皇帝对此深感悲痛，将孙传庭从狱中释放，任命为总督，并让他率领陕西、山西两地兵马作战。孙传庭大力整治军队，自认为必能击败匪寇，皇帝也多次催促他出关迎战。孙传庭勇猛但疏于防范，匪寇多次假装败退，诱其深入，最终孙传庭一战大败，军需物资损失殆尽，匪寇趁机进入关中，占据了长安。孙传庭战败逃走，最终身亡。此前，匪寇攻破的城池众多，武官多有失节行为，但文官尚未有投降者。到了此时，陕西之地如陆之祺等地方官员纷纷被迫投降。匪寇随即由陕西进入山西，所到之处纷纷沦陷。皇帝此前已派遣阁臣吴甡出京担任督师，但吴甡犹豫不决，迟迟未动身，此时张献忠已攻破武昌，原任阁臣贺逢圣以身殉国。皇帝愤怒之下罢黜吴甡，并将其逮捕流放。
张献忠所到之处，杀人无数，而李自成的杀戮相对较少，因此百姓认为李自成不杀人，遇到他便投降，几乎没有犹豫，唯有榆林坚守抵抗，与匪寇交战，伤亡相当，榆林城破之日，所有官兵均战死，无一人投降。这是因为榆林多有经验丰富的老将。匪寇跨过黄河向东进军，内阁大臣韩爌、巡抚蔡懋德均在此过程中阵亡，平阳郡守张璘然开城投降，并为匪寇效力。皇帝派遣阁臣李建泰担任督师，并亲自送行，给予特殊礼遇，但军队粮饷匮乏，挑选的京营士兵在随行途中大量逃散。李建泰抵达真定后，无法继续前进，而此时匪寇已经逼近。李建泰与李自成同姓，得以保命。传闻李自成称其为叔，后李建泰又向李自成称臣。李建泰生前颇受敬重，如今此举令人极度痛恨。
李自成贼寇一路从真定而来，一路攻破居庸关直入京城。京师翰林院官员李明睿建议应当朝廷南迁，科臣光时亨上疏阻止。还有人提出应让皇室成员南下安抚军心，但也未能实现。皇帝本来派遣内阁大臣魏藻德、方岳贡在淮扬一带屯田练兵，后因匪寇逼近而留在京师。朝中官员纷纷进言献策，但京城防守事宜仍未妥善安排。十五日，朝廷还在翰林院考核庶吉士，十六日举行翰林院选拔考试，十八日匪寇已从通州抵达京城，一到就攻破了彰义门，而皇宫内城尚不知情。最后皇帝在煤山自缢身亡，因自认为失掉江山，不愿以完整的衣冠在地下面对列祖列宗，因此扯碎皇冠，撕裂朝服，临终留下遗言警示贼寇：“勿伤我百姓”，天下闻者无不痛心。
此时匪寇已骑马冲入京城，李自成进入皇宫后，将皇帝、皇后灵柩抬出，置于宫廷大道上，据说用简陋棺材放置于芦席搭建的棚中，只有僧人以麦饭祭奠，京城百姓无不悲戚动容，但朝中文武大臣竟然无人前来祭拜哭泣。除了二十余位以身殉国的官员外，其余官员均向匪寇称臣。众官员纷纷向贼寇报名求见，来到宫廷中站立等候，整日不得觐见，也有少官员设法逃脱。
尽管先帝圣明，以身殉国，实属千古罕见，但朝中大臣死难者寥寥无几，实在令人可恨痛惜。总的来说，野史记载的降匪官员大多情况属实，而在南明朝廷初步确定从逆的六等定罪案件过错中，案情总是因为有人贿赂而变化，如果涉及到党派仇恨的，也往往被牵扯入此案。有一位星象术士从梁溪来访，说梁溪有一位朋友详细记录了叛逆者的姓名事迹，准确无误，我打算写一封书信去索要这些资料，但恐怕未必能得到。从逆一案内容多次更改，或许是因为一旦定案便无法继续索取贿赂，所以故意拖延，留下悬而未决的案件。即使是死难最为惨烈的家，相关官员也要向他们的家属索取贿赂才会向朝廷请求抚恤。李自成每次登上皇位，都会头晕目眩，人们都知道他不会长久，这或许是因为上天在对其进行警示吧。
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