十三名巡按御史郑重接过尚方宝剑，向萧燊叩首谢恩，齐声领命：“臣等必不负陛下圣恩，不负百姓所托！”领命之后，他们不敢有丝毫耽搁，即刻收拾行装，自带精心挑选的文书吏员与玄夜卫护卫——玄夜卫负责保护其安全，同时协助核查证据、抓捕嫌犯——避开地方官员的刻意拉拢与宴请，日夜兼程奔赴各自负责的省份，直奔各州府，正式启动冤狱核查工作，一场覆盖全国的平冤风暴就此拉开序幕。
巡按御史抵达各自负责的省份后，没有先与地方官员接触，而是第一时间在各州府的繁华地段、城门入口等百姓聚集之处张贴告示，告示上清晰写明朝廷平反冤狱的旨意、“三审复核制”的具体流程，以及御史行辕的地址与申诉时间，晓谕百姓：“凡蒙冤受屈者，无论案件大小、历时多久，均可持状纸、证据赴御史行辕申诉，朝廷必秉公审理，绝不推诿、绝不偏袒！”告示一经张贴，即刻引发百姓热议，各地百姓纷纷响应，短短几日之内，各州府的御史行辕外便排起了长长的申诉队伍，不少百姓带着积攒多年的冤屈与证据，满怀期待地等候申诉。
在百姓申诉的同时，地方有司的初审工作也随即展开。按照“三审复核制”的要求，各州府知府需在一个月内，将辖区内所有未结案件、历年积压案件的案卷全部整理完毕，逐一登记造册，提交给巡按御史审阅。然而，这一要求在执行过程中却遭遇了诸多阻碍，部分曾参与制造冤狱、或是与旧党有着千丝万缕联系的地方官员，心存侥幸心理，妄图通过各种手段蒙混过关：有的以“案卷年久失修、难以查找”为由，拖延不交案卷；有的则暗中篡改案卷中的关键信息，删除对自己不利的记录，编造虚假证据；还有的甚至直接藏匿涉及自身或同僚的案卷，试图将冤狱彻底掩盖。
江南苏州府知府赵坤，便是其中的典型。他曾受魏党亲信指使，诬陷当地平民李四“盗窃官粮”，将李四下狱五年，同时侵占了李四的家产。此次朝廷启动冤狱平反，赵坤深知自己罪行败露的风险极大，不仅隐匿了李四案件的原始案卷，还暗中派人威胁李四的家人，扬言若敢向巡按御史申诉，便将其全家流放，永无归期。李四的家人本想申诉，却因惧怕赵坤的权势而犹豫不决。巡按御史江涛在接待申诉百姓时，察觉李四家人神色异常，似有难言之隐，便暗中派玄夜卫调查，最终查清了赵坤的威胁行为。江涛当即下令，调遣玄夜卫搜查赵坤的府邸与官署，最终在府邸的密室中找到了被藏匿的真实案卷，以及赵坤当年收受魏党亲信贿赂的凭证，铁证如山。
类似的阻力在全国各地多有出现：有的地方官员以“军事核查期间，地方事务繁忙”为由，拒绝配合初审工作，对巡按御史的询问敷衍了事；有的则勾结地方豪强势力，散布“巡按御史收受贿赂、乱判案件”的谣言，试图煽动百姓对平反工作的不满，干扰申诉秩序；还有的甚至暗中安排人手，在御史行辕外寻衅滋事，恐吓申诉百姓。面对这些阻力，巡按御史们依据萧燊临行前的训示，沉着应对：对拒绝配合的官员，直接上书弹劾；对散布谣言者，当众公示调查证据，戳破谣言真相；对寻衅滋事者，交由玄夜卫当场抓捕，严厉惩处，有效震慑了不法分子，确保初审工作稳步推进。
在巡按御史的强力推动与严格监督下，一个月的时间内，十三省的地方初审工作顺利完成。此次初审共接收百姓申诉案件四百余起，巡按御史与地方有司共同梳理核查，从中梳理出疑似冤狱两百余起，其中近百起案件涉及魏党构陷、官员贪腐枉法等严重问题。对于这些疑似冤狱，巡按御史逐一核实初审结论，附上相关证据与初步调查意见，连同完整案卷一并上报各省按察使，等待按察使的复审，平冤工作就此进入第二阶段。
各省按察使接到巡按御史上报的初审结果与案卷后，不敢有丝毫懈怠，即刻按照“三审复核制”的要求启动复审工作。按察使作为一省的司法长官，熟悉地方的风土人情与官场情况，能够更精准地判断案件中的疑点，这对复审工作极为有利。但与此同时，按察使也面临着巨大的压力：不少制造冤狱的官员是其昔日的同僚，甚至有一些是其上司，这些人纷纷上门说情，或以官场情谊相要挟，要求按察使“顾全大局”，对部分案件“手下留情”，不得深究，试图干扰复审工作。
江西按察使江涛（此时尚未赴巡按任，仍主持按察使事务）在复审“书生王五谋反案”时，便遭遇了这样的压力。他仔细审阅案卷后发现，此案的定罪依据仅有一份“匿名举报信”，信中指控王五“作诗讥讽权贵、意图谋反”，却无任何物证与人证，案卷中的口供也是王五在酷刑之下被迫招认的。江涛进一步调查得知，王五实则是因诗作中暗含对魏党专权的不满，被魏党亲信记恨，进而罗织罪名构陷。就在江涛准备深入调查之时，他的上司——曾任魏党成员的江西布政使李嵩暗中找到他，以“此案涉及前朝旧臣，深究恐引发地方动荡”为由施压，要求他“就此了结，不要过度追查”，言语中暗含威胁之意。
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