考试结束后，按旧例应由翰林院先初筛考卷，再呈皇帝御览。萧燊却打破旧例，下旨“所有考卷直接送御书房，朕亲自批阅，再交考官复核”。他对阅卷官们道：“朕要亲自看看，哪些士子是真有才华，哪些是只会空谈。你们的职责，是核对朕的批阅，补充遗漏，不是替朕做决定。”
御书房内，考卷堆积如山，萧燊从早到晚逐卷批阅，每日只睡两个时辰。他批阅的标准很明确：策论是否切中要害，实务方案是否可行，语言是否朴实无华。看到空谈经义、回避问题的考卷，他便随手放在一旁；看到观点鲜明、方案具体的考卷，就用朱笔圈点，写下批注。
当看到李董的考卷时，萧燊眼前一亮。李董在治水题中，详细描述了苏州河道的淤积情况，提出“分段疏浚、设闸控水、推广耐涝麦种”的方案，还附上了亲手绘制的河道图。萧燊叫来户部尚书周霖，指着考卷问：“这个方案可行吗？”周霖仔细看过後，赞叹道：“此子有实务经验，方案周密，比工部的官员想得还细！”萧燊当即批注“此乃治水能臣”，将其列为二甲头名。
沈修的考卷同样让萧燊动容。他在策论中，结合自己被贬的经历，痛斥魏党“结党营私、克扣军饷”的罪行，提出“以律法肃奸、以恩科选贤”的主张，字里行间满是忠君之心。萧燊看完后，当即命人召沈修入宫面谈。当得知沈修因写诗讽刺魏党而被贬时，他感慨道：“忠良之臣，不该埋没。”当即决定破格提拔他为翰林院编修，主持《肃奸录》的编纂。
阅卷持续了十日，萧燊共圈出八十名合格士子，其中寒门子弟五十七人，占比近七成。他将圈定的名单交给沈敬之，“这些人，你再核查一遍他们的品行，若无误，便可放榜。”沈敬之看过名单后，对萧燊道：“陛下慧眼识珠，这些士子多有实务经验，绝非空谈之辈。”萧燊笑道：“朕要的，就是这样能为百姓办事、为新政出力的真才，他们才是大吴的根基。”
恩科放榜那日，贡院外挤满了士子与百姓。当榜单张贴出来，看到“寒门士子占七成”的字样时，人群中爆发出雷鸣般的欢呼。李董的名字赫然列在二甲头名，他的同乡激动地抱住他：“董哥，你中了！寒门子弟也能出人头地了！”沈修看到自己的名字时，热泪盈眶，对着皇宫方向深深叩首：“陛下知遇之恩，臣必以死相报。”
榜单传到朝堂，世家勋贵却一片哗然。吏部一名世家出身的侍郎当即上疏，称“寒门子弟太多，恐动摇朝堂根基”，请求萧燊“重新核定榜单，增加世家子弟名额”。一时间，附和的官员竟有十余人，连部分老臣也认为“此举太过激进”。沈敬之将这些疏折呈给萧燊，忧心忡忡地说：“陛下，世家势力庞大，若逼之过甚，恐生乱局。”
萧燊却毫不动摇，他召来那名上疏的侍郎，当面问道：“你说寒门子弟动摇根基，那朕问你，李大人是世家子弟，却通敌叛国；张勇是寒门出身，却死守边关。到底谁在动摇根基？”他将李董的治水方案与沈修的策论扔在侍郎面前，“这些寒门士子的考卷，比你十年的政绩都有用。你若再敢阻挠选贤，朕便革了你的职，让有本事的人来坐你的位置。”
为平息世家非议，萧燊在金銮殿召开朝会，当众宣布：“恩科榜单，朕已亲自审定，绝无差错。今后朝廷选官，只看才华与品行，不问出身。世家子弟若有真才，朕同样重用；若只会凭借家世，不思进取，便休怪朝廷无情。”他命人将李董、沈修的考卷抄录后颁给百官，“你们都好好看看，什么叫真才实学，什么叫为国分忧。”
朝会结束后，世家勋贵虽仍有不满，却无人再敢公开反对。百姓得知后，更是对萧燊赞不绝口，街头巷尾都在传唱“天子开恩科，寒门出贤才”。萧燊站在御书房，看着宫外欢腾的景象，对孟承绪道：“民心稳，则朝局稳。这些寒门士子，既是新政的骨干，也是朕与百姓之间的桥梁。他们来自民间，懂百姓的苦，能办百姓的事，这就是恩科最大的成效。”
恩科榜单确定后，萧燊下旨：所有新晋进士，一律到金銮殿接受召见，由他亲自授职。这又是打破旧例——按前朝规矩，进士授职由吏部拟定名单，皇帝只需盖章批准。萧燊此举，既是要亲自考察新晋进士的谈吐，也是要向天下表明“朕重视贤才”的态度。
召见当日，八十名进士整齐排列在金銮殿上。萧燊逐一询问他们的志向与专长，根据每人的特点亲自安排官职。李董擅长治水，他便任命为苏州知府，让其回到江南，将治水方案付诸实践；沈修忠直敢言，他便任命为翰林院编修，主持《肃奸录》编纂，记录忠良事迹与魏党罪行；擅长理财的王砚，被任命为户部郎中，负责盐课改革的前期筹备。
当问到一名叫陈默的寒门士子时，萧燊得知他曾在江南粮仓任职，魏党挪用粮饷时，他冒死藏起账册，为肃奸提供了关键证据。萧燊当即破格提拔他为兵部主事，协助裴衍管理军需：“军需是边军的命根子，交给你这样忠直的人，朕放心。”陈默感动得泪流满面，跪地叩首：“臣必以死相报，绝不让军饷再出半分差错。”
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