自悖论引擎升空以来，盟军组成了悖论远征军，悖论引擎的启动，捣毁了心灵军团在西欧的诸多基地。盟军强大的舰队有着绝对的制海权。
在悖论引擎和庞大舰队的支援下，悖论远征军开始对厄普西隆在非洲大西洋海岸线的多个基地发起了超时空突击，厄普西隆在非洲西北部和欧洲西部的军力受到了悖论远征军的沉重打击。他们不得不撤退到其它地方。盟军又又又又又取得了一个又一个的阶段性胜利。胜利的天平似乎不断地朝着盟军倾斜。
在悖论远征军的打击之下，其中包括一座拉什迪的重要研究设施，这个研究设施位于摩洛哥的图德拉河谷，天蝎组织被打的溃不成军。目睹了悖论引擎的强大也目睹了厄普西隆的疯狂，拉什迪作为永远都有第二套方案的男人着手准备了其它出路。
大批悖论远征军被传送到了摩洛哥境内发动攻势，天蝎组织奋起反抗，拉什迪的研究设施里有五个厄普西隆军最重要的原型机，其中一个原型机更是关乎着一个代号为“王牌”重要研究，这个研究是尤里最关键的一步！必须撤出这五个原型机才行！此次任务困难重重，恐怕只有异教可以完成吧。
尤里的联络：“异教，自从那艘令人担忧的飞行器于伦敦要塞升空以来，我们沿着大西洋海岸线的防线与基地不断遭受着毁灭性的打击，损失惨重。这种情况又以伊利比亚半岛与北非为甚，他们几乎能在瞬间将他们的部队传送到我们的基地附近甚至内部，让我们很难采取有效的反击措施，因此我们必须把注意力放在我们在摩洛哥修建的一座主要研究设施上。拉什迪正在那里制造我们最新的武器，他现在急需我们的帮助。
我们的情报无法及时应对可能的威胁，因此我不需要你完成守住研究基地这个不可能完成的任务。因此我们的目标是把研究成果从基地中转移出去，你需要护送一些原型机到达我们安全的地下隧道，随后它们会被转运到另一个基地。其中的一台原型机装载着我最重要的一部分研究成果，而这研究足以改变战争的结局，因此我们绝对不能失去它，最近我已经担惊受怕了很久，忍受不了更多的惊吓了。
由于盟军有能力将军队瞬间传送到我们最坚固的堡垒内，力量的天平已经倾斜向他们一边，我们的时间不多了。暂时将保持我们基地的完好放在次位，你的第一目标就是将这些原型机运输至安全地点。由于每一台原型机都是至关重要的，这次任务绝对没有失败的余地。
不要在乎那些被拔除的基地，其中一个原型机关乎着“王牌”计划，只要我们的“王牌”计划顺利实施，万心归一，什么都不是问题，也许现在只是徒增杀戮，但是异教，用你的心去感受我能创造的世界吧！”
异教配合天蝎组织指挥官成功把五个载具原型送到地下隧道。分别是一种全新的主战坦克，一个强大的战争机器，一个更大的装甲钻地车，一个看上去巨大无比的空中战舰，和一个飞快的运输载具。
悖论远征军在这些原型机转移之后轻易的摧毁这里的研究设施，不过盟军情报官却并没有发现这里是尤里最新的军备开发工厂，也没有发现他们失去了一个最为重要的线索。盟军情报官最终的报告是盟军又又又又取得了阶段性的大胜利。
随着悖论远征军的一个又一个阶段性胜利，引发了一个关键性的问题。那就是因为过于依赖悖论引擎的时间静止功能，悖论引擎消耗了大量的能源，悖论引擎是盟军这次远征最大的仰仗，更是是不可复制的“科学奇迹”，因此决不能让悖论引擎深入非洲腹地进行充能，目前悖论远征军夺回的地方没有能安全充能的地方。
但是盟军找到了一个地方，那就是加纳利群岛的特内里费岛，上面有着足够多的生化反应炉，那里大量的生化反应室使其成为了一个潜在的供电源。同时特内里费岛是一座孤岛，一旦占领就可以在加纳利群岛外围建立防线阻止厄普西隆大军的进攻。这里既有足够多的发电站，又是一处易守难攻孤岛。既然没有一片安全同时又有足够多发电厂的地方充电，那就用厄普西隆的发电站为悖论引擎充能！
悖论引擎充电计划是悖论远征军最关键的行动，罗伯特·宾汉亲自找到盟指：“我们的行动获得了一个又一个的阶段性胜利，无数厄普西隆的分基地被摧毁，西欧和北非几乎完全落入我们的掌控。看来形势已经开始逆转了，我们对大西洋沿岸的心灵军团基地进行的战略性打击，以及这几周以来对位于北非的多座天蝎组织基地的进攻接连取得胜利，然而，重复使用时间静止使得本就是提前启动的悖论引擎失去了大量的能量。
不过也有好消息不是吗？看来我们不用担心尤里使用MIDAS导弹进行攻击了，因为他的部队早已发现了悖论引擎，即使他只有一枚MIDAS弹头，也应该已经向我们发射了。但我们不能浪费时间，因为引擎的能量已经不足了。为了维持后续作战的时间静止和部队的超时空传送的能源，现在的首要目标就是给悖论引擎的电池重新补充能源！
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