奈欧斯诞生
某日一对男女驾车行经山区公路，突然遇上山壁崩落，还导致山桥断裂。等到他们下车检视灾情时，却意外发现山壁内有怪物活动的迹象。HEART总部(哈特总部)作战司令室内，哈特队员正在讨论着：因为黑洞影响失衡现象，世界各地都有可能发生怪奇现象。
突然，警报器响起，HRT RADAR WARNING SYSTEM 接获报告：阿贺矿山（山崩现场附近）发生不寻常现象，多人表示看到山壁不时震动、矿坑内发出蓝光，好像有怪兽叫声。港权八队长认定这是“2级事件”，下令出动“HEART队”。所谓的“HEART队”，是专门从事高科技调查、救援工作，一支直属于行政情报局的危机处理团队。他们是六位充满勇气、热情的队员，具备优异智慧及体力，是各个领域的顶尖高手；利用尖端科技，调查各种怪异困难的事件。
HEART队驾机来到山区，再驶车深入现场。矿坑口外，有居民认为怪声音像是“阿纳卡尔”天神的愤怒；在古老传说中，它是守护矿山的龙，掌管金属矿脉。奈奈队员随同神乐进入“SX战车”，启动“空气引擎”后，四车轮迅速收离地面；接着设定“防卫模式”，车窗玻璃随即覆上金属防护罩，两人驾车进入矿坑。车行不久，他们看见发出蓝光的矿石横阻着坑道。两人取回一小块矿石，队长留下亚美队员一人独自分析那块岩石，其他队员则协助疏散附近居民。
突然听见一阵惊叫声，原来是那块岩石衍生出触手，自行破坏检测箱脱逃，在临时篷内四处飞窜，吓得北林手忙脚乱。神乐、队长闻讯立即赶回支援，但因岩石移动速度敏捷，难以准确射击。后来因为哈特队员不慎击毁管路喷出低温气体，才导致岩石停止活动、恢复原状。经过再次分析，怪物的原凶是附着岩石表面、放出蓝光的微生物；这种情况本不该发生，原因很可能是天象异变所产生的自然失衡现象。队长推测坑内可能还藏有更多此类微生物，所以下令队员别让居民接近矿坑。
现场矿坑外，狗狗小杰似乎感受到洞内藏有什么怪物而狂吠不止，随后还冲入坑洞；小主人小功因为关切小杰安危，也跟着追进去。看见孩童家人担心惶恐的样子，奈奈不顾队员的拦阻，驾“HEART动力车”突破封锁管制线闯进现场。
就在奈奈顺利寻获小功与狗狗时，山脉又开始产生震动，奈奈等人来不及脱困，无线电也断讯无法联系。山脉崩裂之后，冒出一只巨大怪物──矿脉怪兽“阿纳加鲁格”。仔细一看，SX战车竟被吸附在怪兽身上，车内俩人因为先前剧烈震动而昏厥过去。HEART队决定先救二人，并阻止怪兽走向人多的镇上。因为SX战车无法脱困，使得HEART队攻击行动显得捉襟见肘、左右为难。即使以导弹攻击怪兽下盘，依然无法阻止怪兽的前进，而且它还毫发未伤。HEART队原想用“急速冷冻导弹”抑制微生物的生命力，后来因人质牵累而做罢。
此时，神乐为了救困在怪兽身上的奈奈两人，直接跳出战机想亲自驾驶“HEART动力车”脱困，但怪兽的攻击使的神乐难以行动，此时，周遭时间突然停止。在空中的神乐见到了一位自己曾在外太空出事时，一位前来搭救，熟悉的红色身影。在红色巨人的一番话后，神乐接住了一道光，那道光在神乐手上变出了一个变身器，神乐此时大喊:“奈欧斯！”，神乐变身成为了奈欧斯奥特曼，和怪兽作战，最终成功将怪兽消灭。
因为黑暗物质的影响而逃亡到地球的萨姆星人，通过建立萨姆塔来吸收黑暗物质的能量，以促使自身进化，最终由于实验的失败而失控。亲自作为实验体的萨姆星人首领，在暴走前就恳请神乐元气（奈欧斯奥特曼）出手，在自己失控时消灭自己。而此时的神乐元气虽然经历过了和阿纳加鲁格的战斗，但还是对自己的真实身份知之不详，因此面对巨大化且凶暴异常的萨姆星人时不知所措。
就在此时，赛文21奥特曼再次出现，帮助神乐元气想起了缺失的记忆。原来，当初神乐元气在宇宙中调整电波望远镜时遭遇陨石群袭击，为了救援同伴而被甩飞到宇宙空间中，正好被前往地球调查黑暗物质的奥特战士所救。神乐为了救援同伴而牺牲自我的勇气，深受奈欧斯奥特曼的认同，于是得到了奈欧斯赋予的变身道具，并和奈欧斯一体化，接受了作为奥特战士的使命。回想起一切的神乐元气，变身为奈欧斯奥特曼出战，消灭了失控的萨姆星人。从这一战开始，神乐元气正式开始了作为奈欧斯奥特曼的使命，和黑暗物质引发的失衡现象展开战斗。
在最终决战中，奈欧斯奥特曼与同样来自于M78星云光之国来的奥特曼战士·赛文21奥特曼共同对抗由太阳黑子而产生的最终怪兽曼修海特，起初奈欧斯奥特曼与赛文21奥特曼并非兽化的曼修海特的对手，曼修海特只用了两招就打倒了两大奥特曼。
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