死死抓在手里。不过自他当总统后，已经有心而无力。久而久之，袁世凯觉得自己对北洋军已经失去控制。
加之常有人在他耳边吹风，说北洋军的方方面面已经过时，中国急需缔造一支新型的军队，就像袁世凯当年在小站练兵一样，所谓从头再来。
开始，袁世凯没怎么动心思，但三人成虎，时间久说得多了，袁世凯便不能不重视了。
在大元帅统率办事处未成立时，袁克定便经常和德国的丁克满少校，法国的白礼苏中校讨论军事学和训练新军的问题。
为了建立起一支更新的新军，袁克定向袁世凯建议，在统率办事处下面成立一个模范军。由大元帅兼模范军军长，这个计划和清末宣统年间摄政王载沣集中兵权于皇室中央，组织禁卫军而自为统帅一样。模范军预定先成立两个模范师，中级军官尽量用留学生，下级军官则用军官生和速成生。
原来北洋军的军官来源，多是天津武备学堂和北洋各军事学堂的毕业生，这两个学堂一直是段祺瑞掌控。
袁克定筹编新军计划中，军官来源改用保定军官学校和陆军速成学校的毕业生。保定军官学校和天津武备学堂一样，都是在清末创立的。袁世凯为了牵制段祺瑞，在一次商定保定军官学校的校长人选时，故意未采纳段祺瑞意见，也未和和段祺瑞商量，派素与段祺瑞不睦的蒋方震为校长。段祺瑞也还以颜色，对保定军官学校的经费种种，陆军部常做留难。
蒋方震当然知道其中原委，此人心胸不是很开阔，受不了这样的委屈，竟在校长任内自杀，幸被抢救但坚决求去。
袁世凯乃改派蒋方震为总统府军事参议。段祺瑞这时还兼总统府军事处长，仍不肯放过，竟拒发委任状，搞得蒋方震不能到差。
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