在农业和手工业发展的基础上，哈拉帕文化也有了相当发达的商业。当时的黄金大概是从南印度输入的，银大概是从巴克特里亚、波斯输入的，铜则可能是从南印度和格德罗西亚等地输入的。陆路的交通运输主要用牛车。
在哈拉帕与古代两河流域之间，也已经有了商业往来。两地之间大概是使用彼此的印章和金属来作为货币购买货物的。两者之间的商贸活动大概是经由海路进行的。在哈拉帕文化印章中，有的刻有船的图形，这种船大概就是当时海路交通运输的工具。
哈拉帕文化的的覆盖区有好几百个小城市。城市不分大小，都有一个共同点，即包括卫城和下城两个部分。较大者只有几处，其中以哈拉帕和摩亨佐·达罗为最大（面积约1平方公里），至今还能看到遗址保存较好的是摩亨佐·达罗。
摩亨佐·达罗的西部是建于砖砌高台上的卫城，东部是住宅与工商业所在的下城。这两部分又由一道宽厚的砖墙围护起来，形成一体。卫城的中心是一个大的公用浴池，长12米，宽7米，深2.4米，用砖建成，涂以沥青，以防漏水。浴池附近开有水井，为供水之源；浴池也建有排水沟道。这里大概是当时人们举行重大礼仪前的沐浴处所。浴池西面有27排带有通风孔道的砖建筑物，它们显然是谷仓。在浴池的北、东、南三面，还有许多建筑物。这些是政府办公和大众集会的地方。
摩亨佐·达罗的下城显然是按照一定的规划建成的。那里的大街是笔直的，它们或者东西向，或者南北向，垂直相交，把下城分为许多街区。每个街区中又有若干小巷，它们也是东西向或南北向地排列着，并和大街垂直相交。大街和小巷构成了一整套井井有条的交通网络，主要的大街宽度可达10米。街道交叉处的建筑物的墙角砌成圆形，以免有碍交通。街道还有不少灯柱，大概晚上已有路灯照明。
在街道网络的下面，又有一整套下水道的网络，地下的沟道是用砖砌成的，沟上用砖或石板作顶盖，街道的两边都是建筑物的墙壁。建筑物不开临街窗户，窗户都开在自家的院子里，有门通向街道，不过门一般都开在小巷里。
建筑物的大小各有不同。小的只有两间小房，大的则以院子为中心、周围建有很多房屋。还有一些象营房一样的单间住房，可能是穷苦人的住处。建筑物不仅有占地大小的区别，还有楼层多少或有无的不同。若干建筑物遗址中有楼梯的残迹，这说明有两层或三层楼。大的建筑物中通常都有自家的水井。
几乎每一建筑物都有一间浴室，浴室地面是不漏水的，并且有一定的坡度使水流向房屋的一个角落，那里安有管道，可以把水导向室外街道的下水道中。有些建筑物遗址中还发现了垂直的陶管，这说明浴室位于楼上。根据各家建筑物的差别，可以推知当时社会是存在贫富的阶级差异的。
从卫城的巨大公共建筑物和粮仓的存在，以及下城的街道规划，都可以看出当时已有掌管支配权力的国家机构。学者们根据遗址的规模对摩亨佐·达罗和哈拉帕的人口作出不同的估计，一般认为这两个城市约各有人。这说明当时的国家都是不大的城市国家，由中心城市和周围一片农村地区组合而成。
哈拉帕文明的城市经过其繁荣期以后，先后都变成了被人遗忘的废墟。由于文字尚未释读成功，这种文明的创造者至今还未确定。学者们提出种种不同的假说。有人说他们是苏美尔人，可是提不出切实证据。有人说他们是雅利安人，可是雅利安人的文化与哈拉帕文化又有明显的不同，而且他们是在大约公元前1500年开始入侵北印度的。不少学者认为他们是达罗毗荼人，可是又不能从他们的语言上加以证实。又有学者认为他们是混血人种，这当然也只能是一种推测。
至于哈拉帕文化衰亡的原因，学者们也有种种不同的推测。有些人认为，由于雨量减少，信德地区日益干旱甚至沙漠化，居民不得不移往他方。有些人认为，哈拉帕文化的衰落是地震、泥石流、旋风等灾变的结果。还有些人认为，由于印度河的改道，原先的河谷沃土变成了沙土，人们被迫离去。以上推测都把哈拉帕文化的衰亡归因于种种自然灾害，但是自然灾害不足以说明分布在那么广阔土地上各城市为何一齐衰亡。
另外有些学者认为，由于土地的过度耕作、水利设施被忽略或破坏以及长期伐林掘土烧砖，土壤逐渐恶化，致使哈拉帕文化趋于没落。根据印度河东南的印度大沙漠和印度河中游的沙漠来看，这种可能性还是比较大的。当然，也有可能是印度河流域城市文明的富足，引来了山地部落的入侵，结果造成文明的毁灭。按照惯例，最有可能的是雅利安人侵入的结果，但是雅利安的侵入在公元前1500年以后，而现在已经测定哈拉帕文化在此以前就已经衰亡了。因此，这成了一个谜。
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