拉蒂欧斯的翅膀划破石英高原的云层时，整片大地都在散发着厚重的能量气息 —— 高原上遍布着半透明的能量晶石，晶石中流淌着丰缘三神的土黄、深蓝、淡绿能量，还有成都特有的淡金生命能量，这些晶石被暗骨组织用金属管道串联，汇聚向高原中央的巨型机械堡垒。堡垒顶端的 “终极改造装置” 如一头钢铁巨兽，核心处悬浮着无数碎片残片，暗红的暗能量像血管一样缠绕在装置表面，不时迸发出刺眼的火花。
“所有能量碎片都在那里！” 小悠的笔记本屏幕映出装置的特写，艾路雷朵的超能力放大画面，能清晰看到丰缘三神碎片的残片在核心旋转，“暗骨把丰缘的地、海、空能量，和成都的生命、时间能量混在一起了！这样强行融合，会引发能量爆炸的！”
海汐的巨钳蟹趴在拉蒂亚斯的背上，钳子里夹着一块从潮汐神殿带来的海洋能量晶，晶体与堡垒的能量产生共鸣，微微发烫：“石英高原的能量晶石是天然的‘放大器’，他们想借高原的能量，让终极装置的威力提升十倍 —— 一旦启动，半个成都都会被能量风暴吞噬！”
莎莉娜让仙子伊布的淡粉能量探向堡垒，能量刚触碰到暗能量屏障，就被弹回：“屏障比之前的反向共振波更坚固，里面混杂着时间能量，普通攻击根本穿不透。超梦先生，您能感知到屏障的能量节点吗？我们或许能像在桐树林那样，用‘超能力 + 协调’的组合突破。”
超梦的红色光带升空，光带穿透云层，覆盖整个堡垒，很快就锁定了三个暗金色的节点：“在堡垒的东、西、北三个角，每个节点都有改造宝可梦守护 —— 是融合了多种能量的‘复合改造体’，分别对应地、海、空能量，它们的核心与屏障相连，只要摧毁节点，屏障就会失效。”
众人立刻分工：小智带着皮卡丘和妙蛙花，负责摧毁东侧的 “地属性复合改造体”（改造班基拉斯与丰缘地能量融合）；莎莉娜与超梦搭档，解决西侧的 “空属性复合改造体”（改造暴飞龙与桐树林时间能量融合）；小霞、海汐和小刚负责北侧的 “海属性复合改造体”（改造巨沼怪与成都海洋能量融合）；小悠和艾路雷朵留在高空，用超能力监控装置的能量波动，随时传递情报。
小智一行降落在东侧节点时，改造班基拉斯正趴在节点旁，身体覆盖着暗金色的金属铠甲，铠甲缝隙中渗出土黄与暗红交织的能量，它抬起头，发出震耳的咆哮，地面裂开巨大的缝隙，岩浆从缝隙中涌出。“妙蛙花，用飞叶快刀挡住岩浆！” 小智让皮卡丘凝聚十万伏特，却在靠近时被改造班基拉斯的铠甲弹开 —— 铠甲上的暗能量能吸收电力。
“用丰缘的地能量晶！” 小智突然想起背包里的岩石碎片，淡黄土黄能量从碎片中溢出，“班基拉斯，你记得丰缘的大地吗？那是孕育生命的地方，不是破坏的工具！”
改造班基拉斯的动作顿了顿，铠甲的暗红能量出现一丝裂痕。妙蛙花趁机用藤鞭缠住它的四肢，皮卡丘的十万伏特裹着土黄能量，再次击中铠甲缝隙 —— 这次，电流穿透暗能量，击中班基拉斯的核心，铠甲 “咔嗒” 碎裂，班基拉斯的眼睛恢复清明，对着小智点头，转身用身体挡住涌来的岩浆，为他们摧毁节点争取时间。
西侧的莎莉娜和超梦正与改造暴飞龙对峙，改造暴飞龙的翅膀融合了时间能量，扇动时能制造 “时间停滞区”，超梦的光带几次攻击都被停滞在半空。“它的时间能量来自桐树林的裂缝残片！” 莎莉娜让仙子伊布的淡粉能量凝成 “协调光刃”，“超梦先生，您用超能力牵制它的翅膀，我用协调能量切断残片与它的连接！”
超梦的光带突然缠住改造暴飞龙的翅膀，红色能量强行冻结时间能量的流动，改造暴飞龙的动作瞬间变慢。莎莉娜抓住机会，让仙子伊布的光刃精准砍向它翅膀上的残片，“咔嚓” 一声，残片碎裂，改造暴飞龙的翅膀恢复正常，眼中闪过清明，对着超梦发出温和的鸣叫，转身冲向堡垒，用翅膀撞向西侧节点，节点瞬间爆炸。
北侧的战斗也进入尾声：小霞的宝石海星与海汐的巨钳蟹配合，用 “水炮 + 泡沫光线” 的组合，暂时压制改造巨沼怪的能量；小刚的吉利蛋释放治愈波动，中和改造巨沼怪核心的暗能量；当改造巨沼怪的眼睛恢复清明时，它主动用钳子击碎了北侧节点，三个节点同时爆炸，堡垒的暗能量屏障瞬间消散。
“屏障没了！快去阻止终极装置！” 小悠的声音通过超能力传来，此时装置的核心已经开始发光，丰缘三神碎片的残片旋转速度越来越快，能量风暴开始在堡垒周围形成。
众人冲进堡垒时，暗骨领头人正疯狂地拍打装置的启动按钮：“晚了！终极装置已经开始运转，你们谁也拦不住！” 他身边的改造幽灵系宝可梦（耿鬼、梦魇）朝着众人袭来，却被突然出现的洛奇亚和亚克诺姆拦住 —— 洛奇亚的翅膀扇动蓝色能量，驱散暗能量；亚克诺姆的金黄光晕笼罩幽灵系宝可梦，意志能量唤醒它们的意识。
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