这是1640年7月，这场战争用了一年多点时间。
顿月多吉被押回甘孜处斩，其庄园、土地、财产被分配。固始汗与索南商议决定，将金沙江以东康区北半部即原白利土司领地划归固始汗治下，在德格、甘孜、邓柯、白玉、石渠、阿坝等地及沿途大镇，派官治理，征收赋税。
各路藏军僧兵陆续返回了，临走的前一晚，索南和固始汗密议了半宿。这次战争大大提高了固始汗在西藏各教派中的威望，他命老将巴根和二公子察汗丹津先返安多，自己留下处理各种后续事宜。
白利土司被消灭，小藏巴汗有了一种不祥的预感，立马改变了对格鲁派的态度，他知道四世班禅在黄教中的地位，于是格外巴结，将谢通门和兰伦热布两个宗[雨林木风1] 都献给了扎什伦布寺。
白利土司灭亡后，固始汗派人向拉萨报捷，五世达赖特为阵亡僧众做了一场超度法事，为了纪念这次重大战役，后来五世达赖又将每年5月15日三大寺出兵那天定为煨桑节，流传至今。为表彰昌都强巴林寺做出的贡献，五世达赖特许，每年正月，该寺可比照大昭寺的成例举办传召法会，还可举办格西考试、酥油灯节和驱鬼活动等。
同时，五世达赖请使者向汗王转达了他的祝贺与感谢，并在信上表示：“汗王连年征战，无论康区还是安多都有许多善后事宜需要处理，望加意整顿巩固为盼。”
使者回报后，索南群培颇感意外：佛爷好像在暗示汗王就此罢手，那下一步究竟如何打算？这让他百思不得其解。
“总管大人，看来佛爷对今后行动已有自己的计划，且等等看吧。”固始汗说。
“打铁要趁热，况且我们名正言顺，证据凿凿。佛爷是慈悲为怀，只怕恶人不肯罢休，待我返回后向佛爷讲清此中利害。”
“事关重大，总要佛爷点头方可。”
索南返回拉萨后，向五世达赖出示了在甘孜文档中查出的顿月多吉与小藏巴汗来往的书信，足以证明小藏巴汗对白利土司没收寺院迫害僧人行为的默认与包容。
“佛爷，小藏巴汗为了利用顿月多吉灭我黄教，竟不惜欺毁三宝，毫无信义可言，早惹起各教派公愤，若我们与汗王内外夹击，必可彻底铲除这一心腹大患。请佛爷允准。”
五世达赖听了只是轻轻摇了摇头。
过了两天，当索南再次提出这一请求时，五世达赖语重心长地说：“教派之争竟须刀枪相向，已是佛门不幸，若还借助外力，终究会遗患雪域。止贡林洛[1]你该知道吧，最后落下个什么结果？外兵饱掠，众生涂炭，萨迦和止贡两派至今仍视若仇雠，都是输家。我深知那个人的品性，早已预做提防，只是事情都有个自身发展过程，不妨等等再做区处。”
索南心想，如果只是这么劝说，恐怕不会奏效，要想个法子。
几天后，索南领着一位中年喇嘛来见五世达赖。
“佛爷，这位本是我金达寺僧人，被止贡派强行改宗后，一直与我保持联系，今有重要事情禀告佛爷。”
止贡与噶玛同属噶举派中的两个支派，敌视格鲁，将18座黄庙强令改宗，并侵占甘丹寺庄园，导致干戈不断。
中年僧人说：“前些日子，小藏巴汗府里一个叫却英的熬茶师到金达寺密会寺主，所谈事情被我碰巧听到，事关黄教和佛爷安危，故潜行出寺前来禀报，此番怕是再回不去了。”
五世达赖让益西关好门，叫那僧人说下去。
中年僧人继续：“却英先是拿出一张写着字的纸给寺主看，后面说的话大意我是听清楚了。他说小藏巴汗认为白利土司被消灭后，不能眼看格鲁坐大。他已动员噶玛的黑帽、红帽二系，再联合止贡派和一些地方势力，蓄集力量准备动手，还说他准备派人引西蒙准噶尔部来安多，赶走固始汗，削减格鲁外援。”
听到这里，五世达赖不禁皱起了眉：固始汗确是说过巴图尔浑的野心，自己原本是想，有了固始汗的声援，小藏巴汗就不敢怎样，西藏的问题可以逐步按藏人的方式解决，看似慢，但没有后遗症，可是固始汗的地位一旦动摇，那就……
“佛爷，”中年僧人接着说，“他们连后面的事情都安排好了。“
“你但说无妨。”索南说。
“他们计划将三大寺彻底铲除摧毁，所有黄庙改宗，瓜分所属庄园、土地、财产，还要将佛爷您抓捕，囚禁到金达寺后山的密洞里。”
索南说：“你先下去吧，我已叫人给你安排好了。”
矛盾一下子如此尖锐、迫在眉睫，站立一旁的益西觉得连空气也凝滞沉重了。
“索南，立即通知汗王预作戒备，汗王是我们的好朋友啊。我写封问候信，盖上印记以为凭证，选一可靠之人捎去口信。”
“是。德格土司来甘丹颇章宫受封，近日要返回，我去安排一下，要他明日即启程，路上抓紧时日。土司老成练达，可胜此重任。”见五世达赖点了点头，索南接着说，“佛爷，即便我们不动手，汗王也决不会轻饶小藏巴汗，看来是免不了一场动乱，我们也该做好准备，应对各种状况。”
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