俄国军队占领奉天后，马龙潭奉命保护兴京（辽宁省新宾满族自治县）清朝皇帝祖陵有功，清德宗爱新觉罗·载湉特赏赐四品花翎顶戴。
1903年，被清朝招抚的忠义军首领张桂林随俄军驻通化，得到俄军军官袒护，放纵部下四处掳掠，激起民怨沸腾。
马龙潭决定除掉这一祸害，于是设计捕杀了张桂林。张桂林余部盘踞通化境内蜊蛄河负隅顽抗，图谋报复。
马龙潭冒险率先攀登悬崖，直插驻地，仿佛神兵天降一般，众贼个个心惊胆战，乖乖就擒，张桂林余部至此得到彻底清除。
然而由于清政府的腐败无能，这样一个大快人心的事情却被俄军当做借口，迫于压力，朝廷把马龙潭革职。
不久，清朝又重新起用马龙潭为奉天中路第2营马队统带（相当团长）。
结拜兄弟
1907年，按年龄为序，马龙潭、吴俊升、孙烈臣、张景惠、冯德麟、汤玉麟、张作霖、张作相8人结拜为盟兄弟。1909年春马龙潭升任奉天右路巡防军帮统（相当于副旅长），驻军凤城。
1909年10月任统领（相当于旅长）。1910年秋带兵镇压庄河农民抗捐斗争，清朝皇帝爱新觉罗·溥仪赐“骏声远绍”匾额及银瓶。
1911年夏，启凤书院（凤城一中）学生刘德峰和同盟会由奉天派来的2名青年鼓动推翻清朝统治，实现共和，遭到逮捕。
在押往巡防骑兵营（凤城市第六粮店后院）途中，大骂马龙潭是清朝看家狗，当即被马龙潭砍死于小石桥边（凤城市东方红仪表厂后面）。
1911年10月辛亥革命爆发，11月鲍化南（蒙古族，联庄会首领）、刘纯一（同盟会员）举旗反清，谋划攻打凤凰城。
马龙潭获讯命令陈钧九等营六七百人围攻起义军营地，双方在老黑山（茨林子与管家交界处）激战，11月27日击溃起义军，捕获何秀斋、何宗齐（均为同盟会员）等27人，押至凤凰城处死。
1914年马龙潭任东边镇守使，仍兼奉天右路、巡防统领官，晋升陆军中将，佩二等嘉禾章、二等文虎章、三等宝光嘉禾章。
1915年袁世凯复辟帝制，封马龙潭为三等男爵，马龙潭坚辞不受。
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