基督教早期传入科孚岛（Corfu）。
圣保罗（Saint Paul）的两个门徒，塔尔苏斯的贾森（Jason of Tarsus）和帕特拉的索西帕特鲁斯（Sosipatrus of Patras），传播福音。
根据传统，科孚市及岛上的大部分地区都皈依了基督教。
他们的遗物被安放在旧大教堂内（位于现今的老堡垒位置），直到约公元100年为他们建造专门的教堂。
在晚期古代（晚罗马/早拜占庭时期），该岛成为伊庇鲁斯老省（Epirus Vetus）的一部分，隶属于伊利里库姆的统治。
公元551年，在哥特战争期间，东哥特人袭击了该岛，摧毁了当时被称为切尔苏波利斯（Chersoupolis，意为“岬角上的城市”）的科孚城，因为它位于加尔齐察湾（Garitsa Bay）和卡诺尼（Kanoni）之间。
在接下来的几个世纪里，主要居民点迁移到现今老堡垒的位置，那里崎岖的山丘为抵御袭击提供了自然保护。
从新址的双峰上，这座中世纪城市获得了新名称科里弗（Korypho，意为“山顶之城”）或科尔福伊（Korphoi，意为“山峰”），因此现代西方名称“科孚”（Corfu）由此而来。
然而，城市的前身，即今称为帕莱奥波利斯（Palaiopolis，意为“旧城”）的地方，依然有人居住了几个世纪。
自至少9世纪早期起，科孚岛及其他爱奥尼亚群岛成为凯法罗尼亚主题（theme of Cephallenia）的一部分。
这个海军主题为拜占庭帝国提供了防御屏障，抵御西方威胁，并在保障拜占庭在南意大利领土的海上通道方面发挥了重要作用。
事实上，来自中期拜占庭时期（8至12世纪）的旅行者报告清楚表明，科孚是“东西方旅行的重要中转站”。
科孚的中世纪名称首次出现在克雷莫纳的吕特普兰德（Liutprand of Cremona）968年使团拜访拜占庭宫廷的记载中（拉丁化为Coryphus）。
在马其顿王朝（867–1054）时期，科孚享有相对的和平与安全，这使得在帕莱奥波利斯城墙外建造一座纪念贾森和索西帕特鲁斯的宏伟教堂成为可能。
尽管如此，公元933年，城市在其大主教阿尔塞尼奥斯（Arsenios）的领导下抵御了一次撒拉逊（Saracen）袭击。
阿尔塞尼奥斯随后被封为圣，成为该市的守护神。
马其顿时代的和平与繁荣在公元1033年被一次撒拉逊袭击打断，但更重要的是新威胁的出现：
随着诺曼征服南意大利，雄心勃勃的诺曼国王们开始向东方扩张。
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在一个世纪的时间里，科孚三次成为诺曼入侵拜占庭的首要目标。
第一次诺曼占领从公元1081年到1084年，
直到拜占庭皇帝阿莱克修斯一世·科穆宁（Alexios I Komnenos）寻求威尼斯共和国的援助，才得以结束，以换取对威尼斯商人的广泛商业特许权。
公元1147年，安提阿的乔治（George of Antioch）再次夺取科孚，曼努埃尔一世·科穆宁（Manuel I Komnenos）经过十个月的围攻才在1149年收复该岛。
在公元1185年的第三次入侵中，岛屿再次被西西里王威廉二世（William II of Sicily）占领，但很快被伊萨克二世·安杰洛斯（Isaac II Angelos）夺回。
在拜占庭帝国解体的过程中，岛屿被热那亚海盗（1197–1207）占领，随后被威尼斯驱逐。
公元1214年，科孚归属伊庇鲁斯的希腊统治者（Greek despots of Epirus），并于1259年作为嫁妆赠予西西里国王曼弗雷德（Manfred of Sicily）。
曼弗雷德于1267年去世后，科孚归属于安茹家族（House of Anjou）。
因此，科孚成为由法国的安茹王朝（Frankish Charles of Anjou）建立和统治的阿尔巴尼亚安茹王国的一部分。
在此期间，岛屿遭受了各种冒险者的严重侵扰。
科孚岛是欧洲最早有罗姆人（Romani）定居的地方之一。
约在1360年，建立了一个名为Acinganorum的封地，主要是罗姆人农奴。
从1386年起，科孚被威尼斯共和国控制，1401年获得正式主权，并一直保持直到1797年的法国占领。
科孚岛成为Filiki Etaireia活动传播的中心通过约阿尼斯·卡波迪斯特里亚斯（Ioannis Kapodistrias）和狄奥尼修斯·罗马斯（Dionysios Romas）等贵族，在希腊侨民和欧洲各地的亲希腊社会中传播。
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