古代文献特别提到罗马使团受到了极尽奢华的款待，以此衬托罗马人的简朴作风。
此时托勒密八世显然极为肥胖，已需要被抬着出行。
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公元前132年末，王室兄妹之间的冲突最终爆发为公开的战争，托勒密八世·菲斯康（Ptolemy VIII Physcon）和克利奥帕特拉三世（Cleopatra III）站在一方，而克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）则在另一方。
起初，托勒密八世仍控制着亚历山大城，但在公元前131年末，亚历山大城的人民爆发暴乱，支持克利奥帕特拉二世并放火焚烧了皇家宫殿。
托勒密八世、克利奥帕特拉三世及其子女逃往塞浦路斯。
与此同时，克利奥帕特拉二世自封为唯一的女王——这是托勒密王朝女性首次如此行事——并以“母爱、救世女神”（Thea Philomētōr Sōteira）为称号，这一称号将她与已故丈夫托勒密六世（Ptolemy VI Philometor）以及王朝创始人托勒密一世（Ptolemy I）联系在一起。
尽管亚历山大城站在克利奥帕特拉二世一方，并且她通常得到全国希腊人和犹太人的支持，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世更受埃及本土民众的欢迎。
埃及的大部分地区仍然承认托勒密八世为国王。
然而，在埃及南部，一位名为哈尔西西（Harsiesi）的人趁乱起义——他效仿了公元前206-185年间胡格诺弗（Hugronaphor）和安赫马基斯（Ankhmakis）的叛乱。
哈尔西西可能自封为法老，并成功占领了底比斯，在公元前131年8月或9月控制了该地。
他于11月被驱逐，并被底比斯总督保斯（Paos）追击，保斯是埃及人。
托勒密八世和克利奥帕特拉三世在公元前130年初已从塞浦路斯返回埃及。
到春季，他们已掌握孟菲斯。
托勒密八世对保斯在对抗哈尔西西时的成功印象深刻，于是提拔他为上埃及总指挥，并将整个军事体制交由他管理——这是埃及本土人首次担任如此重要的职位。
哈尔西西最终于公元前130年9月被捕并处决。
亚历山大城被围困，但托勒密八世和克利奥帕特拉三世未能攻占该城。
克利奥帕特拉二世在全国范围内仍维持了多个据点——如哈尔蒙提斯（Harmonthis）在公元前130年10月仍在她手中。
作为克利奥帕特拉二世和托勒密八世之间争斗的一部分，后者杀害了他两个年长的儿子：
其中一位是从基比伦召回的（这可能是克利奥帕特拉二世与托勒密六世的儿子），因怀疑亚历山大人会让他做国王而将其杀害；
另一位是托勒密·孟菲斯（Ptolemy Memphites），他是克利奥帕特拉二世与托勒密八世的儿子，当时他约12岁，托勒密八世将其杀害，并在克利奥帕特拉二世生日当天将其肢解的尸体送回。
双方均向罗马求助，但罗马参议院未干预此冲突。
形势越来越危急，公元前129年，克利奥帕特拉二世将埃及王位托付给她的女婿、塞琉古王国国王德米特里一世（Demetrius II Soter），他刚刚从波斯俘虏中解救出来。
德米特里一世于公元前128年发动了对埃及的入侵，但他的军队仍在东部沙漠围攻边境要塞佩卢修姆（Pelusium）时，得知妻子克利奥帕特拉·提亚（Cleopatra Thea）已将他们的儿子安条克八世（Antiochus VIII）立为叙利亚国王的消息。
塞琉古军队发生了叛变，德米特里一世不得不返回叙利亚。
为了防止德米特里一世在解决这些叛乱后再次回到埃及，托勒密八世同意了叙利亚一群叛军的请求，他们请求托勒密八世派遣一位王室伪君主来领导他们。
托勒密八世选择了亚历山大二世（Alexander II），并将其作为早期塞琉古国王亚历山大一世（Alexander I）的儿子。
由此在塞琉古王国爆发的冲突持续了多年，塞琉古帝国对托勒密八世的干预也变得不可能。
公元前127年，克利奥帕特拉二世带着她的国库逃离亚历山大城，前往德米特里一世的宫廷。
在她缺席期间，托勒密八世终于在公元前126年8月重新夺回了亚历山大城。
这次重新夺回城市的过程中，托勒密八世进行了血腥的清洗，屠杀了克利奥帕特拉二世的支持者。
很难确定这些有关托勒密八世亲自主持的血腥屠杀的各种轶事是属于这一事件，还是早在公元前145年的那次清洗。
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之后，托勒密八世开始与克利奥帕特拉二世（Cleopatra II）和塞琉古朝宫廷进行和解谈判。
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