大学时代的卡尔·马龙是一位勤奋的学生，就读于路易斯安纳理工大学，这是一所位于路易斯安纳乡下的规模不大的学院。犹他爵士队的球探在这里发现了卡尔·马龙。在路易斯安那理工学院度过了三年的马龙，平均每场得到18.7分，9.3个篮板。
作为新秀的卡尔·马龙每场得到14.9分8.9个篮板，在最终的年度“最佳新秀”评选中列第三位，并且进入了联盟新秀一队。爵士在季后赛首轮被小牛击败，4场系列赛中，Malone的平均得分由14.9提升到21.7。
1986-87赛季，爵士队在马龙的第二个赛季开始之前交易了原来的核心，过去7个赛季球队得分王阿德里安·丹特利（AdrianDantley）。得到了更多得分责任后，马龙的得分数据变为21.7分，投篮命中率更从48.1%上升到了59.8%。
1987-88赛季，马龙平均得到27.7分，抢生涯最高的12个篮板球。入选了西部全明星首发阵容，并且被选入联盟最佳阵容第二队。犹他爵士也获得了47胜35负的史上最好战绩。这也是Malone第二个82场一阵未缺的赛季，在常规赛最后8场，马龙得分都超过了30，其中对超音速得了41分。
在季后赛，爵士战胜首轮的波特兰开拓者，在西部半决赛遇到了卫冕冠军洛杉矶湖人，然而他们将湖人拖入了最终的第七场，马龙也在最后一战拿下了31分和15个篮板，但是湖人还是以109-98取得了最后的胜利。11场季后赛的比赛，马龙平均得到29.7分和11.8个篮板。
1988-89赛季，开打了17场比赛后，爵士的主教练FrankLayden升职为球队主席，而他的助手JerrySloan（杰里·斯隆）接过了比赛的控制权，爵士再次刷新队史最佳战绩——51胜。马龙同样提供了进入NBA以来的最出色表现，他的平均得分29.1分上升至联盟第二，篮板10.7个位列第五。
在1989年休斯敦全明星赛上，马龙17投12中拿下28分，获得那场比赛的全明星赛MVP。他在职业生涯中首次被选入联盟第一阵容，并在MVP评选中位列第三。季后赛中，尽管马龙三场比赛平均拿下30.7分16.3个篮板，但爵士还是在首轮就遭到勇士横扫。
1989-90赛季，马龙再次获选联盟一队，他的数据为生涯新高的场均31分，另有11.1个篮板排在第4位。1990年1月27日与雄鹿比赛时得到职业生涯最高的61分。在MVP投票竞争中，马龙排在了第四位。但是爵士仍然在季后赛第一轮经过5场比赛败给太阳队。
1993年2月21日，马龙和搭档约翰·斯托克顿共享了盐湖城全明星赛的MVP，他们带领西部队135-132加时获胜，马龙得到28分10板，斯托克顿助攻15次。
1994-95赛季，历史上首次拿到60胜。马龙平均每场26.7分10.6个篮板，但是他们季后赛赛第一轮就输给了卫冕冠军休斯敦火箭。
1996-97赛季，马龙成为NBA历史上第5位得分超过，篮板超过的巨星。马龙平均每场得分27.4分，抢得9.9个篮板球。
在与迈克尔·乔丹的MVP奖杯角逐中，马龙第一次荣获了NBA“最有价值球员”称号，他还同时入选了全明星最佳阵容和最佳防守阵容。在马龙的带领下，爵士队拿下历史最佳战绩64胜18负，他们最终冲进了总决赛。
爵士的战绩在西部位列第一，这使得他们在总决赛拥有主场优势。总决赛面对对手公牛，他们在芝加哥先输两场，但回到盐湖城又连赢两场。
第五场是爵士队系列赛最后的主场，但迈克尔·乔丹忍着胃痛拿下38分，包括最后时刻反超制胜的3分球，公牛90-88获胜。马龙在整个系列赛每场都是爵士的得分王，在一个以防守为导向的系列赛（只有爵士在第四场突破了一百分），他平均拿下23.8分。在第6场他拿下21分，球队还是以86-90败北，公牛最终夺冠。
1997-98赛季初期，斯托克顿因为膝盖手术休息了18场比赛，马龙担起了责任。爵士以62胜20负与公牛相同的联盟最佳战绩结束了常规赛，之后，爵士和公牛在总决赛再度重逢。
尽管爵士以88-85赢得了第一场胜利，尽管马龙在第五场独得39分，并依靠关键时刻的跳投以83-81把比赛带回犹他。但乔丹在第六场的最后关头从马龙手里抢断，然后完成致命一击——87-86，公牛最终还是以相同的4-2战胜爵士队，再次成为NBA总冠军。
1998-99赛季，常规赛季因为劳资纠纷被缩减至50场，爵士的成绩是37胜13负，但是他们只前进到了西区半决赛，以2-4输给了波特兰开拓者。
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