次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知后退至寻阳，由桓玄任盟主，最后双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、其部下杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，并其辖地。 [51]
司马元显担忧北府军不可靠，征江东豪族佃民以建立新军，称为“乐属”。这却使“东土嚣然”，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族 [52]及五斗米道纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，又被刘裕击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫卢循领导。 [51]
402年司马元显为免桓玄乘乱偷袭，抢先西征，任刘牢之为先锋，司马尚之为后部。桓玄也率军东下，大破司马尚之，刘牢之认为司马元显无用而倒戈，引桓军入建康。桓玄控制朝廷，诛杀异己，先后杀司马元显与道子，夺取刘牢之兵权，诛戮部分北府将领，提拔北府将领刘裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最后豪奢纵欲，政令无常，渐失人心。
403年桓玄篡位称帝，建国桓楚。司马遵与毛璩等起兵拥晋后，刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而后桓玄又率军东下，被刘毅击败。最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。桓振、桓谦又挟晋安帝反抗，直到405年肃清桓氏势力，何无忌得以迎晋安帝复位，也掌控了朝廷。 [51]
走向灭亡
刘裕掌控朝廷，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵 [53]。412年刘裕抢先讨伐之，刘毅兵败自杀。谯蜀为东晋叛将谯纵所建。在405年时，益州刺史毛璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，便推谯纵为主叛晋。随后攻陷成都，杀死毛璩，谯纵也自号成都王。408年晋廷派刘敬宜率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻占成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡。 [51]
卢循为孙恩妹夫，桓玄为安抚之任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占广州，隔年晋廷为安抚而命他为广州刺史。410年卢循趁刘裕北伐南燕之机，与其姐夫徐道覆分二路北伐，合溃刘毅于桑洛州（今江西九江市），乘势攻入京师建康，史称卢偱之乱 [53]。
此时刘裕已赶回，卢循和徐道覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵，为守将刘道规所败。12月卢循败于晋军，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。卢循最后于交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定。 [51]
刘裕消灭若干异己后，先后发动两次北伐 [53]。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕。于次年攻破南燕都城广固，擒杀慕容超，南燕亡。而后因卢循叛乱，刘裕回师。后秦因为屡遭夏主赫连勃勃入侵，国势大衰，皇帝姚兴病死，其子姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳 [53]。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最后攻破长安，后秦亡。
但于该年冬天，留守京师的谋士刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命10岁的幼子刘义真同王镇恶、沈田子等诸将防守长安，后来诸将内哄，夏主赫连勃勃率军攻击 [54]。417年冬刘裕命刘义真等率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至此北伐结束。关中失守后，刘裕开始积极谋取帝位。同年刘裕杀晋安帝，立其弟德文，为晋恭帝。
420年刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称南朝宋，是为宋武帝， [53]东晋至此灭亡。
疆域
播报
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领土范围
西晋
西晋承袭曹魏领土，统一后领有孙吴疆域。疆域北至山西、河北及辽东，与南匈奴、鲜卑及高句丽相邻；东至海；南至交州（今越南北部）；西至甘肃、云南，与河西鲜卑、羌及氐相邻。 [6] [55]
东晋
东晋政区随其疆域的变化而有增减。由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动；四川先后出现成汉、谯蜀等国；东南疆域大致固定。晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。成汉占据四川，于347年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州 [27]。
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