一百八十起经按察使复审认定的冤狱或疑似冤狱案件上报刑部后，刑部尚书郑衡即刻按照萧燊的旨意，牵头成立“冤狱平反专案组”，从刑部抽调了二十余名精通律法、办案经验丰富的骨干官员，同时联合大理寺丞、都察院御史组成联合审案团队，明确分工、相互协作，制定了“先重后轻、先易后难”的审理原则——优先审理涉及魏党构陷、影响重大的冤狱，再审理普通百姓的冤假错案；优先审理证据确凿、案情清晰的案件，再攻克证据不足、案情复杂的疑难案件，确保终审工作高效、有序推进。
郑衡自接手终审工作以来，始终坚守“执法严明、不避权贵”的原则，亲自审阅每一份案卷，对案卷中存在的疑点、证据链不完整的地方，必亲自提审当事人与原审官员，逐一核实清楚。在众多案件中，“江南十才子案”是当年魏党制造的最为典型的重大冤案之一，十位才华横溢的文人因拒绝依附魏党，不愿为其撰写歌功颂德的文章，被魏党亲信罗织“结党谋反”的重罪。终审时，当年参与审理此案的原审官员深知此案事关重大，试图以“此案为前朝旧案，应遵循‘既往不咎’原则”为由推脱责任，拒不承认自己的罪行。郑衡见状，当即下令呈上玄夜卫查获的关键证据——魏党与该官员的通信密件，密件中清晰写明了魏党指使该官员构陷十才子的具体指令，铁证如山之下，原审官员再也无法抵赖，只能低头认罪。
为确保审理结果的公正与精准，联合审案团队还创新了审理方式：对涉及民间纠纷、邻里矛盾的冤狱，采用“现场勘验+邻里质证”的方式，亲自前往案发地实地查看，询问周边邻里，还原案件真相；对涉及官员构陷、贪腐枉法的案件，则联合玄夜卫深入调查涉案人员的人际关系、利益往来，挖掘背后隐藏的权力勾结与利益输送链条。审案团队的官员们日夜奋战，放弃了休息时间，逐案梳理证据、核对口供、研判律法条文，经过整整两个月的不懈努力，一百八十起案件全部审结完毕。其中一百五十起案件被正式认定为冤狱，相关证据确凿、案情清晰；三十起因部分关键证据缺失、案情存在诸多疑点，被发回地方按察使重新补充调查、复核。
案件审结后，郑衡亲自将终审结果汇总整理，形成了详细的《十三省冤狱平反总录》。总录中，详细列明了每起冤案的案情始末、涉案官员、定罪依据、平反理由、处理结果以及对被冤者的补偿方案，内容详实、条理清晰。总录所涉案件，上至官员被构陷的大案，下至平民被诬陷的小案，桩桩都有明确的证据支撑与严谨的结论，无任何含糊之处。郑衡亲自将《十三省冤狱平反总录》呈送御书房，交由萧燊审阅。
萧燊在御书房中仔细翻阅《十三省冤狱平反总录》，逐案查看审理结果，对郑衡与联合审案团队的工作极为满意。他放下总录，当即下旨：“凡经终审认定平反的冤狱，各地官府需即刻释放被冤者，恢复其名誉与官职（若为官员）；被查抄的家产需一律足额退还，若家产已被变卖，由地方官府出资赎回退还；因冤狱致残者，由朝廷发放足额医药补贴，保障其后续治疗；含冤而死者，需为其恢复名誉，为家属发放抚恤金，妥善安置家属生活；所有制造冤狱、参与构陷的官员，一律交由都察院从严查处，依法定罪！”
在终审结果与《十三省冤狱平反总录》中，萧燊特别留意到“陕西总兵赵毅谋反案”，此案的审理记录让他心生疑虑：赵毅曾是西北战功赫赫的名将，常年驻守北疆，多次击败鞑靼入侵，深受士兵与百姓爱戴，却因拒绝为魏党建生祠、不愿依附魏党而被夺职下狱。案卷中，认定赵毅“谋反”的依据仅有一份“通敌鞑靼”的模糊供词，无任何实质性证据，供词的落款时间与赵毅被酷刑折磨的时间高度吻合，显然是屈打成招。萧燊当即断定此案必有蹊跷，即刻下旨：“将‘陕西总兵赵毅谋反案’提至京城，由朕亲自主持审理，三法司官员陪同参与。”
御书房内，烛火通明，萧燊亲自主持审理，三法司官员分列两侧。萧燊首先提审赵毅，此时的赵毅虽身陷囹圄三年，受尽酷刑折磨，身形消瘦、面色苍白，却依然眼神坚定，见到萧燊后，当即跪地叩首，声泪俱下却语气铿锵地坚称自己清白。随后，他详细讲述了当年被魏党亲信胁迫，要求其为魏党建生祠，自己拒绝后，被魏党罗织“通敌鞑靼”罪名，遭受烙铁、夹棍等酷刑，最终被迫招供的完整经过。紧接着，萧燊提审当年的原审官员，该官员起初百般抵赖，坚称赵毅“谋反”证据确凿，拒不承认自己刑讯逼供、制造冤狱。直至萧燊示意内侍呈上玄夜卫最新查获的关键证据——魏党当年下发的密令，密令中明确要求“除掉赵毅，以儆效尤，震慑不附逆者”，并标注了具体的执行官员与执行方案，原审官员见铁证如山，再也无法狡辩，只能瘫软在地，如实招供了自己受魏党指使、制造冤狱的罪行。
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