作为木下秀吉家臣的蜂须贺正胜率先攻入城中，紧随其后的就是丹羽长秀家臣林通氏、左久间盛次、木村重兹等人一同攻入城中共同立下一番乘之功。
被编入木下秀吉所部的前田利家更是率先冲阵杀敌，讨取守将之一的木村筑后守，立下了一番首之功。
在箕作城的大手门以及三之丸失守以后，吉田重政深知自己成仁的时刻即将来临。
织田军在攻陷大手门、三之丸后继续对二之丸勐攻，控制住了二之丸南门附近的一处斜坡后，左久间信盛随即调两百名弓足轻以及一百名铁炮足轻赶来，轮番对箕作城的二之丸进行火力压制。
吉田重政虽然已是八十三岁的高龄，仍然身着大铠，手持太刀，率仅剩的城兵，不守反攻，大开二之丸南门，冒着枪林弹雨呼号杀出。
不消半个时辰，双方的尸体血肉，瞬间堆满了斜坡与二之丸南门里外。
一个时辰后，木下秀吉趁着吉田重政还在率军与左久间信盛部激战之际，率五百余军势迂回到二之丸的西面，翻过板塀攻入本丸，并爬上五间高的两层天守，以此为标志宣告了箕作城的陷落。
吉田重政与弟弟吉田和泉守、吉田若狭守、松本民部少辅在得知本丸陷落后并没有就此放弃抵抗，仍然与织田军继续混战，直到最后一刻，退到二之丸的一角集体切腹。
最后，三千余名城兵仅剩下两百余人。
尽管织田军在攻打箕作城时遭到了守军的顽强抵抗，但还是在一天攻陷。
作为箕作城守将之一的建部秀明倒是没吉田重政那样高的觉悟，他见本丸沦陷、守军损失惨重后就赶紧率仅剩下的两百余军势突出重围，逃往观音寺城。
而和田山城在得知箕作城被织田军攻下后惊惧不已，自守将田中治部少辅、田中山城守等人以下六千余人完全丧失了战意，还没等织田·上杉联军对和田山城发起攻击，就瞬间不战自溃了。
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