当时，太平天国运动席卷大半个中国，清朝的统治岌岌可危。慈禧太后力排众议，授权曾国藩督办四省军务，其巡抚、提镇以下悉归节制。
曾国藩又推荐了左宗棠和李鸿章，这些汉人将领成为抵抗太平军的重要力量。在他们的努力下，太平天国运动逐渐被镇压，清朝的统治得以暂时稳定下来。
同时，慈禧太后还支持洋务运动，以同治皇帝的名义颁发上谕，正式宣布“借师助剿”的政策方针。为了引进西方近代技术设备。
清政府于1862年在北京设立同文馆，又在上海、广州设立方言馆。
1866年，恭亲王奕欣上折请在同文馆内添设一馆学习天文、算学知识，慈禧太后批示同意。此后，奕欣再上折明确提出“学西学，制洋器为自强之道”，也得到了慈禧太后的批准。
在这一时期，慈安太后在一些重大决策上发挥了重要作用，比如在诛杀陷城失地、临阵逃脱的两江总督何桂清，赐死骄蹇贪淫的胜保等事件中，都是慈安太后的意思。在两宫太后的合作下，清朝出现了一段相对稳定的时期，史称“同治中兴”。
随着时间的推移，慈禧太后的政治野心逐渐膨胀，她不再满足于与慈安太后共同掌权的局面，开始不断试图扩大自己的权力，这与慈安太后产生了矛盾。尽管慈安太后对权力不像慈禧太后那么热衷，但她毕竟是正宫太后，在一些重大事务上仍具有决策权。因此，两人在权力的分配和争夺上存在着潜在的冲突。
安德海事件成为了两人矛盾激化的导火索。安德海是慈禧太后身边的大太监，他倚仗慈禧太后的宠信，胡作非为，不仅在宫中嚣张跋扈，还干涉朝政，引起了众多官员的不满。
1869年，安德海违反祖制，私自出宫，一路招摇过市，敛财受贿。山东巡抚丁宝桢得知后，将此事上奏朝廷。慈安太后得知后，不顾慈禧太后的面子，下旨处死了安德海。这一事件让慈禧太后感到颜面尽失，两人之间的矛盾进一步加深。此后，慈禧太后虽然表面上对慈安太后依然恭敬，但内心对她的不满和怨恨却与日俱增。
1881年，慈安太后突然病逝，这使得慈禧太后在权力争夺中少了一个重要的对手。此后，慈禧太后开始独揽大权，逐渐排挤其他政治势力，不断巩固和扩大自己的权力范围。
1883年，中法战争爆发，慈禧太后认为应“乘胜即收”，最终清朝和法国签订了《中法新约》，中国在“不败而败”的情况下失去了对越南的宗主权，国际地位进一步下降。
1884年，以奕欣为首的军机处因不愿轻易开战引起其他大臣弹劾，慈禧太后和醇亲王奕譞合作，以“委靡因循”的罪名将以奕欣为首的军机大臣全部罢黜，从此开启了她的独裁之路。
1889年，光绪帝大婚，名义上可以亲政，但慈禧太后不愿放权，决定训政数年。1894年，甲午战争爆发时正值慈禧太后60大寿，她为了举办一场盛大的寿宴，挪用海军经费修缮颐和园，导致北洋水师军备不足。
在战争中，清军连连失利，最终战败求和。甲午战争的失败，让中国的民族危机愈发深重，也让光绪帝深刻认识到清朝的落后和腐朽。
光绪帝决心变革维新，试图通过变法来挽救国家的命运。然而，戊戌变法触动了以慈禧太后为首的顽固派的利益，慈禧太后发动戊戌政变，囚禁光绪帝，杀害戊戌六君子，镇压了变法运动，使中国错失了一次重要的改革机会。
慈禧太后在执政期间推行了两项重要的执政主张。一是破格重用以曾国藩为首的湘军集团和其他地方的汉人军事集团，在镇压太平天国等起义中发挥了重要作用，使清王朝获得了暂时的稳定。这一举措打破了清朝长期以来对汉人的猜忌和限制，为汉人官员提供了更多的机会，也在一定程度上增强了清朝的军事实力。
二是支持洋务运动，在一定程度上推动了中国近代化的进程。她批准设立同文馆、方言馆，引进西方的技术设备和人才，培养了一批近代化的专业人才，为中国的工业、军事、教育等方面的发展奠定了基础。
然而，慈禧太后的缺点和致命错误也十分明显。她贪恋权力，为了维护自己的统治地位，不惜牺牲国家和民族的利益。她拖延同治皇帝亲政时间，操控光绪帝，使皇帝成为她手中的傀儡。
在甲午战争中，她挪用海军经费，导致清军战败，签订了一系列丧权辱国的条约，使中国的主权和领土完整遭到严重破坏。
她发动戊戌政变，镇压变法运动，扼杀了中国近代化的希望，阻碍了中国社会的进步和发展。在她的统治下，清朝政治腐败横行，经济陷入危机，文化发展缓慢，军事上屡战屡败，国家的安全受到严重威胁。
1908年，光绪帝骤然离世，慈禧太后选定溥仪为帝，不久后，她也在仪鸾殿中咽下最后一口气，长达近半个世纪、由她主导的晚清政治时代就此落幕。她这一生，深陷权谋争斗的泥沼，她的每一个决策、每一次行动，都如同投入湖面的巨石，在近代中国的历史长河中激起层层涟漪，给后世留下了数不尽的争议与思考。时至今日，她的功过是非仍是人们茶余饭后的热门谈资，也是历史研究领域绕不开的焦点。
慈禧太后的离去，就像是为一段旧时光拉上了厚重的帷幕，但晚清这出跌宕起伏的历史大戏，还远远没有到谢幕的时候。
在之后的岁月里，李鸿章、陈炽、梁启超等一众人物，将在晚清的历史舞台上继续演绎属于他们的传奇。他们或在政治领域纵横捭阖，或在思想层面推陈出新，或在变革浪潮中奋勇前行，都将以各自的方式影响着晚清的走向，为那个时代增添别样的色彩。他们的故事，正等待着被一一揭开，成为晚清历史不可或缺的一部分。
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