不久，李晔安排杜让能兼任兵部尚书，在尚书省进行策划调度，招兵买马、筹集粮草，前后足足忙了有一个多月，这段时间内，勾结李茂贞的门下省侍中崔昭纬则一直派人传递消息到凤翔，朝中之事基本尽在李茂贞的掌握之中，杜让能的所作所为更是瞒不过李茂贞的眼睛。长安的神策军本来有一万多人，加上被楚靖平放回来的一万多俘虏，能凑到三万人，但要留部分军队守长安，杜让能又招了一万名新兵，其中有不少是胡人，许多新兵没有兵器盔甲，兵部的库房已经搬空了，连锈烂发霉的盔甲都拿出来了，因为户部没有钱买材料，工部也造不出兵器。杜让能找京城的几个大商人再三协商，才借了一些钱买材料，杜让能准备出动三万神策军讨伐李茂贞，皇帝同意了。
唐朝实行三省六部九卿制，三省之中，管着六部尚书的尚书省权力最大，因为唐太宗李世民做过尚书令，所以尚书省不设尚书令，尚书左仆射就是百官之首，尚书右仆射、中书省的中书令、门下省的侍中，虽然也称丞相，但实际上只是副相。侍中崔昭纬非常希望取代杜让能成为百官之首。
李茂贞对长安的情况很清楚，他调回了在外攻打巴州、通州的主力部队，亲统六万军队，准备迎战杜让能，他虽然看不起神策军，却不敢小看杜让能，当年神策军正是在杜让能指挥下，才平定了李昌符之乱。
李茂贞为了打消皇帝讨伐自己的想法，密令崔昭纬收买了长安的数千名百姓替自己说话。这一天清晨，右军中尉西门君遂坐着马车前往皇宫传递消息。当他经过朱雀门时，突然被一群百姓拦住了去路。这些百姓都是受了崔昭纬的指使，特意来此拦路的。
只见人群中有一位白发苍苍的老者站出来，大声说道：“这位大人啊！陛下一定是弄错了吧？陇西郡王秉持正义，讨伐奸佞杨复恭，这本应是一件大功，怎么会是有罪呢？朝中一定有小人从中挑拨离间啊！大人一定要向皇上如实反应啊！”
这时，旁边又走出一名妇人，她泪流满面地哭诉着：“朝廷如今年年征战，百姓们连口饭都吃不上。这样下去，我们可怎么活啊！请大人向皇上说说，不要再打了。”说完，许多人也开始附和，现场一片混乱。
西门君遂看到这个情形，心中不禁有些慌乱。他连忙解释道：“诸位乡亲父老，此事乃是宰相杜让能负责，与我并无关系。你们若有怨言，可以向杜相反映。”说完，便想趁机离开。
然而，百姓们并不肯罢休，他们继续拦住西门君遂，要求他给个说法。与此同时，其他被百姓拦截的官员也纷纷效仿西门君遂，将责任推卸到杜让能身上，表示此事与自己毫无关系。一时间，长安城陷入了一片混乱之中。
皇帝李晔得知后，非常愤怒，下令禁军逮捕闹事之人，并催促主帅杜让能和副帅延王李延丕早日出兵，丝毫不顾许多兵器盔甲还没打造出来，神策军只好匆忙出征，杜让能、李延丕终于带着两万多军队离开了长安，号称三万，许多士兵盔甲不全，有的连棉甲都没有，只是一身布衣，刀矛都生锈了，盾牌是木头临时赶制的，上面还有毛刺。虽然皇帝李晔说，杜让能身为主帅，可以坐镇长安，让李延丕领兵，但杜让能哪里放心，还是随军一起出发了，他把杜勇等护卫家丁全带上了。
神策军刚刚抵达扶风县城外，便遭遇了六万凤翔军的伏击。杜让能迅速组织亲卫营展开殊死搏斗，但无奈副帅李延丕却临阵脱逃，他的部下也纷纷效仿，跟随其后逃离战场。凤翔军趁机从三个方向对神策军发起猛烈攻击，神策军最终遭受惨败，军队完全崩溃。杜让能绝望地举起手中的剑，想要自刎以谢罪，但被忠诚的护卫杜勇及时阻拦。随后，杜勇与其他护卫一同护送着杜让能奋力杀出一条血路，逃回长安。然而，原本的两万军队如今只剩下一千多骑兵幸存归来。
数日之后，李茂贞与邠宁节度使王行瑜的联军逼近长安城，他们声称拥有十万大军，并接连攻克了长安西面的多个州、县以及关城，在攻下的城中烧杀抢掠。当地的官吏、守军和平民都惊恐万分，四处逃窜。更糟糕的是，崔昭纬竟然写信给李茂贞，表示朝廷此次出兵皆是杜让能的主意。李茂贞借此机会列举了杜让能的多项罪名，强烈要求皇帝李晔处死杜让能，否则他将攻打长安。面对如此严峻的形势，皇帝李晔陷入了两难的境地。
刚愎自用又胆小如鼠的李晔吓坏了，当初为了安抚李克用，他毫不犹豫地把丞相（中书令）张浚免职，并贬为地方小官。这一招果然奏效，李克用乖乖退兵了。如今，他决定再次使出同样的手段，将杜让能免职，贬为岭南雷州司户。此外，他还下令将主张讨伐李茂贞的西门君遂等三位官员斩首，并派人将他们的首级送到城外的李茂贞那里。然而，李茂贞并不肯就此罢休，坚持要求得到杜让能的首级。与此同时，他命令手下制造云梯和巢车，准备对长安城发起攻击。
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