小说都不敢写一个高中生能随手用上正版的Gaussian。但对于身处顶尖竞赛中学、坐拥特殊教育资源的陈航来说,这却是他“曲线救国”计划中最坚实的一块跳板。
他现在要做的便是用这个强大的工具,验证自己那个想法是否有理论可行性。
第一步,建模。
他首先构建最简单的模型分子:苯基N-硝基胺(Ph-NH-NO?)。这是从苯胺衍生出来的最简单的N-硝基胺,也是他猜想中可能的中间体原型。
鼠标点击,苯环(六元环工具)率先出现。添加氨基(-NH?),再连接硝基(-NO?)。一个略显古怪的分子出现在屏幕上:苯环连着“NH”,再拖着一个“NO?”,像个小章鱼。但这只是初始的“连线图”,原子间键长、键角、二面角都是默认值,分子在真实空间中的最优几何构象需要通过计算优化出来。
陈航将分子文件保存为PhNHNO2.gjf,准备提交他的第一个Gaussian计算任务。
这相当于给这个虚拟分子“捏骨正形”,找到它在现实中最可能存在的构象,并验证它是个真实的稳定点,而非过渡态或虚频点。
他在GaussView中设置计算类型:Opt Freq。
方法泛函选择:B3LYP。这是有机化学计算中最经典、最常用的杂化泛函之一,精度和速度平衡得很好。
基组选择:6-31G(d)。这也是处理有机分子的标准基组之一,对于初始探索足够了。
其他设置:默认。任务标题写上“Ph-NH-NO2 Optimization and Frequency”。
保存输入文件,通过校园网的计算作业管理系统提交。屏幕上弹出估算时间:约25分钟。
“还好,不算太久。”陈航松了口气,感觉像往虚拟反应釜里投下了第一份原料,然后开始等待“反应”完成。
等待的间隙,他也没闲着。拿出笔记本,开始规划后续的计算工作:
1.验证猜想基础:计算优化后的Ph-NH-NO?分子中,关键化学键(N-NO?键,以及与芳环相连的C-N键)的键级、键长、电子密度分布。看看硝基的吸电子效应到底对C-N键削弱了多少。
2.探索互变异构:尝试寻找从Ph-NH-NO?到其重氮酸式互变异构体(Ph-N=N-OH)的过渡态。计算这个质子迁移过程的能垒。
3.关键离去步骤:模拟互变异构体分解,N?O离去,生成芳基正离子的路径。计算这一步的热力学反应热和动力学能垒。
4.对比经典路径:作为参照,需要简单计算经典Sandmeyer反应中,芳基重氮盐Ph-N??分解或与Cu?作用生成芳基自由基的关键步骤能垒。
5.亲核捕获:最后,计算生成的活性芳基物种与一个简单的亲核试剂,比如氯离子Cl?,结合的反应能垒,完成整个理论计算目标。
思路清晰了,第一步的计算结果也差不多出来了。陈航刷新作业状态,显示Completed normally(正常完成)。他立刻下载结果文件,用GaussView打开。
首先检查优化后的几何结构。分子形状果然发生了变化,硝基的氧原子与氨基的氢原子之间,距离似乎比初始模型近了一些,这可能预示着分子内氢键或某种弱相互作用的趋势。键长数据被他调出:
N-NO?键长:1.398 ?
芳环C-N键长:1.410 ?
(注:?是埃,10的负10次方米,数据不一定准确,轻喷)
对比典型芳香胺的C-N键长,约1.40 ?,和典型硝胺的N-NO?键长,约1.35-1.40 ?,看起来都在正常范围,但需要更精细的分析。
他接着进行“自然键轨道(NBO)”分析,这是一种分析分子中电子分布和键性质的方法。短暂的等待后,关键数据出现:
N-NO?键的Wiberg键级:0.95 (键级小于1,表明键较弱,有部分单键性质,易断裂)
芳环C-N键的Wiberg键级:0.88 (显着低于典型芳香胺C-N键的~1.0,说明电子云密度降低,键被削弱!)
硝基上氧原子的自然电荷:-0.45左右,氨基氮上电荷:-0.12,而与之相连的氨基氢电荷:+0.35,氢正电性很强,说明N-H键极性很大,氢酸性强!
“有门儿!”陈航眼睛一亮。计算初步证实了他的猜想:硝基的强吸电子效应通过共轭和诱导传递,确实显着降低了芳环C-N键的键级,即削弱了它,同时极大地增强了N-H键的极性,使得质子转移在热力学上非常有利。
接下来是频率计算……第一步验证成功,陈航信心大增。他立刻开始第二步:寻找互变异构的过渡态。
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