广东由于开海之后经济发展，尤其是海上贸易的繁荣，使得广东的商品经济大规模的发展，而海上贸易需要大量的商品，所以传统的小农经济显然是不能适合广东的现状了，广东人逐山海矿冶番舶之利，不务农田，求富已经成为了现在广东的风尚了，在广东出现了经营单一经济作物的专业农户， 诸如香户、花户、果木户、蚕桑户、鸦户、鱼花户等。
这些依靠商品贸易富裕起来的广东人，试图寻求保护自我的有效途径。于是他们利用从商业化得到的经济实力，仿名宗大族建立起自己的宗族组织。利用宗族保护自己的经济利益，同时扩大生产，获取更大利益，这是和福建宗族最大的区别。
这种风气也逐渐影响了广东的士风，庞尚鹏就在奏疏中说道：“正、嘉之前，仕之空囊而归者，闾阎相慰劳，啧啧高之，反之，则不相过。嘉、隆以后，仕之归也，不问人品，第问怀金多寡为轻重。相舆姗笑为痴牧者，必其清白无长物者也。”
这种风气使得广东的官场确实是贪官污吏横行，引为常事，所以必须要加以严惩。对于广东和福建，朝廷是要采取不同的措施的，对于广东以整顿吏治作为抓手，主要就是严厉打击贪污受贿和走私，加强朝廷对于海上贸易的监管，整顿士风，保障朝廷的关税以及各项政策的推行。
而对于福建，则是针对这些地方的科举家族予以打击，打破他们对于地方科举的垄断，振兴文教，这点是极为重要的，同时就是将这些依附于家族的走私势力加以铲除，这点也是极为重要的，所以这次朝廷的重点就是两个，第一打击闽粤两省的宗族势力，第二就是整饬吏治，使得朝廷的各项政策能够落地，这点是最为关键的。
这些事情，朱载坖就将其交给太子，现在朱载坖的重心主要就是西域的战事，尤其是和卫拉特蒙古的谈判，在天气转暖之后，大明再次和卫拉特四部展开了谈判，这次朱载坖指令云中办事大臣张学颜务必要态度强硬，大明现在在战场上是取得了优势的，在这种情况下，大明的条件不可能有任何的退让，这点是毫无疑问的。
朱载坖给卫拉特部的条件是很简单的，第一，四部游牧于阿尔泰山、额尔齐斯河一代，不准南下放牧，放弃在天山的所有住牧地，第二，向大明称臣纳贡，同时承认顺义王是蒙古大汗，第三，大明在科布多等地筑城派兵，同时和卫拉特部通贡贸易，第四，卫拉特部作为大明的藩篱，为大明守卫西北边疆。
而作为回报，大明愿意和卫拉特四部通贡贸易，从卫拉特四部购买马匹、牛羊等物资，向卫拉特四部提供各种生活必需品，而作为大明的臣子和藩篱，当卫拉特四部遭遇入侵的时候，大明官军也会帮助卫拉特四部抵御入侵，同时卫拉特四部也要服从大明的调遣，派兵协助官军在西域征战。
朱载坖明确指令张学颜，这些条件不得更易，没有商量的空间，如果卫拉特四部仍旧执迷不悟，朱载坖就调遣官军将卫拉特四部赶出阿尔泰山以南，让卫拉特四部去西伯利亚当野人。
在和卫拉特部谈判的时候，朱载坖也在关注西域南路的事情，尽管大明扣押了叶尔羌汗国的使臣，但是叶尔羌汗国但是从大明的调动中嗅到了一丝味道，叶尔羌汗国决定先下手为强，他们所对准的地方就是交河，也就是原来的吐鲁番，因为这里地理位置要冲，是朝廷以北制南的关键节点。
此地扼守天山南北要道，北接乌鲁木齐，南通喀什噶尔，东连哈密，西达库车。是官军的攻击出发阵地，要是被叶尔羌汗国夺取，官军要想夺取西域南部，确实是极为困难的，交河乃是收复西域全境之战略要冲，作为朝廷重点经略的地方，交河自然是驻有重兵的，朝廷在原本吐鲁番的境内另行择地修建了交河城，同时设立了交河卫，交河前卫和交河后卫三卫在此屯垦，同时还驻扎有两协官军，以守卫交河，因为这里储存了朝廷西征的大量粮秣。
不管是朝廷为经略西域南路所准备的粮秣，还是准备发运到轮台然后转运到李成梁部军前的粮秣物资等，都需要在交河转运，所以叶尔羌汗国决定攻取交河，一来是为了获取朝廷储存在交河的海量物资，虽然叶尔羌汗国信仰回教，但叶尔羌汗国遭受过战乱破坏，其税收已难以供给军用。而赛义德与他的军队虽然早已皈依回教，犹是蒙古族人。他们鄙视定居的农耕生活，军队屯田是不可能的。他们更加喜欢劫掠，如果能够获得这些物资，不仅会极大的延迟大明对西域南路的经略，也可以壮大他们的势力。
二来就是为了保住他们在西域南路的地盘，他们很清楚，朝廷如果从轮台出兵的话，交河就是经略西域南路的第一站，而如果能够夺取并且守住交河的话，就可以将西域北路的官军加以阻挡，之用对付从哈密来的官军，而从哈密到交河，沿途八百里，官军跨越瀚海，必定人困马乏，不一定是叶尔羌汗国的对手。
但是叶尔羌人的行动很快就被官军所探知了，因为拉失德汗共有十二个儿子，他将儿子们分派到汗国各个重镇，使整个汗国控制在他的直系亲属手上，这在一定程度上有利于汗国的稳定。但是也造成了叶尔羌汗国内部各派势力的斗争，即便是大汗，要想集结叶尔羌的军队，也需要不少的时间，才能够将各部落的军队都召集起来。
而叶尔羌汗国这么大张旗鼓的召集军队，自然是逃不过官军的眼睛的，西域总督吴兑一面向交河派出援兵，一面向朝廷上疏，同时请求从陕甘来的官军提前出发，经由哈密驰援交河。
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