在真新镇附近的山区深处，小智带着小刚和小霞以及娜姿进行艰苦的修行，为即将到来的宝可梦联盟石英大会做准备。一次偶然的机会，他们的训练打破了沉寂，皮卡丘的一次放电竟然劈中了沉睡于山脉的超古代宝可梦文明。
由怀特博士带领的考古团队一直在挖掘这片土地的神秘之处。不久，被公之于众的，是一件寄宿着恐怖超古代宝可梦力量的器皿——金色之眼。现在，它正静静躺在他们露营的帐篷之中。小智轻轻拍了拍腰间的小恶魔，那是他召唤重低音大胖丁的关键。只有它才能平衡即将毁灭世界的两股力量。
小智躲在帐篷外，将皮卡丘藏在外套之中，只露出一个小脑袋，静待火箭队的到来推动剧情发展。这时，帐篷内突然传来一阵微光，金色之眼开始散发出妖异的金色光芒，微微震动。
就在这时，“沙沙沙……”的声音响起，武藏和小次郎这两个小鬼头悄悄摸进了发掘营地的帐篷附近。“为了防止世界被破坏……为了守护世界的和平……”他们的口号在空气中回荡。喵喵在一旁焦急地催促他们寻找宝物。然而，看到那辆停在一旁的车子里似乎有很多人熟睡，小次郎开始犹豫起来。
“四不四傻？”武藏轻蔑地撇撇嘴：“最先冒出来的，多半是些微不足道的物件。真正的珍宝，总是压轴登场！”
“呼唤吧，阿伯怪！”武藏的阿伯怪，那只擅长挖掘的宝可梦，终于迎来了它的时刻。“阿伯怪，钻入地心，寻觅那无上的至宝，将其带回！”
“啾啾！”阿伯怪应命，一头扎入地底。
“呵呵，这下可以悠然等待佳音了。”武藏嘴角上扬，流露出一丝得意。“小次郎，你得到宝物后，有何打算？”
“我嘛……首先得清偿债务。”小次郎语气略显迟疑。
偷听的小智忍不住笑意，心中感慨：小次郎，你真是个善良的人。
“真是的！”武藏有些不悦，“你就不能畅想一下吗？比如买下一两座南方的小岛，尽享悠闲生活。”
“噢，原来如此。若是得到宝物，我便无需为升职加薪而烦恼，可以直接执掌大权了！”
随即，这两个社会底层的打工者开始了无尽的幻想。
“你执掌公司，你加冕为王，你荣升董事，你成为房东……”喵喵听着，不禁摇头叹息：“唉，这就是打工人的无奈啊。”
突然，阿伯怪从一侧山壁中破墙而出。
“哈哈！看来收获颇丰！”武藏惊喜交加。
小智迅速取出图鉴相机，按下快门。
咔嚓！果不其然，阿伯怪口中衔着两颗较大及一颗较小的黑色珠子，那些珠子极有可能是超古代耿鬼的舍利子……
阿伯怪嘴中的那颗珠子引起了小次郎和喵喵的疑惑：“这就是所谓的宝物吗？”就连一向沉稳的武藏也不禁好奇起来：“难道这珠子里没有其他更为璀璨夺目的宝物吗？”
然而，小智却明白眼前这看似普通的珠子非同寻常在此之前，他其实早已思考过，若是缺少了胖丁的力量，该如何应对这两个拥有毁灭力量的超古代宝可梦。在他心中，最稳妥的方式便是将这两个封印道具交给坂木，让火箭队去应对这两个强大的存在。然而，这些都只是他的设想而已。
此时，珠子突然闪烁起妖冶的红色光芒，将阿伯怪吞噬其中。这一幕让小智感到一阵头皮发麻，他不禁猜测这个古老的幽灵宝可梦是否是通过吞噬生物来获取力量。与此同时，营地内的另一个金色之眼也开始变得异常活跃，巨大的脚印在黑暗中显现。火箭队三人组被黑色珠子所吸引，成为了其力量的养分。然而，似乎吞噬的能量还不足以支撑它完全现身，珠子沿着河流漂流了一段距离后，最终在营地上空缓缓落下。面对这只喜怒无常且可能吞噬一切的超古代宝可梦，小智选择了暂时观望的态度。他并不想贸然卷入这场未知的风波之中。
随着夜色的消逝，清晨的曙光照亮了大地。发掘队的人们很快发现了营地中的不寻常之处。明显的巨大脚印，以及那三颗闪烁着的黑色珠子，它们的存在无法被忽视。
“博士，你觉得这些珠子是否象征着某种未知的力量？”考古队的团长蹲在地上，带着好奇与敬畏的目光，手套下的手指轻轻触碰着冷硬的珠子。
“立即将其带走分析。”怀特博士冷静地吩咐，眼神中透露出严肃。
在老团长的手中，其中一颗黑色珠子突然亮起，伴随着一声惊呼，红色的光芒瞬间爆发，团长消失在了众人的视线之中。
“快跑！”小智的声音在空气中回荡，带着不容置疑的紧迫。
众人如梦初醒，纷纷逃离。然而，除了小智一行人及怀特博士外，其他的考古队员都成为了那黑色珠子的祭品。
小智他们躲在房车内，透过窗户观察外界的变化。随着珠子的力量逐渐显现，巨大的耿鬼露出了它的真面目。它已经超越了普通的耿鬼，变得更加庞大与强大。
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