不过在法国大革命开始后，她身上却意外地体现出一位王后的骄傲美丽与娇艳尊严，表现得比路易十六更有主见，更为顽固。
1789年7月14日，群众攻打巴士底狱时，玛丽·安托瓦内特劝说路易十六带兵去梅斯避难。她支持国王拒绝了国民议会提出的废除封建制度和限制王权的要求，结果成为众矢之的。
1789年10月，随同路易十六从凡尔赛宫迁回巴黎，处于革命群众的监视之下。她暗中活动，向一批流亡贵族求援。
但他们不但没有帮忙，还落井下石，每个人都想用国王的头来换一笔赎金。这批贵族中包括国王的弟弟，普罗旺斯伯爵（即日后的路易十八），和更小的弟弟阿图瓦伯爵（即日后的查理十世）。
国王夫妇苦于左右无援，迫于形势，他们不得不自行谋划一次又一次的逃亡。玛丽王后于1791年6月与国王一同秘密出逃，至边境城市瓦伦时被发现，外逃未遂。
1792年，法国对奥地利宣战，她继续勾结奥地利，并把作战计划提供给外国干涉军，企图借外部势力镇压革命。
叛国的事情败露后激怒了法国人民，导致1792年8月10日巴黎人民起义，彻底推翻了君主制。随后，她和国王一起被囚禁在当普尔堡。
次年10月，被交付给革命法庭审判，判处死刑，送上断头台。享年38岁。死后尸体一度被扔在万人坑埋葬。
直到22年之后，普罗旺斯伯爵复辟成为路易十八，才将她的白骨重新挖出，并妥善安葬。
而现在，梁恩他们找到的应该是在被处决前玛丽王后送出的几批财物中的一部分。
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