侯君集又将高昌王以前所掳掠的焉耆人全部放回，焉耆王对此非常感激，派遣使臣向唐廷谢恩。侯君集平定高昌后，使大唐王朝威慑西域，国威大震。
西突厥驻守可汗浮屠城的夜护叶尔翔，唐太宗在其地设置了庭州管辖。
侯君集班师东归时，还从高昌带回了一批乐工。唐太宗令其入太常寺，将高昌乐列入国乐。从西域引进的酿酒法和马奶葡萄的栽种方法，也使得长安出现了葡萄酒热。
但侯君集在攻灭高昌国后，在未奏请李世民的情况下，私自将高昌国宝物据为己有。手下的士兵知道后也开始盗取金银珠宝。侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢上报将士们的罪行。
回朝后被御史揭发上奏唐太宗，于是将侯君集下狱。幸得中书侍郎岑文本、尚书为他辩护，唐太宗才将侯君集赦免释放。
而侯君集自以为立下了大功，却因为贪财而被囚禁，感到非常不爽。虽然李世民对待侯君集还和以前一样，将其列入凌烟阁24功臣的第17名，但侯君集还是认为自己遭到了排挤。
也就在他被列入凌烟阁的这一年，太子李承乾担心自己被废，于是就将心存怨恨的侯君集引入东宫。侯君集觉得李承乾无能，担心重演李建成的悲剧，于是劝李承乾谋反。
谋反的事情败露后，李承乾作祟被废，侯君集也因此被处死。临死前，侯君集请求赦免自己的妻子和儿子，好为自己守丧。李世民同意后将其妻儿流放岭南。
侯君集一生凭借唐太宗的赏识厚爱走上了人生巅峰，却因遏制不住自己的私欲而日渐沉沦，终于身首异处。
——“唐朝还真是猛将如云啊，没有啥灭国的功劳，吃饭都不好意思上桌。”
——‘确实有点离谱了，简直猛的一笔！’
——“李承乾是他女婿，必须得造反啊，不然李泰上位还有活路吗？”
——“也不能这么说，本来就是他心怀怨恨，怎么不说是他力劝李承乾谋反呢。”
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