1926年9月17日，冯玉祥在苏联和南京政府军的支持下返回国内，决定出兵支持北伐，五原誓师后组成南京政府军联军。石友三因背叛冯玉祥投靠晋军，害怕得到报复，乘车前往五原赔罪。一见冯玉祥扑身跪在地上大哭起来，冯玉祥说：“过去的事，一概不谈，过两天我就到包头去!“1926年10月8日，南京政府军联军总部迁至包头，石友三叛离阎锡山晋军编入南京政府军联军，再度投靠冯玉祥。
1928年，南京政府对各路部队进行整编，石部被缩编为南京政府军第24师，驻河南信阳。1930年，冯玉祥和阎锡山联合反蒋委员长，石友三于是重回冯玉祥麾下，参加中原大战，受命率10万大军进攻陇海线。9月18日，张学良通电拥护委员长，入关参战，石友三见状立即通电响应张学良，率部割据河南北部和河北南部地区。次年，张将石友三部编为南京革命军十三路军，石友三任总指挥，军部驻邢台，全军6.4万人。但石友三对此仍有不满，图谋夺取整个华北地区。1931年7月18日，石友三在张学成等人的鼓动下，接受汪精卫广州国民政府的任命，出兵反对张学良。出兵后，石友三旋即遭到委员长和张学良的南北夹击，7月31日，全军覆灭。石友三逃往山东德州，托庇于韩复榘麾下，次年协助其暗杀张宗昌。1933年5月，中日签订塘沽协定，石友三在日本支持下出任南京政府冀北保安司令。一直至今，这个时候上海人要他的命，哪有不紧张的道理。
这个时候的冯玉祥还想得到上海人和唐聚五的支持，就知道已经是不可能了，就是因为是他的部下烧了少林寺，这个时候的苏启明也是冯玉祥下面的一个师长，这个时候知道消息也是吓坏了，回到家里都不知道怎么办，自己的人头就是一百万美金，现在不知道有多少人在打自己的主意，就是自己部队的军官也是想得到一百万美金。
这个时候的石友三和高启明可以说是惶惶不可终日，都感觉到随时都会给人割掉脑袋，其他的人不可怕，就是害怕唐聚五将军的人，就连张少帅的人都想打石友三的主意，还有不知道有多少武术界的人也是一样不会放过石友三，这个时候的石友三就想逃到日本去，自己心里也有不甘。
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