轩辕剑的消失也是源于一场旷世大战。
相传，在公孙轩辕统治期间，天外突然来了一位不速之客。
这人自称蚩尤，乃是魔神教的教主。
蚩尤一来便是吸纳教众，当然不是那种自愿的加入。
蚩尤每到一处，便将所有的凡人也好，仙人也罢，一股脑的收入囊中。
愿意加入的便烙上魔印，不愿意的便直接处死。
因此，所过之处千里无人烟。
公孙轩辕也是听闻了此事，自然不可能任由蚩尤肆虐，直接提着轩辕剑单枪匹马的去找蚩尤。
可是真动手才发现，蚩尤竟然如此强大，他这个第一圣人靠着轩辕剑都无法占到上风。
无奈之下，只得先退走，另谋他计。
因为击退了公孙轩辕，蚩尤的行事更是肆无忌惮。
而退走的公孙轩辕见单枪匹马斗不过，只得去四周找帮手。
先是找到了老对头炎帝，希望他能够帮助自己击败蚩尤。
炎帝没有丝毫犹豫便是答应下来。
为防万一，两人还将手下所有的圣人都一起带上，势必要将蚩尤斩杀，还世界一个清明。
最终的结果却是没人说得清。
因为自此之后，蚩尤和魔神教消失了。
而公孙轩辕和炎帝以及一众圣人也同样销声匿迹。
轩辕剑自然也是不知所踪。
过了不久，整个世界的灵气开始急速衰弱，
又过了无数年，也就有了后来的群仙入小仙界的事情......
......
几位仙尊回想起这段秘辛，眼中阴晴不定。
传闻中，剑身一面刻日月星辰，一面刻山川草木，剑柄一面书农耕畜养之术，一面书四海一统之策。
正与南溪手中所持之剑一一吻合。
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