与此同时，麦克阿瑟在菲律宾的情况虽然也十分严峻，但相较于英军在马来亚的迅速崩溃，他的部队至少在一定程度上保持了组织和战斗力。在巴丹半岛的防守中，美菲联军虽然面临重重困难，但仍在努力组织防线，试图延缓日军的进攻。
1942年1月14日，随着日军不断推进，他们到达了马来半岛南部的柔佛州，在这里，他们遭遇了由戈登·本内特指挥的澳大利亚第8师。在金马士市（Gemas）附近，澳大利亚军队建立了坚固的防线，为日军的进军带来了战术上的首次重大挫折。
金马士市附近的战斗主要围绕着金马士桥进行。日军在此地遭受了重大损失，死伤人数达到1000人。在激烈的战斗中，金马士桥被毁，迫使日军花费了大约6个小时的时间来修复桥梁，这暂时阻碍了他们的进攻。
1月15日，当日军从金马士西侧攻击澳大利亚军的侧翼时，一场极为血腥的战役在半岛西海岸的麻坡河（Muar River）一带爆发。本内特将军派出的印度第45旅（其实际战斗力不足，只有不到半数的兵员受过训练）被部署在麻坡河南岸进行防守。然而，他们很快遭到了从海上登陆的日军的侧翼攻击。整个旅被彻底击溃，旅长和属下的3个团的团长全部阵亡。
在澳大利亚的查尔斯·安德森中校的领导下，撤退的印度军队得到了澳大利亚军队的支援，组成了麻坡军。这支临时组建的部队孤注一掷地进行了为期4天的战斗，为其它英联邦的残余部队提供了从马来半岛北部撤退的机会，避免了被日军包围的风险。但当麻坡军抵达巴力士隆（Bahau）的桥梁并发现桥梁已被日军占领时，安德森在不断上升的死伤数字下，命令所有人试图冲过桥梁。一些士兵逃入附近的丛林、沼泽地及橡胶林地，寻找位于永平（Yong Peng）的印度步兵团司令部。145名伤兵落入日军手中，除了两名士兵外，其他人都被日军屠杀。
1月20日，尽管面对皇家空军维克斯角羚式鱼雷轰炸机的轰炸，日军仍在兴楼地区成功登陆。英联邦军队在柔佛的最后防线——峇株巴辖（Batu Pahat）-居銮（Kluang）-丰盛港（Mersing）一线，面对日军的全线进攻。遗憾的是，白思华拒绝在新加坡北面的柔佛建立固定防御。
1月27日，白思华接到美英荷澳联合司令部司令阿奇博尔德·珀西瓦尔·韦维尔的批准，命令部队越过柔佛海峡撤退到新加坡岛，这标志着英联邦军队在马来半岛的最终撤退，也预示着新加坡将面临日军的直接威胁。
山下奉文的这次胜利，不仅改变了东南亚战场的局势，也给盟军带来了沉重的打击。而对于麦克阿瑟来说，这一消息无疑加大了他在菲律宾的防守压力。
在东南亚和太平洋的战场上，日军的连续胜利使得整个战争的局势更加对盟军不利。麦克阿瑟和他的部队面临着前所未有的挑战，他们必须找到新的战术和策略来应对日益强大的日军。
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