拉蒂欧斯的翅膀掠过湖滨市的湖泊上空时，澄澈的湖水突然泛起异常的涟漪 —— 原本湛蓝的湖面竟浮现出淡紫、粉红、金黄三道光痕，像是有人在水下搅动了传说中的 “湖泊能量核心”。艾路雷朵的翅膀剧烈颤动，背包里的古老齿轮碎片突然发烫，淡银光芒透过布料映出纹路，与湖面的光痕形成奇妙的呼应。
“是湖之众神的信号！” 超梦的红色眼眸紧紧盯着湖心，“暗骨组织已经先一步找到了由克希、艾姆利多、亚克诺姆的栖息地，他们在用水下控制装置吸收湖泊能量，想削弱传说精灵的力量！”
众人刚降落在湖边的芦苇丛，就听到湖心传来微弱的悲鸣 —— 三只通体透明的传说精灵正被淡红的能量网困住：守护 “知识” 的由克希蜷缩在石缝旁，触角泛着黯淡的紫光；掌管 “情感” 的艾姆利多在水中挣扎，粉红的尾鳍被能量网划伤；而象征 “意志” 的亚克诺姆则试图用金黄的光晕冲击网壁，却因能量流失而渐渐下沉。
暗骨组织的巨型机械船停在湖心，船底的管道正疯狂抽取湖水，控制台上的显示屏跳动着 “能量吸收 92%” 的字样。领头人拿着强化版控制核心，狂笑着大喊：“只要抓住这三只传说精灵，就能用它们的力量激活最终控制装置！到时候整个神奥的宝可梦都会听我的！”
“不许你伤害它们！” 小智立刻抛出精灵球，妙蛙花的藤鞭如箭般射向能量网，却被网壁反弹的红光灼伤；艾路雷朵展开超能力屏障，淡紫色光带试图包裹住亚克诺姆，却因湖泊能量的紊乱而不断颤抖。
“用古老齿轮碎片！” 小悠突然想起碎片与能量的共鸣特性，急忙将碎片递到小智手中，“碎片能和铁之能量、超能力共鸣，说不定也能唤醒湖泊能量！”
小智握紧碎片冲向湖边，当碎片接触湖水的瞬间，淡银光芒顺着涟漪扩散，与湖面的三道光痕交织 —— 水底突然浮现出千年以前的画面：湖之众神与古代人类一起守护湖泊，用知识指引方向、用情感治愈伤痛、用意志抵御黑暗，而画面的最后，竟出现了与齿轮碎片相似的纹路，像是两种传说力量早已相连。
“原来如此！” 小智突然明白，“湖之众神的守护，和初代齿轮灵的羁绊是一样的 —— 都是为了‘共生’，不是‘独守’！” 他对着被困的亚克诺姆大喊，“我知道你想保护伙伴和湖泊能量，我们不是来‘控制’你的，是来帮你一起守护！”
亚克诺姆的金黄光晕突然亮了几分，它奋力撞向能量网的一处薄弱点，而小智立刻让皮卡丘凝聚十万伏特 —— 不是攻击，而是将电流压缩成细细的 “能量丝”，顺着碎片的光芒递向亚克诺姆。当电流与金黄光晕相遇时，能量网瞬间出现裂痕，亚克诺姆趁机冲出网壁，落在小智面前的湖面上，金黄触角轻轻碰了碰他手中的碎片。
“它在回应你！” 小霞惊喜地喊道，宝石海星立刻释放水幕，挡住暗骨组织射来的能量弹，“快，帮由克希和艾姆利多也挣脱控制！”
亚克诺姆的金黄光晕扩散开来，将小智与碎片包裹其中，两人一同浮到湖心 —— 光晕化作无数细小的光丝，钻入由克希和艾姆利多的能量网，与它们的光芒共鸣。随着两声清脆的 “嗡鸣”，另外两只传说精灵也挣脱束缚，三只精灵围绕着小智旋转，湖面的三道光痕汇聚成一道彩色光带，将机械船牢牢困住。
暗骨组织领头人见状，疯狂按下控制核心的按钮：“既然抓不到，就一起毁灭！启动自爆程序！” 机械船的船体开始剧烈震动，船底的管道喷出刺眼的红光，显然要引爆吸收的湖泊能量。
“亚克诺姆，用意志光晕护住大家！” 小智大喊，亚克诺姆立刻展开巨大的金黄光罩，将小智一行、湖之众神和周围的野生宝可梦都护在其中。而小智则让妙蛙花的藤鞭缠住控制核心，古木能量顺着藤鞭渗入 —— 他要做的不是破坏，是用羁绊的能量中和自爆程序。
当古木能量、超能力、湖泊能量与齿轮碎片的铁之能量在控制核心处交汇时，红光突然褪去，取而代之的是柔和的彩色光芒。机械船的自爆程序被成功中和，暗骨组织的成员再次被超梦的光带困住，只能眼睁睁看着湖之众神回到小智身边。
由克希用触角碰了碰小智的额头，像是在传递 “知识” 的馈赠 —— 小智的脑海里突然多了许多关于湖泊能量的秘密；艾姆利多则用尾鳍轻轻蹭了蹭他的手背，传递着温暖的 “情感” 波动；而亚克诺姆则悬浮在小智面前，金黄光晕渐渐融入他的精灵球，球身泛起淡淡的金光，这是传说精灵主动认可的信号。
“亚克诺姆，你愿意和我一起冒险吗？” 小智捧着精灵球，声音里满是真诚，“我不会把你当成‘厉害的工具’，我会和你一起守护想守护的东西，一起成长！”
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