因为重要证人张差已经被处决，庞保、刘成拒绝承认主使张差闯宫，李恩、梁栋用了五次大刑，二人不堪刑讯而死。
张差、庞保、刘成三个重要人证死亡，梃击案真相遂无从查起。
刑部迅速结案，马三道、李守才、孔道因牵连邪教，被发配边疆。欺负张差的李自强、李万仓犯失火罪，处以笞打之刑，算是为张差讨了点公道。
万历皇帝指示司礼监梁栋同礼部、工部官员为太子妃郭氏挑选墓地，并赐郭氏“恭靖端毅温惠皇太子妃”的谥号，向朱常洛释放善意。郭氏最终于12月25日按太子妃的规格下葬，终于结束了近两年的停灵窘境，入土为安。
在万历皇帝的一番运作下，一场惊天大案最后就这样不了了之。
因为梃击案，郑贵妃集团背上了刺杀太子的罪名，万历皇帝不得不放弃立福王为皇太子的想法。福王彻底失去竞争太子的机会，而朱常洛的地位却更加稳固。
有人怀疑，梃击案很有可能是朱常洛自演自导的一出苦肉计。
慈庆宫虽然只有20名侍卫，但张差一个人如入无人之境居然连闯慈庆宫三道宫门，没有遇见一名侍卫。确实诡异。
而且碰巧正门守卫是年逾70的老太监李鉴。只要进了门、打了人，这个闯宫刺杀太子的罪名就可随便操作了。
其次就是张差在开始的时候装疯卖傻，直到万历皇帝下旨彻查此事，闹得朝野沸沸扬扬时才将幕后主使供出，这个时机实在是过于巧妙。
再加上当时有传言，万历皇帝有意废太子，立福王为太子。虽然看似不可能的谣言，但是也足够让朱常洛产生警惕。
梃击案的蹊跷细节，以及万历皇帝敷衍了事的处罚结果，都为这起案子笼上了一层神秘的面纱。
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