在“若是不从，则地界众生全数抹去”的威胁下，二人悲愤答应。蚩尤代表魔族罗睺，黄帝则代表玉帝昊天，二人率领麾下无数大能大战了数年，最终，黄帝在昊天所赐灵宝“轩辕剑”的帮助下于“涿鹿之战”中险胜蚩尤。
在昊天的要求下，黄帝挥泪斩了蚩尤，将其五马分尸，躯干分别封印在地界各处险地。之后更是对蚩尤一方势力进行了清缴，只是黄帝终究是偷偷放走了许多蚩尤一方高手，这些人便成了日后世人口中的魔教中人。而蚩尤也并未彻底陨落，黄帝将其分尸封印不过是为了瞒过昊天，实际却是以秘法让蚩尤陷入假死中，并让他的肉身在各种险地中淬炼，变得更强大，以待有朝一日重新复苏。
而在黄帝即将获胜之时昊天自然也不会任由其做大而威胁到自己，黄帝之女女妭便成了他的一枚棋子。彼时女妭同一名男子日久生情，不久便成了亲。却不知这名男子正是昊天所派。就在大婚当夜，黄帝因为高兴而放松警惕之时，男子在交杯酒中下了毒。饮下毒酒的女妭顿时丧失了神志，脑中一片混沌。男子再将一朵天地异火渡进了原本就擅长控火的女妭体内。失了神志的女妭在男子的命令下带着被引爆的异火突然冲向了黄帝，全无防备的黄帝顿时失了分寸，被击成重伤。好在他毕竟实力强大，强行压下了伤势，最终将女妭制服，唤醒了她的神志。
只是这异火却是太过强大，女妭一时间无法控制，于是便引发了数次大旱，成了世人口中的怪物“旱魃”，更是在无数年后，不知为何又被传为了僵尸之祖。黄帝无奈，将她也封印了起来，助她控制体内的异火。
在世人的传说中，黄帝最终是乘黄龙飞升了，实际上黄帝却是悄然隐退了。
直到万年前的封神大战……
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