这一切都源自七年前。
日本顶级制药企业「野座间制药」秘密研发出了「Amazon细胞」。这是一种尺寸极其微小的人工生命体，野座间制药以此培养出了大到人类大小的成体，即「Amazon」（复数时称为Amazonz）。在细胞层面的阶段就有喜欢蛋白质的本能，尤其是人类的蛋白质。但如果定期给特殊的药剂，就可以抑制其吃人的本能，可是一旦细胞觉醒药物便不再起作用。
成体的Amazon具有和人类相似的外观、智力、习性（不包括饮食），但是成长周期远低于人类，一般在两年以内便可进入成年期。可因主观意识的驱动和外界环境的刺激而使细胞快速分裂分生改变形态，从而转变为Amazon形态，此时会产生的大量的高温蒸气发出（特殊个体变身时还将伴随着火焰、高热和冲击）。Amazon形态多会表现出某些生物的特征，如生出甲壳、皮毛、节肢或利齿，依具有鼹鼠或者蜘蛛、蝙蝠等动物或亚昆虫等节肢动物特征的异形身躯来分类。并通过强度给予由弱到强的E至A的等级，识别代号为对应动物原型英文的首字母。身体综合素质是人类的十倍以上，并拥有强大的生命力及恢复力。因为这些特性，Amazon被野座间预备发展于工业、军事等领域。
但是因为一场实验事故，在野座间地下研究所“饲养”的4000只Amazon被释放了出来。（真实原因可能是野座间制药高层从中操作导致）事件发生后，野座间制药立即对消息进行了封锁管控，同时因为政府与野座间有所勾结，在各方面有形以及无形的推动，使得普通民众几乎不知道这场事故。
因为和人类极度相像，众多Amazon轻易隐藏在了人类社会中。同时在逃逸时，每个Amazon身上都佩戴着“臂环”，即会定时输入抑制药物的“安全装置”。药物的容量起作用的最长的时间是两年，即隐藏期，这段时间内Amazon不会觉醒食人欲望。而在药物中断后，Amazon就会觉醒对人肉的渴望，并且再填充药物也无法抑制，这一过程称为Amazon的觉醒。而事故发生两年之后，则会发生大量的Amazon的集体觉醒。
为了应对事故，野座间本部长水泽令华成立了专门消灭散布在城市中的Amazon的部门。配备了专门的武器装备，以高额的报酬作为交换，让雇佣的人所属的“驱除班”出场与Amazon直接进行战斗。除驱除班以外，还有调查班、清扫班、解析班等存在。
而后野座间本部又进行了「特拉洛克作战」。特殊研究开发本部为了一举驱除散布在城市各处的实验体而开展的作战计划，使用无数架无人机搭载，利用降雨将对“Amazon瓦斯”洒落于各处，使Amazon的细胞溶解。这一作战消灭了绝大部分的Amazon，剩余的少数也沉寂。
就这样平静的度过了五年。
突然某一天，Amazon又开始出现了，并且不是少量出没，而是群体的爆发。这并非是五年前残存的Amazon，而是不知为何诞生出的新型Amazon，这种Amazon是由人类变异而成的。野座间立即开始调查，最后发现是有着统一感染源。
调查的结果判明在Aroma Ozone的业务用饮水机的水中含有溶原性细胞，该细胞可以将人类感染为新型Amazon。此时的感染者以万为单位。一旦感染体表就会有黑色血管状的花纹浮现出来，理性也会丧失。
为了歼灭新型Amazon，并根除感染源，野座间制药和政府的共同出资新设立了对Amazon用特殊机构·特定有害生物对策中心（Competitive Creatures Control Center），简称为4C。
故事由此展开。
“终于到了这个时候吗。”
白光闪过，昭阳和尹融的身影出现在了Amazons的世界中。昭阳由衷发出了一声感慨，他知道这是他迟早要面临的挑战。自从进入空间的一开始，他就和Amazon有了解不开的联系。
“那么系统，这次的任务是什么呢？”昭阳问道
“这么急着知道吗？那就告诉你好了。”脑海传来了系统的笑声。
“编号7-000913
体质：人类、Amazon、Xtreme、邪骨病毒改造体、奥菲以诺。
危险等级：4.0
试炼世界：假面骑士Amazons
试炼任务：击杀千翼，获得原生体样本
试炼类型：单人任务
试炼奖励：？？？”
“什么？要杀死千翼吗？！”昭阳感到无比的震惊。
千翼是假面骑士Amazons（S2）的主角，他是Amazon和人类的儿子。外观看上去有18岁，实际年龄却只有5岁。尽管不成熟，但是他生性善良，对人类抱有吞噬欲望的他无时不刻都在克制着自己，同时也在用自己的方式阐释着对生命的渴求。曾经在观看这部影片的时候，昭阳数次被这位少年爆发出的孤独的感情所感动，同时心里也为他悲伤着。
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