京营的整肃，比边军更难。这里的将士多是世家子弟，养尊处优惯了，不少人还与魏党有牵连。蒙傲兼任京营总提督后，第一时间就拿开国功臣的后代开刀——一名参将无故缺席训练，被他当场革职。“不管你是谁的后代，在京营就得守规矩！”蒙傲的铁腕让京营震动，他制定的筛选标准毫不留情：老弱者退伍，无能者降级，年轻力壮者优先提拔。林锐带着校尉考核半月，淘汰三千余人，提拔一千五百名实干将士。
整肃后的京营，编为三队各司其职。林锐统领的皇宫卫队，每日加强巡逻，连一只野猫都别想靠近紫宸殿；京营副总兵管辖的治安队，日夜巡查京城，盗窃案锐减；蒙傲直管的机动队，每日进行实战演练，随时准备支援边军。蒙傲在奏报中写道：“京营已非昔日可比，陛下可高枕无忧。”萧燊却提醒他：“京营是中枢的屏障，绝不能出半点差错，每月的考核，朕要亲自看。”
萧燊的亲自检阅，让京营将士不敢有丝毫懈怠。当看到陈武三箭射中靶心时，他眼前一亮——这个二十岁的士兵，父亲是战死的大同卫校尉，身上有股不服输的劲。“你愿去边关吗？”萧燊问。陈武单膝跪地：“臣愿去最危险的地方，为父亲报仇，为陛下守边！”萧燊当即提拔他为小旗，赐银五十两：“朕等着你立功的消息。”这个场景被在场的将士看在眼里，大家都明白，陛下用人只看能力，不看背景。
京营的装备改良，是萧燊重点关注的事。冯衍接到圣旨后，带着工匠住进了军工坊，三个月没回过家。“陛下要穿透力强的箭，轻便的铠甲，我们就必须做出来。”他反复试验，终于造出“破甲箭”和“鱼鳞甲”——破甲箭能穿透三层甲片，鱼鳞甲比旧铠甲轻一半还结实。新装备送到京营时，林锐带着将士试练，箭头射中铠甲弹开，将士们欢呼着举起铠甲：“有这宝贝，我们更不怕鞑靼了！”
京营的变化，百姓看在眼里。酒楼老板笑着对客人说：“以前晚上关店要插三道门闩，现在一道就够了，京营的巡逻兵比门神还管用。”萧燊微服私访时听到这话，十分欣慰。他走进一家茶馆，听到百姓们在谈论恩科：“陛下说了，不看门第看才德，我家孩子也要去考。”萧燊没说话，悄悄留下一锭银子，让掌柜转交给那户寒门人家——他要的，就是这样的民心。
恩科的开考，打破了“三年一科”的旧例，也打破了世家对仕途的垄断。萧燊亲自拟定的考题，“民惟邦本、治世之要”，直指新政核心。考前，他让吴鼎刊印《新政纲要》分发给考生，“朕要的不是只会空谈的书生，是能办实事的人才”。有世家子弟抱怨“考题偏”，被吴鼎怼了回去：“陛下的新政是为百姓，不懂百姓的苦，怎么能当官？”这句话传到萧燊耳朵里，他当即赏了吴鼎黄金百两。
阅卷时，萧燊常常忙到深夜。他最看重的不是文辞优美，而是是否认同“忠君爱民”的理念。当看到一份答卷上写着“轻徭薄赋则民安，整肃吏治则国兴”时，他当即圈为上等——这份答卷的考生，是出身寒门的李董。而那些鼓吹“世家特权”的答卷，哪怕文笔再好，也被他扔到一边。“朕要的是新政的助力，不是绊脚石。”萧燊对阅卷官说。此次恩科取士八十余人，寒门士子占七成，他们后来都成了新政的骨干。
肃奸留下的职位空缺，成了新晋人才的舞台。沈敬之按照“不问出身、只看能力”的原则，推荐了不少寒门士子。陆文渊在江南寻访到的陈默，就是其中的佼佼者。陈默曾管理江南粮仓，魏党挪用粮饷时，他冒死藏起账册，为清查提供了关键证据。“这个人懂军需，让他协助裴衍。”萧燊看了陈默的履历，当即拍板。陈默接到任命时，激动地说：“臣必以死报效陛下的知遇之恩。”
陈默到任后，用半月时间梳理了军需旧账，找出了“中间商加价、账目混乱”等症结。他建立的“物资台账制”，用红、黄、绿三色标签区分物资的紧急程度，接入玄夜卫的信息系统，让每一笔物资的流向都清晰可查。制度推行一个月，军需效率提升五成，贪腐现象彻底绝迹。裴衍在奏报中称赞他：“军需管理奇才，陛下得此良才，实乃大吴之福。”
沈修编纂《肃奸录》时，拒绝了世家子弟“隐去部分罪行”的请求。这位因触怒魏党被贬的翰林院编修，带着同僚走访了数十位忠良家属，收集了大量一手资料。《肃奸录》中，既有魏党的滔天罪行，也有谢渊、张勇等忠良的英勇事迹，其中“野狼谷死战”一章，详细记录了张勇率三百人挡住鞑靼三千骑兵的壮举。萧燊看后，让刻印千册发放至各卫所，“让将士们都知道，忠良不会被遗忘”。
方明的《军中医药方》，解决了边军的大难题。边军将士常年驻守边关，刀伤、冻伤是常事，不少人因缺医少药而残疾。方明带着太医院的御医，走遍北疆，收集民间药方，编着的《军中医药方》，用药简单、疗效显着，还附了草药图谱。萧燊下旨将药方刻在木板上，在每个卫所的军医营都放一套，还派御医赴边关培训军医。“将士们的身体，是守边的本钱。”萧燊对太医院院正说。
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