登国元年（386年）十月，拓跋窟咄逼近，部众惶恐不安。慕容垂之子慕容麟带领的后燕援军此时仍未到，于是拓跋珪先让北魏使者安同先回去，让魏人知燕军已在附近，稳定人心。拓跋珪于是领兵会合后燕援军，在高柳大败拓跋窟咄。窟咄带领残兵西逃，依附铁弗部，被铁弗部首领刘卫辰所杀，拓跋珪接收其部众。十二月，后燕加拓跋珪西单于之号，封上谷王，但拓跋珪不受。
登国二年（387年）六月，拓跋珪在马邑南亲征刘显，追至弥泽，大败其军，刘显向南投奔慕容永。八月，拓跋珪凯旋。
登国三年（388年），拓跋珪大破库草奚等部。次年，拓跋珪大破高车等部，登国五年（390年）又西征高车袁纥部，并在鹿浑海大败对方，俘获人口及牲畜共计二十多万。不久更联同慕容麟所率的后燕军进攻贺兰部、纥突邻部及纥奚部，后者向北魏请降。七月，贺兰部遭铁弗部攻击，贺讷于是向北魏投降求援，拓跋珪于是领兵去救援，击退刘卫辰子直力鞮之军，并将贺讷等人迁至东界。
拓跋珪进击高车诸部，唯独柔然不肯降魏，遂于登国六年（391年）十月进攻柔然。柔然率众退避，拓跋珪追击，军粮用尽后以备乘战马作军粮，终在南床山追及，并俘获其一半部众。接着拓跋珪继续派兵追击其余部，逼令其首领缊纥提投降。接着，拓跋珪进兵世仇铁弗部，直攻其都代来城，擒获刘卫辰子直力鞮，卫辰逃亡后为部下所杀。拓跋珪于是尽诛刘卫辰宗族共五千多人，将尸体丢在黄河中。此战后，阴山以南诸部都向北魏投降。北魏至此已击败大部份强邻，国力大增，成为当时中国北方实力最强大的政权之一。为之后不久其入主中原准备了条件。
燕魏争霸
鲜卑慕容部复兴的后燕比北魏早两年复国，时后燕强而北魏弱。两国本为世婚之邦，而拓跋氏复国之初的历次内乱与对外攻伐，后燕大多曾出兵支援，故拓跋珪与后燕结好，每年派使者往来。
登国六年（391年），贺兰部内乱，贺染干和贺讷互相攻击，拓跋珪亦自请为向导，请后燕出兵讨伐。[19]但事实上随着国力日强，雄心勃勃的拓跋珪已开始荫生灭燕之心了。后燕慕容氏亦想控御住拓跋氏，双方的关系实际上很微妙。而就在拓跋珪自请为向导欲让后燕出兵讨伐贺兰部的同一年，后燕将北魏来使拓跋觚扣留，以向北魏求名马，拓跋珪拒绝。拓跋觚是以一直遭后燕扣留，此后两国关系恶化。北魏转而联结西燕对付后燕。
登国九年（394年）六月后燕帝慕容垂出兵进攻西燕，围攻其都长子，西燕帝慕容永向北魏求援，拓跋珪遂派陈留公拓跋虔及庾岳救援西燕，可是援军尚未赶到，长子就已失陷。慕容永及其公卿大将三十多人都被诛杀，西燕亡。[22]华北一带只剩北魏与后燕两国互相对峙，魏燕之战一触即发。
登国十年（395年）本已年迈不欲征伐的慕容垂在诸子与其弟慕容德的请求下，于同年五月派其太子慕容宝率其诸子弟统步骑九万八千人伐魏。拓跋珪知后燕大军前来，率众到河西避战。燕军于七月到五原后收降魏别部三万多家人，又征收谷物及造船打算渡河进攻。拓跋珪亦进军河边，与燕军对峙。北魏一方面派许谦向后秦请求援兵，一面派兵堵截燕军与后燕都城中山的道路，[23]并抓住取道去前线的燕国使者。因着慕容垂在出兵时已经患病，而堵截道路令慕容宝久久都不知道国内消息，拓跋珪于是逼令抓到的使者向燕军谎称慕容垂的死讯，成功动摇燕军将士的军心。燕魏两军自九月起隔河对峙至十月，燕军终因内乱而被迫烧船撤退。[24]其时黄河河水未结，魏军未能及时渡河追击。但次月大风令河面结冰后，拓跋珪即下令渡河并派二万多魏军精骑追击燕军，在参合陂大败燕军，俘获大量后燕将士及其宗室官员。拓跋珪除了选用有才的如贾闰、贾彝、晁崇等人留下外，打算将其他官员都送回后燕，但之后听从中部大人王建的建议将四万降兵全部坑杀。史称参合陂之战。
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