在钱塘俞氏、罗氏是浙北土着门阀，掌控钱塘江渡口与周边山地坞堡。桓玄抵达后，要求俞氏交出渡口控制权，罗氏献山地坞堡中的存粮。两族依托山地坞堡抵抗，桓玄派禁军爬山仰攻，破堡后屠尽抵抗族人，将坞堡焚毁，俞氏渡口被禁军接管。刘裕后续抵达，将渡口交由北府兵水师掌控，同时宣布“山地坞堡归朝廷所有”，招募流民开垦周边荒地，切断土着门阀的割据基础
余杭徐氏、鲍氏是侨姓与土着混血门阀，掌控当地铁矿与木材资源。桓玄以“打造攻城器械”为由，强征徐氏铁矿的全部铁料、鲍氏山林的木材。两族联合藏匿部分资源，被桓玄察觉后，徐氏宗主被剥皮示众，鲍氏族人被强征为苦役，山林被纵火焚毁。刘裕后续抵达，释放苦役，将铁矿与山林收归朝廷，任命北府兵将领管理，为后续北伐储备战略物资。
宣城是桓氏本家旁支与周氏的盘踞地，桓氏旁支不满桓玄篡权，周氏则依附桓氏旁支。桓玄抵达后，以“宗族叛逆”为由，围剿桓氏旁支坞堡，周氏试图出兵救援，被桓玄设伏击溃。桓玄将桓氏旁支全族斩杀，周氏宗主被赐毒酒，家产被悉数抄没。刘裕后续抵达，收编周氏残余部曲，宣布“桓氏叛逆已除”，同时将宣城划归北府兵防区，断绝桓玄的宗族外援。
三地是侨姓庾氏、王氏的边缘据点，两族势力较弱，依附建康王氏。桓玄抵达后，以“补充禁军”为由，强征庾氏私兵1000人、王氏粮草5万石。两族不敢反抗，但暗中联络建康王氏求救（此时建康已被刘裕控制）。桓玄察觉后，将两族宗主关押，随驾北上，私兵被编入禁军炮灰营。刘裕后续接管三地，释放庾氏、王氏宗主，将其土地与部曲收编，彻底清除建康周边的门阀据点。
刘裕命人将桓玄首级传示各州郡，宣告篡逆者的下场。同时，他在彭城再次宣布一系列安民新政：减免徐州赋税一年，继续清退门阀超额土地分予军民，提拔徐州本地寒俊入仕……
广陵是江北侨姓陈氏、刘氏的聚集地，掌控淮河渡口。桓玄抵达后，要求陈氏交出渡口控制权，刘氏献渡淮船只。两族见桓玄裹挟皇帝、沿途屠族，恐惧之下献渡，但暗中向刘裕通风报信。桓玄察觉后，将两族宗主斩杀，强行渡淮，禁军在渡淮过程中因混乱损失过半。刘裕抵达广陵后，收编陈氏、刘氏残余部曲，接管淮河渡口，为后续北伐与掌控徐州奠定基础。
站在彭城古老的城墙上，刘裕北望中原。桓玄已诛，江东已平，徐州已定。一条通往更高权力巅峰、也更充满荆棘的道路，已在他脚下展开。他的目光，越过淮泗，投向了那片战乱更久、苦难更深的中原大地。北府兵的旗帜，将在那里迎风飘扬。
- 沿途收集桓玄屠族、抄家、强征的罪证，在各州郡张贴布告，同时让晋安帝（被刘裕掌控后）颁布“罪己诏”，将江南乱象归咎于桓玄“挟帝乱政”，刘裕以“勤王讨逆”之名合法化统治；
- 收编门阀私兵：将沿途被桓玄打散或主动投靠的门阀部曲，全部编入北府兵，打散原有宗族编制，以“军功授田”为诱饵，强化军队忠诚度；
- 接管战略资源：将门阀掌控的盐场、铁矿、漕运、渡口、粮仓等全部收归朝廷（实则由北府兵掌控），设立“江南转运使”，统一调配钱粮、物资，切断门阀复辟的经济基础；
重构地方防务：在京口、吴郡、广陵等重镇设立北府兵大营，任命亲信将领驻守，废除门阀“坞堡自治”，要求所有私人武装限期解散，违者以“桓玄余党”论处。
区别对待门阀：对顾氏、陆氏等核心反抗门阀，斩尽核心族人，仅留无威胁的旁支，且旁支不得担任地方要职；对主动归顺的中小门阀，保留部分财产，但需交出兵权与土地，迁往建康集中居住，便于监控；
废除门阀特权：颁布法令，取消侨姓门阀“免税”“荫客”特权，所有士族与平民一体纳税，严禁士族私自招募部曲、修建坞堡，违者灭族。
启用寒门子弟：在江南各州郡选拔寒门士子、流民首领、北府兵有功将士填补地方官职，替代门阀子弟，建立忠于自己的官僚体系；
轻徭薄赋：在接管初期，对江南百姓减免半年赋税，缓解桓玄乱政带来的经济压力，稳定民心，为后续北伐储备国力。
规范商贸方面，刘裕深知要想让国家繁荣昌盛，必须有一个稳定且高效的经济秩序。于是他下令统一了江南地区的货币和度量衡标准，并加强了政府对于盐、铁、茶等重要物资的专卖管理力度。通过这种方式，不仅能够有效地遏制门阀势力的垄断行为，还可以大大提高税收效率，从而进一步增强朝廷的财力支持。
此外，刘裕还积极倡导南北两地之间的商业往来活动，以此促进区域间资源互补共享以及市场一体化进程加速推进。如此一来，既有利于拓展国内市场规模又可带动相关产业蓬勃发展并创造更多就业机会实现经济多元化增长目标达成。
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