韦拉斯凯斯总督继续成为他的一根刺，与西班牙殖民部门的首席官员胡安·罗德里格斯·丰塞卡（Bishop Juan Rodríguez de Fonseca）联手在印地安委员会中削弱他。
在科尔特斯返回探险几天后，庞斯·德·莱昂（Ponce de León）暂停了科尔特斯担任新西班牙（New Spain）总督的职务。
随后，庞斯·德·莱昂生病，并在抵达后不久去世，任命马尔科斯·德·阿吉拉尔（Marcos de Aguilar）为市长。
年迈的阿吉拉尔也生病，并任命阿隆索·德·埃斯特拉达（Alonso de Estrada）为总督，埃斯特拉达在1527年8月的皇家法令中得到了确认。
科尔特斯被怀疑毒死了他们，因此没有接管政府。
埃斯特拉达派迭戈·德·菲戈罗亚（Diego de Figueroa）南下。
菲戈罗亚抢劫坟墓并勒索贡品，最后在运载这些财宝的船只沉没时丧命。
阿尔博尔诺斯（Albornoz）说服阿隆索·德·埃斯特拉达释放贡萨洛·德·萨拉萨尔（Gonzalo de Salazar）和奇里诺斯（Chirinos）。
当科尔特斯愤怒地抱怨他的一名追随者的手被砍掉后，埃斯特拉达下令将他流放。
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1528年，科尔特斯返回西班牙，他向国王查理五世申诉。
胡安·阿尔塔米拉诺（Juan Altamirano）和阿隆索·巴连特（Alonso Valiente）留在墨西哥，作为科尔特斯在他缺席期间的代表。
科尔特斯以极大的光彩出现在查理五世的宫廷面前。
此时查理五世已经回国，科尔特斯直截了当地回应了敌人的指控。
他否认自己隐瞒了应归王室的黄金，显示出自己贡献的远超过法定的五分之一。
事实上，他在建造墨西哥城的新首都方面花费奢华，这座城市建立在阿兹特克首都特诺奇提特兰（Tenochtitlán）的废墟上，而特诺奇提特兰是在摧毁阿兹特克帝国的围城中被夷为平地的。
查理五世以极高的礼遇接见了他，并授予他圣地亚哥骑士勋章。
作为对他扩展仍然年轻的西班牙帝国努力的回报，科尔特斯在1529年获得了贵族头衔“堂”（don），但更重要的是被封为“瓦哈卡谷的侯爵”（Marqués del Valle de Oaxaca）。
在他那位名望较低的第一任妻子卡塔利娜·苏亚雷斯（Catalina Suárez）于1522年去世后，娶了西班牙贵族女子多娜·胡安娜·德·苏尼加（Do?a Juana de Zú?iga）。
此次婚姻生育了三个孩子，其中还有一个儿子也叫马丁。
作为长子，合法的马丁·科尔特斯·德·苏尼加（Don Martín Cortés y Zú?iga）成为科尔特斯的继承人，并继承了瓦哈卡谷地侯爵的头衔和财产。
科尔特斯的合法女儿包括多娜·玛丽亚（Do?a Maria）、多娜·卡塔琳娜（Do?a Catalina）和多娜·胡安娜（Do?a Juana）。
侯爵的贵族头衔和封地一直传给他的后代，直到1811年。
瓦哈卡谷是新西班牙最富有的地区之一，科尔特斯在23个指定的恩赐地（eniendas）中拥有23,000名附庸，世代相传。
尽管他在土地和附庸方面得到了确认，但他并未恢复担任总督，且在新西班牙的行政管理中再也没有获得任何重要职务。
在他前往西班牙的旅行期间，殖民行政人员管理不善，他的财产被滥用。
他在一场诉讼中站在了当地土着一方。
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在探险下加利福尼亚之后，科尔特斯（Cortés）于1541年返回西班牙，试图驳斥那些对他提起多起诉讼的愤怒平民（因债务、滥用权力等问题）。
他返回时穿过人群，向皇帝查理五世问好，皇帝询问他是谁。
科尔特斯回答说：“我是一位为您贡献了更多省份的人，比您的祖先留下的城市还要多。”
查理五世最终允许科尔特斯参加他指挥的安德烈亚·多利亚舰队，参与1541年对阿尔及尔的伟大远征，当时阿尔及尔是奥斯曼帝国的一部分。
在这次战役中，科尔特斯在追击阿尔及尔的帕夏（Pasha）时，差点在一场暴风雨中溺亡。
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由于花费了大量自己的钱来资助远征，他现在背负了沉重的债务。
1544年2月，他向皇家国库提出索赔，但在接下来的三年里没有得到回应。
他感到厌倦，决定于1547年返回墨西哥。
当他抵达塞维利亚时，患上了痢疾。
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