但随着山寨军队规模的不断扩大，士卒的精锐化程度提高，作战时的需求不同等，王伦先前那一套粗糙的编制也有些不合时宜了，故而经过讨论后，王伦终于确定了梁山军队的整体编制以及各级军士官的名号。
仍旧以5人为一伍，设伍长；2伍为一什，设什长；5什为一队，设队长；2队为一都，设都头；5都为一厢，设厢指挥使；2厢为一营，设营指挥使。
则以队为基础编制单位，每队皆由同一兵种组成，而以营为基础作战单位，每个营的20个队，其多兵种的数量也不完全固定。
则一营的实际战兵为千人，再加上军法官、司号官、司令官、司旗官、辎重官等士官，以及营指挥使的亲卫、传令兵等，一个营的实际兵力在1050人左右。
王伦又提议，从军中选拔有才干的士卒或者士官，选为参谋，称为行军参军，对军务有建议权，根据实际情况，或聚拢在指挥部，或常驻各营。
而士官中，则以军法官的权力相对较大，对于未经指挥许可的一些军官命令，可以行使否决权，比如军官头脑一热，下令屠杀，又或者下令杀降。
若营指挥使战死或者不能临阵指挥，则以左厢指挥使代替，其次是右厢指挥使；再次是每厢第一都都头，又或者剩余各部军士官商议临时推举。
这样梁山大军就由15个营组成，考虑到实际情况，有相当一部分山寨头领将会出任厢指挥使这一职务，故而王伦又规定，厢指挥使兼头领者为营副，也有军事指挥和建议权。
王伦的近期目标，是山寨带兵头领们，起步都要具备成为一营指挥使的才能。
日后山寨军队规模扩大，王伦的意思，是根据具体指派将领的能力，以5到10营为一军，故而“军”这一级别的编制暂时不固定。
因为千人好凑，万人不好凑，王伦总不可能强行为了填补军的编制，就随意扩军，他对士卒的军事素养和战斗技巧还是有要求的，单纯填人数，并没有多大意义。
随着梁山军队的编制和军士官名号的确立，许多头领们都热切了起来，想要知道接下来会有哪些人出任营指挥使，又有哪些人出任厢指挥使。
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