为摧毁民心所向的史莱克学院，日月帝国包围史莱克，欲摧之，却不料这一切都在陈默的计划之中。
日月帝国包围史莱克之际，天魂帝国和白虎公爵带领残存的精兵，本体宗则在宗主霍晴空和少宗主霍雨浩的号召之下，联合史莱克海神阁和魂导师团发起反击。
同时，一直潜藏于日月帝国的和菜头宣布揭竿而起，带领其这些年笼络的势力开始从日月帝国军团的后方发起反击。
一直留在斗灵帝国帮助徐三石站位脚跟的霍雨浩则和徐三石一同带领先前留在史莱克学院的第一魂导师团发起反包围。
此战，史莱克学院魂导堂秘密研发多年的众多魂导器大放异彩，日月帝国军团和其精锐魂导师团在史莱克学院联合斗罗大陆众多势力的抗击之下被击退。
但是，面对日月帝国的大军压境，此战之激烈导致一直重伤未愈的白虎公爵戴浩终于因伤势加剧，含笑离世，满足地在战场上离去。
唐雅也不顾贝贝阻拦，坚持加入战场，要在自己的最后时刻为斗罗大陆作出最后一点贡献。
战争结束后，唐雅因生命力的彻底消亡而在贝贝的怀中离开了人世，贝贝伤心欲绝。
回归史莱克学院的和菜头向所有人袒露了他的身份，并决定揭竿而起，建立斗罗联邦，一时间，斗罗无数人千呼百应，史莱克学院，本体宗，斗灵帝国最先决定加入联邦。
天魂帝国皇室覆灭后，眼见复国无望的维娜公主也决定加入斗罗联邦。
因为日月帝国的大军遭受大挫，日月帝国大军不得不退守，斗罗联邦则在这段时间休养生息，同时陈默决定清算那些扎根于原三大帝国墙头草宗门，同时将其旗下的土地分发给各地村庄的农民，并进行一系列符合时代背景的改革。
因此，新兴的斗罗联邦赢得了斗罗百姓的民心，开始准备充足的战略资源，准备和日月帝国决一死战。
为求最大可能，团结一切可以团结的势力，陈默决定孤身一人，再度前往仍被日月帝国占领的天斗城，联络被徐天然冷落的明德堂堂主镜红尘。
在笑红尘兄妹的共同劝解之下，镜红尘决定举起大旗，支持同样拥有皇室血脉的和菜头（徐和），而在镜红尘的号召之下，不少明德堂的人员也追随他来到史莱克学院魂导堂。
史莱克学院魂导堂得到进一步发展，“斗铠”技术初步形成。
因为上次徐云涵被掳走，徐天然的表现以及日月帝国大军在斗罗大陆上的所作所为让橘子想到了曾经家破人亡的自己，再加之白虎公爵戴浩已死，橘子也算是大仇得报，于是，感到了失望和恐慌的橘子主动联系霍雨浩，企图刺杀徐天然，并答应事成之后便带领火凤魂导师团和她麾下的势力退出日月帝国，加入斗罗联邦。
徐天然一死，日月帝国必然大乱，于是，陈默和霍雨浩同意了橘子的计划。
却不料，橘子太过自满，刺杀消息被泄露，酒店刺杀之时，徐天然反将一军，龙皇斗罗龙逍遥和死神斗罗叶夕水等一众圣灵教魂师和无数日月帝国的魂导器齐聚，企图将陈默和霍雨浩等人围杀。
陈默和霍雨浩身着初代斗凯，拼死带橘子逃离了日月帝国，并且徐云涵也在王冬和王秋儿的合作之下，被从皇宫中带出。
经过此事，感觉到陈默和霍雨浩这对“史莱克双壁”之强大的徐天然决定尽快发动战争，不能让他们二人再有继续成长的时间。
最终大战，斗罗联邦决战日月帝国，贝贝心怀死志向圣灵教发起了疯狂攻击，在斩杀敌方两名长老之后自爆，再度击杀一名圣灵教长老，同时重创日月帝国的防御魂导大阵。
霍雨浩对阵拥有武魂融合技的戴华斌和朱露，险胜。
玄老被龙逍遥压制之时，陈默运用其巴德武魂将叶夕水击败，陈默发动第九魂技“终极爆弹”之时，龙逍遥挺身替叶夕水挡枪，二人伤重不治，在最后的交心后无憾离世。
徐天然自知战事将败，以战场上所有的亡魂为代价，呼唤来了一直和圣灵教合作的“魔皇”和“邪眼暴君”，企图通过他们，将“深渊圣君”带到斗罗大陆，徐天然打算让整个斗罗大陆跟他陪葬。
大海之上，陈默手持“春眠”将大海斩断，将魔皇斩杀。
陆地之上，霍雨浩将“邪眼暴君”击杀。
最终，和菜头手刃徐天然，日月帝国和圣灵教的高层尽数陨落。
尽管陈默和霍雨浩将魔皇和邪眼暴君斩杀，但是位面通道已经打开，深渊圣君夺舍魔皇的身体降临斗罗星，值此危急关头，陈默会聚起魂兽之气运，霍雨浩贡献出本体武魂二度觉醒后的命运之眼中的命运之力，将斗罗大陆的命运之力会聚于陈默之身，最后，陈默收获无数斗罗人的信仰之力，三者合一，凝聚出神位。
结局，陈默斩杀深渊圣君，深渊圣君的本源之力也被陈默通过史莱克学院的黄金之树联通至斗罗星的生命之核，斗罗位面由此得到进化，陈默借此创立新神界，赐予众人神位。
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