深夜，寂静的月光下，宋慈的院落突然被一阵急促的脚步声打破。宋皇带着慌乱的神情闯入，大呼道：“宋慈，速来救驾！”然而，话音刚落，一支利箭便穿透了夜色，直射进宋皇的胸内。一声惨叫划破夜空，宋慈猛地从梦中惊醒，冷汗淋漓。
次日，宋皇下旨，紧急召宋慈进京复职。在回京的路上，宋慈凭借过人的智慧和敏锐的洞察力，成功破解了一桩民间命案，令众人赞叹不已。而在这起案件的侦破过程中，英姑犹如天外来客般突然现身，她的出现，更为整个故事增添了几分神秘色彩。
就在宋慈刚刚抵达京城之际，宫中内侍突然传旨，召他深夜进宫。夜色中，宫廷的深邃与隐秘仿佛隐藏着无数未知的秘密，令宋慈心生警惕。
与此同时，御史王儒璋私下访问湖州，发现护洪堤长期失修，汛期险情岌岌可危。他决心追查朝廷拨给湖州的五十万缗修堤资金的下落。新任湖州知府曹墨也意识到问题的严重性，开始全力追查这笔巨款的下落。
然而，一场突如其来的洪水席卷了湖州，无数生灵涂炭。在洪水的冲刷下，一具尸骨露天现世，令人触目惊心。知县姜汝成高举尸骨上留下的玉佩，面色惨白地喊道：“难道老天真要亡我大宋吗？”随即中风倒地，不省人事。
曹墨为了承担责任，自担了五十万缗失踪之责，被押解进狱。临行前，他将玉佩交给妻子玉娘，嘱托她将其交给宋慈。玉娘为了寻求真相，夜闯提刑司，将玉佩交给了宋慈。于是，一场惊心动魄的追查“皇室谜案”的序幕，就此拉开。
在夜色朦胧的牢狱深处，宋慈秘密拜访了身陷囹圄的曹墨。他紧握那块玉佩，沉声对曹墨说：“此玉佩乃皇室之物，此案非同小可，必须上奏皇上，深入追查。”曹墨眼中闪过一丝复杂的情绪，但他深知事态严重，点头默许。
户部尚书伍德却向宋皇进言，以王朝安危为重，劝诫皇上不要因为区区五十万缗的小事而动摇大局。宋皇陷入沉思，权衡利弊。
与此同时，御史王儒璋深夜提审曹墨，试图逼问出五十万缗的下落。但曹墨咬紧牙关，宁死不屈，他提出一个请求：希望能出狱三日，处理完灾后的善后事宜，之后愿接受朝廷的任何惩罚。王儒璋犹豫片刻，最终答应了曹墨的请求。
另一边，宋慈心中疑云重重，他来到史馆，希望能从史册中找到关于那位皇室贵胄遗体的线索。然而，当他翻阅皇子皇孙生时卒年的史册时，惊讶地发现有几页竟然被人撤去，而且据说还因此导致一位史官丧命。宋慈的眉头紧锁，他意识到这绝非简单的失窃案，而是一场精心策划的蓄意谋杀。
宋皇深思熟虑后，决定让曹墨戴罪立功，去完成湖州灾后的重建工作。曹墨感激涕零，在皇街上长跪不起，叩谢圣恩。户部侍郎李佑淳却私下找到伍德，低声告诫他：“圣上虽放了曹墨，但五十万缗专银案并未了结。更大的案底即将浮出水面，你要小心行事。”
宋慈为了寻找线索，踏上了前往天目山的路，寻访当年的太子太傅阚愚直。当他将玉佩展示在阚老先生面前时，这位二十年未曾开口的老者，竟然轻声唤出：“起风了。”这简短的话语，似乎隐藏着无尽的秘密。
英姑担忧地看着宋慈，她告诉宋慈这玉佩之案很可能涉及皇室内部的血腥争斗，劝他不要深入追查。但宋慈眼中闪烁着坚定的光芒，他沉声道：“此案关乎大宋安危，若不揭开这个谜底，消除王朝的隐患，我宋慈岂能心安？”
为了揭开皇室谜案，宋慈来到中风的姜汝成家，留下药物和钱财，希望姜汝成能够康复，为案件提供关键线索。然而，玉贞却试图阻止宋慈深入此案，她搬来了婆母。但出乎意料的是，婆母却支持宋慈深入追查此案，她深知只有揭开真相，才能还朝廷一个清明。
在史官裴时安的家中，宋慈意外发现了当年裴老史官抄录的皇子皇孙生卒时表。他仔细研读，渐渐揭开了一个惊人的秘密——现今的皇上竟然不是先皇的亲生之子！这个发现让宋慈震惊不已，他意识到这起案件远比想象中更加复杂和危险。
在深夜的皇宫中，宋皇端详着那块玉佩，眼中闪过一丝惊愕。他缓缓开口，声音带着几分沉重：“这块玉佩，乃是当年太子随身之物。可我记得，太子早已在那场火灾中离世。那么，它怎会出现在荒山野岭的一具尸骨上呢？那皇陵中的太子，究竟又是何人？”
宋慈心中涌起一股强烈的不安，他深知这背后定有惊天秘密。为了揭开真相，他深夜潜入提刑司，请求开皇陵验尸。然而，这在大宋法律中乃是重罪，一旦惊动皇陵，便会诛灭九族。
宋母得知此事，心如刀绞。她带着全家数口，被缚在皇陵外的刑台上，等待着宋慈开棺的结果。那一刻，整个家族的命运都悬于一线。
终于，宋慈手捧尸骨走出皇陵，他的脸色苍白而凝重。他缓缓走到宋皇面前，沉声道：“陛下，陵内并非济王尸骨，而是一具怀胎十月的女尸。”此言一出，宋皇及众人皆惊呆了。他们无法相信，皇陵中竟藏着如此惊天秘密。
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