在建国的英雄之龙的守护下，合众安全的度过了前期。可是其他地区可就没有那么好运了。
在跌跌撞撞之中，世界上又爆发了一轮新的斗争——卡洛斯地区的卡洛斯帝国重建，帝位由那位被掳走的皇帝的血亲传承。在帝国的跌宕起伏中，人们忘却了过去的痛苦，并且开始奴役起了宝可梦和人类。
帕底亚的王国随后成立在长达千年的演变中，转化成了帕底亚帝国，并以贪欲彻底腐蚀了来自东方象征君子之风的祥瑞，令其化作灾厄。
伽勒尔的王国被彻底推翻，数百年间的与卡洛斯的战争，最终兵器的死伤，闇夜的出现都被平等的怪在了身为宝可梦的国王身上——于是，蕾冠王被推翻，沉睡，由人类接手了伽勒尔王国。
……
类似的事件还有很多很多，但自此，据说原本还能勉强和宝可梦共处的过去也烟消云散。
宝可梦虽然和人类同甘共苦，但是却在两次灾厄之后成为了被奴役的对象。
也不止是宝可梦，人类也同样被奴役，在这期间，甚至捕捉人类的球都被开发了出来。
贵族们高高在上，躺在所有人身上醉生梦死。
平民们低入尘埃，无法反抗，苦不堪言。
宝可梦们被特殊的精灵球奴役，终生痛苦……
当然，还是有一条路给这些贱民们的——
那就是成为宝可梦训练家，去和宝可梦一起在斗兽场厮杀，以此换取那遥不可及，却又永远也爬不上去的成为贵族的机会。
更或者，宝可梦和精灵球都被贵族们垄断，一些尘埃们只能依靠赌蛋，或者去野外碰碰运气，以此希望踏上能改变人生的训练家之路。
那时候，人命真如草芥，宝可梦的命更不是命。
大家艰难的求生，只为了能够在这种时代活下来。
奴隶和宝可梦们起义过无数次，可是面对拥有更强大实力的贵族们，所有的起义都会被残酷的镇压……
在这段时间里，贵族永远是贵族，偶尔会有一些对战的妖孽，但也很快会被贵族群体所同化。
贱民永远是贱民，或许偶尔能诞生几个对战的妖孽和天才，但是他们也将成为贵族，继续压在贱民的头上。
宝可梦则不再被视为朋友，搭档，而只是一种好用的，便于操控的魔兽。他们被作为真正的商品买卖，有些弱小的宝可梦的命甚至都不被视作生命。
似乎，世界将就此永远沉沦……
直到三百年前，一个少女从天而降，摔在洗翠的海滩边上……
而这段时间，被称呼为黑暗时代。
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