该书采用“目随纲举”编写体例，故以“纲目”名书。全书共52卷，收录了药物1892种，分为16部、60类，其中有374种是过去没有记载的新药物。书中对每一种药物的名称、性能、用途和制作方法都做了详细说明，还附有1100余首药方和1160幅药物形态图。
在编写《本草纲目》期间，李时珍得到了家人和弟子的协助。他的四个儿子李建中、李建元、李建方、李建木，还有弟子庞鹿门等人都参与其中。李时珍的次子李建元和四子李建木负责绘制药物插图图例。
李时珍用了 27 年的时间。不断进行实地考察，足迹遍及大江南北，深入民间积累实践经验，查阅了历代本草专着 41 种、各种医书 271 中，还引用了许多历朝着作和科学着作。
主要分为两个阶段：第一阶段对药物进行分类、整理和筛选，逐步形成系统的分类标准和编写方法。收集众多珍贵药材标本并记录在册，为《本草纲目》编写提供了大量一手资料。
第二阶段主要是修稿定稿，他在书中建立了新的药物学分类体系，将药物分为十五部、六十类，方便百姓查阅。明确药物主要功效，从八个方面概括药物知识并深入分析不同药物的功效，提出新见解。图文并茂，绘制了 1100 余幅药物形态图像，方便人们认清药物种类和功效。
李时珍编写《本草纲目》，观察其生长过程、结构、采摘时间、制作方法等多方面特征并进行比较分类，以确保药物辨别准确性和科学性。例如，对于五倍子，他通过观察其生长过程等，纠正了前人对其分类的错误，将其归入虫部。
他还通过解剖和品尝药物等方式深入研究，提高对药物特征的认识和辨析能力，如为确定曼陀罗花的药性，他一方面阅读前人书籍，另一方面亲自到武当山访问药农，最终证实风茄儿与曼陀罗为同一种药物，且须与火麻子花同用才有麻醉作用，从而为病人减少医治痛苦。
李时珍还采用的科学分类。通过比较方法，他纠正了众多本草的错误，包括名字错误、药物产地错误等。
李时珍一生为医学事业鞠躬尽瘁，除了医学巨着《本草纲目》，还着有《浙湖脉学》和《奇经八脉考》等书。因为常年劳累，身体早已不堪重负。在完成《本草纲目》没多久，他就病倒了。尽管徒弟们四处寻医问药，可他的病情还是日益加重。李时珍于明万历二十一年（1593年）去世，享年75岁。
明朝除了李时珍，还有许多其他杰出的中医学家。
《滇南本草》由明代云南嵩明人兰茂所撰，是中国现存地方性本草书籍中较为完整的作品，比《本草纲目》成书更早，约早142年。 是我国第一部地方本草专着。书中不仅详细记载了云南草木蔬菜中可用于药者，还记录了许多少数民族医药与汉族医药相互结合的实例，记述了许多药材疗效的经验及民间秘方等。
记载地方特色药物：首次记载了如仙鹤草、川牛膝、川草乌、贝母等众多药物，还包括不少来源于彝族药的药材，如滇重楼、滇黄精、滇龙胆、云黄连、金荞麦等。
徐春甫（1520—1596）祁门（今安徽歙县）人。出身于诗书之家，因体弱多病改习医业，拜祁门名医汪宦为师。在汪宦的指导下，徐春甫博览医着，认真钻研《黄帝内经》等医学经典，精通内、妇、儿诸科。
后来他寓居京师，开设“保元堂”行医，因医技精湛，在嘉靖年间应诏治愈了穆贵妃的危症，被授予太医院吏目。
徐春甫一生精勤笃学，着述甚丰，编着医书8部110多卷，是明代着书最多的医家。其代表作《古今医统大全》，概括了明代以前中医学的主要成就，被列为我国十大医学全书之首。
一体堂宅仁医会是由徐春甫于明隆庆二年（1568年）组织成立的医学学术团体。该医会汇集了8省客居京都的46位名医。它不仅是我国最早的医学社会团体，也是世界上第一个民间科技团体。
“一体堂”有两层含义，一是指医道同门，授受相传，原本是一体；二是指医家与病家本是一体，医者应该视患者的疾病犹如自身的疾病，才能尽其所能去医治。“宅仁”即“宅心仁厚”，体现了医者仁心、医乃仁术之意。
高武，明代着名针灸学家，约生活于十六世纪。鄞县（今浙江宁波）人，博学多才，通晓天文、乐律、兵法等，嘉靖年间考中武举。他晚年专注于医学研究，尤其擅长针灸。
其代表作《针灸聚英》《针灸节要》《针灸要旨》，《痘科正宗》等。他为订正穴位，亲制针灸铜人模型三具，男、女、童子各一，这在针灸史上是较为少见的。
《针灸聚英》汇集了明以前十多种针灸医籍的理论与临床经验，结合他自己的观点与体会而成，是一部具有重大学术价值的针灸学专着。
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