在总决赛，斯托克顿以17分12次助攻在第三战为球队带来第一场胜利，104比93。第四场，他又拿下17分，包括一次关键的远投和一记鬼斧神工的长传，爵士78比73扳成2比2平。第五场乔丹克服胃痛，公牛以90比88拿下天王山之战。然后他们在第六场90比86主场结束了总决赛。
斯托克顿投入到1997-98赛季的征战当中。他每场助攻8.5次，排名联盟第五，犹他爵士队第二次回到总决赛。
他们拥有全联盟最好的常规赛战绩62胜20负（和公牛并列）。并在总决赛第一场主场以88比85加时赛取胜。公牛再一次在六场比赛中击败了爵士，拿下了8年第6座总冠军，关键的第六场，仍然是乔丹最后关头的抢断和跳投决定了比赛。
在1988-89到1990-91这几个赛季，斯托克顿打出职业生涯最好的数据。他的平均得分超过17分，助攻在13.6到14.5之间。
而在1993-94，1994-95这两年，他的投篮命中率在联盟后卫中排名第一。他在1993-94，1994-95这两个赛季被选入NBA最佳阵容一队，并在95年成为NBA历史上的助攻王。
1994-95赛季结束前。斯托克顿助攻突破次。接下来的1995-96赛季，他超过莫里斯·奇克斯成为历史抢断王，而且超越鲍勃库西成为第一个连续九次获得助攻王的球员。
在因劳资纠纷而缩水的1998-99赛季，爵士37胜13负，再次并列于联盟最佳战绩，与球队分享荣誉的是赛区的老冤家圣安东尼奥马刺，也是最终的冠军。爵士在西区半决赛就输给了波特兰开拓者，随后的一年，开拓者又是在同样的西区半决赛中，5场淘汰爵士队。
2000-2001赛季，球队的成绩开始下滑，但斯托克顿的助攻数反弹到联盟第二（每场8.7次）仅次于太阳队的贾森·基德（每场9.8次）。接下来的两个赛季球队只是勉强让胜率超过50%，逼近40岁的斯托克顿仍然像以往一样有效率。
在职业生涯的第十八个赛季，也就是2001-02赛季，斯托克顿创造了代表同一支球队参赛场次的联盟历史纪录，他也成为史上仅有的10个40岁以上的NBA球员中的一个，而助攻总数更是达到次。
2003年4月30日是他职业生涯最后一场比赛，他上场28分钟得到8分1板7助。
斯托克顿最终在2002-03赛季结束了他的职业生涯。他参赛1504场，这在NBA历史上排第三位，次于罗伯特·帕里什的1611场和卡里姆·阿卜杜尔-贾巴尔的1560场。而他的得分分，也位列联盟历史的第33位（2013年1月1日被勒布朗·詹姆斯超越）。
2003年5月2日，约翰·斯托克顿正式宣布退役，同年6月7日举行退役仪式。在斯托克顿整个职业生涯中，他共参加了1504场比赛，缺席22场，共得分，次助攻和3265次抢断。
199-91赛季，斯托克顿以1164次助攻创造了NBA历史上单赛季最高的助攻数；1989-90赛季，斯托克顿还以平均每场14.5次助攻创造了NBA历史上一赛季平均每场助攻数的最高纪录。
斯托克顿的一生拥有大量光辉的纪录，包括联盟史上后人再难企及的次助攻、联盟历史上最高的3265次抢断、19个赛季中17次打满82场、作为一个小个子后卫队员51.5%的职业生涯命中率。
其他助攻纪录包括单赛季1164次，单赛季平均14.5次，连续9年助攻王、季后赛单场24次助攻、平均每场10.5次助攻列历史第2位、常规赛单场28次助攻则是历史第3。
斯托克顿加盟之后，犹他爵士没有错过一次季后赛，他们在七年间五次杀入西区决赛。
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