仪真县的叛军守将是东宁伯焦梦熊。东宁伯一脉长期掌管南京前府事务，兼任操江之职，所以在江南一带除了魏国公府、忻城伯府，就数东宁伯府军权最大，威势最强。这次江南集团起事也是多得焦梦熊大力支持，多个卫所和大批内河水军就是在焦梦熊的各种操作下参加的起事。
仪真县是扬州府西面最后的屏障，与江都县城互为犄角之势，其城池四面环水，东侧是运河其中一条水道，南侧背靠长江，西侧是胥浦河，北侧是一道护城河。
在仪真县这块狭小的地域中，焦梦熊所率叛军足有三万人。有仪真县这么一批重兵钉在这里，朝廷大军无论如何也不敢绕过去直接威胁江都县西侧。
甘辉夺取的炮台位于仪真县东南方向的茅草洲，是在运河水道的东南侧，对于仪真县的防守作用有限，所以得知茅草洲炮台被夺后，焦梦熊直接命令部下收缩兵力，凭运河水道死守。
甘辉的南海水师只有几十条船，加上留在靖江岛的守军总共不到三千号人，自然也不会上岸与叛军交战。
仪真县城池邻水修建，南门城墙与江岸仅有不到二百步的距离。
南海水师船队行驶到仪真县南门外的江面上，城中守军立刻对南海水师展开了炮击。
“轰——”叛军的炮弹砸在江面上，激射起数丈高的水花。
站在船头的甘辉被水花浇了个透心凉，顿时怒不可遏：“给老子开火！还击！把炮弹全部砸过去！”
轰隆声震得江水震颤，江面上烟雾弥漫，炮弹很快打完。南海水师只有实心弹，打出去的炮弹只能硬砸，面对城墙城楼破坏力有限。叛军在城上的火炮集中攻击，成功把南海水师靠近江岸的三艘战船击沉。
甘辉连忙下令救起落水的士兵，带着船队驶出叛军射程之外。
这时有传令兵来报告说天雄军在途中遭到叛军层层阻击，短时间内还不能到达仪真县。甘辉估摸着时间，统计了一下剩余弹药量，便命船队返航，先回去靖江岛休整补充。
途中路过泰兴县水域时恰好遇到率东海水师进入长江水道的南居益。
南居益来到甘辉旗舰上，拱手问道：“甘将军，前方战况如何？”
甘辉拱手：“南大人，王梦熊将军已经率部攻入芒稻河，歼灭了敌水军，目前牢牢控制住了江都县水域，我部先前也在运河中击败叛军水师主力，堵塞了运河河道，我部刚刚炮轰仪真县城，弹药耗尽，天雄军也还未到达仪真县，我部正要返回靖江岛补充。”
南居益道：“这样，我先率部去往仪真县水域，等待天雄军。”
甘辉看了看东海水师那三十条战船，不仅大多船型偏小，火炮数量也较少，大多还修修补补，看上去一炮就会被打散架，便道：“南大人，千万小心南京方面的叛军水师，如果和敌人遭遇就尽快通知我，我会立刻率部支援你。”
南居益真诚地拱手道：“那就谢过甘将军了！”
南居益带着东海水师船队继续向西行驶。此时也渐渐起了东南风，南居益站在船头举着望远镜四下观望，看到西边的江面上出现了许多黑色的帆影。
南居益的船队已经过了运河口，更上游的地方除了巢湖水师和从民间征集的船只，朝廷已经没有别的船队了。那么这些船只大概率是从南京过来的叛军，想要进入运河水道去往江都县救援，但此前运河水道已经被甘辉沉船堵塞，他们只能在往东去芒稻河口。
一番分析，南居益果断下令收起船帆，船队撤退改变路线向东撤退，走的是顺江洲南侧水道。此时顺江洲与镇江府京口之间有约十里的江面，南居益带着船队贴近顺江洲一侧行驶，京口那边的炮火也够不着。
焦梦戴，焦梦熊的族弟，是叛军南京水师的主将。在听闻甘辉率战船炮轰仪真县后，他就率部出夹江前来增援。但他来到仪真县时甘辉已经撤走了，便听从了焦梦熊的话，去往江都县支援。
焦梦戴船上的士卒发现了南居益的船队，马上禀告：“禀将军！前方五里发现敌军船只，对方正在调头撤退。”
焦梦戴举起望远镜看去，果然如手下说得一般，心中不免轻视起来，道：“胆小鼠辈而已，不管他们，我们的任务是去增援赵大将军！”
焦梦戴船队发现运河被堵塞后果然立刻去往芒稻河口。南居益率部从顺江洲东头绕回来，待叛军船队进入芒稻河后，过了好一阵子才尾随进入。
进入芒稻河后不久，南居益这边就不断向天上打出信号弹。
从芒稻河口到江都县城有四十里水路，中途有一处大的河湾，王梦熊先前靠近江都县城时被岸上的火炮轰击，由于敌人的炮火太过密集猛烈，王梦熊只能带着船队停在河湾之中。此时看到南居益的信号，明白后方有敌人来袭，便立刻率部迎击。
于是，在芒稻河上，北海水师和东海水师夹着焦梦戴的船队展开了激烈的水战。
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