风火两国的战争持续了数年也还没结束。雷之国也在期间对火之国有过战斗，云隐村的忍者在战场中发现了漩涡玖辛奈的特别之处，随后趁木叶村空虚之时，潜入木叶掳走了玖辛奈。在逃回云隐的途中，因波风水门发现了玖辛奈留下的标记而暴露了行踪，最后在火之国边境线附近被波风水门击杀。玖辛奈因此获救，木叶差点失去了九尾。这次事件如果九尾被夺，尾兽平衡一旦打破，木叶甚至会因此灭亡。所幸的是，波风水门及时发现并救出了玖辛奈。
持久的战争，虽然造就了很多传奇，也让一些忍者从磨砺中成长为中流砥柱，却也吞噬了许多忍者没来的及绽放的生命之花和理想之果。比如纲手的弟弟绳树，因误入起爆符陷进被炸的面目全非而死，连内脏也被夺走。纲手因此在木叶高层会议中，提议在执行任务的三人小队中增加一名医疗忍者，以提高忍者生存率和任务成功率。由于同样在战争中失去亲人的断的支持，这个提议力排众议被推行。而这个创举也被其他忍村沿用，而成为忍者战斗单位的基本组成模式。
但不久后，她的恋人断也在这次大战的某次任务中被夺去生命，身为医疗忍者却因此得了晕血症。接连失去两个生命中最重要的男人，纲手公主从此一蹶不振，淡出第二次忍界大战。此后离开了木叶，开始了二十多年的沉沦。
此次大战官方资料中，还没有关于水之国的信息，水之国是否参战的问题还没有依据能够推测。但水之国置身事外的可能性很小，比较可能的假设是水之国参战了，但因为其与诸国地域隔绝，加上残酷统治和忍者培养方式，作为五大国中最小的一国，忍者数量可能不及其余各国，同时奉行如同闭关锁国的政策，可能并没有与其他国家发生大规模持久战，而是一些小规模的奇袭或突袭战。但这只是假设！
第二次忍界大战持续的时间，推算至少是四五年之久，也就是在木叶40年前后的某一年。相比第一次忍界大战，它持续的时间长，除了比拼实力，还有交战国间的持久力，双方都要能耗的起。进行到战争后期，就连学生稚气未消的下忍也上了战场，已经不是初代火影当初期盼的那样。包括后来的第三次忍界大战，战争以其残酷吞噬了大量忍者，毁灭难以计数的童年。
这就是第二次忍界大战的大致情况。在这场战争中，"三忍"成名，长门三人组出现，玖辛奈和水门结缘，包括没有直接出场的蝎，他们的人生都因此开始以各自方式走向历史舞台中央。
但是到目前为止，除了知道各国经济发展不平衡，武斗派势力抬头，才最终导致了第二次忍界大战的。但具体是如何引爆和演变的，却没有任何相关信息。所以，不少人推测是涡之国灭亡，木叶作为盟友而引发的。但前面我说过，这个可能性并不大。
首先，从时间上来说，涡之国的灭亡早于第二次忍界大战爆发数年，即使是要为盟友报仇，为何没有在当时开战。其次，漩涡一族是被众多国家的忍者联合攻灭的，为何就单单挑了雨之国一个小国开始报复。还有一点，如果雨之国参与了涡之国的战争，作为涡之国的遗民，长门一家又怎么会迁徙到敌国安居呢？所以，涡之国事件是***的可能性不大。
虽然岸本没有直接告诉我们，但是我们可以从结果来推倒一种大胆合理的假设。
从长门的叙述中，火雨两国的战争是由火之国先挑起来的，而第二次忍界大战的开端就是火雨两国交战。那么，信奉和平的木叶村，以及稳健的鸽派领导人三代目火影，为何要决定挑起事端呢？这不禁让人疑惑！而且，战争的结果虽然是火之国胜出，但火之国并没有得到任何领土，也没有实际的直接利益，停战后就这样大方的撤离了这个小国。这也很让人不解。
以三代目火影的执政理念，木叶进攻雨隐村不可能是为了扩张领土。木叶的主动出击，一定是感受到了雨隐村的某种威胁和敌意。但在没有切实受到攻击的情况下，仅仅因为敌对和潜在威胁，也还是不太可能会使三代决定开战。即使有团藏这个武斗派，但团藏也不能公然不顾火影的反对。何况，团藏的出发点也是为了木叶的利益。但此战木叶并没得到什么利益，而且还因此深陷战火，损失惨重。
火雨两国的战争中，有两个具有重要影响的事件。一是"三忍"一战成名。二是长门父母被杀沦为孤儿，内心种下了对木叶的仇恨种子。这件事情完全改变了长门的人生，也是他日后和弥彦创立晓组织的开端。
长门并非普通的漩涡族人，他从小被秘密植入了斑的轮回眼，是未来复活斑的重要棋子。而此时的斑，一定还在通过绝，秘密监控着长门的成长。
做一个假设，如果没有这场战争，木叶忍者没有误杀长门的父母，长门的人生会如何？从回忆中可知，长门父母都不是忍者，只是普通的平民，那个年纪的长门也没有在忍者学校学习忍术。可想而知，以长门温柔的性格和平凡的背景，他的人生本应该会是平淡安稳的。
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